Greining á vel skýrðum næstu kynslóðar raðgreiningargögnum sýnir vaxandi tilfelli SARS-CoV-2 endursmitunar með Omicron

SARS-CoV-2 hefur mikið stökkbreytt og skapað afbrigði af áhyggjum (VOC) sem hefur leitt til alþjóðlegra sýkinga. Omicron VOC endursmitar einstaklinga sem verða fyrir fyrri afbrigðum af SARS CoV-2 með hærri tíðni en áður hefur sést fyrir non-Omicron VOC. Greining á undirættum sem tengjast Omicron frumsýkingu og Omicron endursýkingu leiðir í ljós að tíðni Omicron-Omicron endursýkinga á sér stað á skemmri tíma en sést eftir frumsýkingu með VOC utan Omicron. Greining okkar bendir til þess að ein sýking af völdum SARS-CoV-2 gæti ekki myndað það verndandi ónæmi sem þarf til að verjast endursýkingum frá nýjum Omicron-ættum. Þessi greining var gerð möguleg með Next-generation raðgreiningu (NGS) á dönskum hópi með klínískum lýsigögnum um báðar sýkingar sem komu fram hjá sama einstaklingi. Við leggjum til að nauðsynlegt sé að halda áfram COVID-19 NGS og taka inn klínísk lýsigögn til að tryggja skilvirkt eftirlit með SARS CoV-2 erfðafræði, aðstoða við meðferð og þróun bóluefna og leiðbeina ráðleggingum um lýðheilsu.

cistanche tubulosa-bæta ónæmiskerfið

Alþjóðaheilbrigðismálastofnunin hefur tilnefnt fimm afbrigði af áhyggjum (VOC) fyrir SARS-CoV-2, vírusinn sem veldur COVID-19: Alfa, Beta, Gamma, Delta og Omicron1. Þessi VOC og ný afbrigði eru enn mikilvæg hindrun við að útrýma SARS-CoV-2 heimsfaraldri. Notkun kynslóðaröðunar (NGS) og meðfylgjandi lýsigagna hefur gert kleift að skilja hvernig VOC dreifist á milli hýsils3–5. Alþjóðlegt frumkvæði um að deila gögnum um fuglaflensu (GISAID) hefur skráð yfir 12 milljónir SARS-CoV-2 raða til þessa3. Gagnagreining bendir til þess að hvert VOC tengist mismunandi smithæfni og meinvirkni4,5 og að ný afbrigði, þar á meðal afbrigði sem eru í dreifingu, geti endursmitað hýsil þrátt fyrir alþjóðlega bólusetningartilraunir6,7. Nýjasta afbrigðið, Omicron, eða B.1.1.529, var tilnefnt í nóvember 2021 sem VOC skömmu eftir upphaflega auðkenningu þess í Suður-Afríku og Botsvana1. Omicron undirættkvíslin af BA.1, BA.2 og BA.3 hafa síðan breiðst út um heiminn og verða upphaflega ríkjandi Omicron afbrigði, síðan BA.4 og BA.5 vikurnar á eftir1,8. Að undanskildu Omicron-sértæku bóluefni sem nýlega var samþykkt til notkunar í Bretlandi9 og US10, hafa DNA, RNA og heilpróteinbóluefni sem eru hönnuð með upprunalegum stofnröðum verið notuð sem hluti af viðleitni til að stjórna heimsfaraldrinum. Nýlegar rannsóknir hafa kannað ný tilfelli af Omicron sýkingum sem hafa sýnt flótta frá hlutleysandi mótefnum af völdum bóluefnis, sem hefur leitt til aukinna tilfella af gegnumbrotssýkingum11,12. Veiran hefur stökkbreytt verulega í VOC síðan upphaflega braust út í desember 2019. Mótefni af völdum bóluefnis sem geta bundist topppróteininu sem hefur gert fyrri afbrigði óvirkt virðast vera minna áhrifarík og mótefnatítrar fara minnkandi með tímanum13,14. Áunnið mótefnamiðlað ónæmi sem stafar af fyrri útsetningu fyrir VOC hefur áður verið talið nægja til að koma í veg fyrir Omicron sýkingu, en vegna samsetningar minnkandi mótefna og afbrigðastökkbreytinga veitir ónæmi eftir COVID-19 ekki fullkomin vörn gegn endursýkingu með Omicron15.

cistanche viðbót kostir-auka friðhelgi

Rannsókn okkar á erfðafræði veirusýkingar og endursýkingar frá Omicron og undirættum þess notar gagnapakka sem byggir á Danmörku sem samanstendur af SARS-CoV-2 erfðamengi sem voru greind með NGS. Hver færsla var merkt með lýsigögnum fyrir endursýkingu. Greiningin sýnir að endursýkingar með Omicron VOC eiga sér stað með hærri tíðni samanborið við fyrri endursýkingar með non-Omicron VOC. Frekari greining á undirættum leiðir í ljós að Omicron-Omicron endursýking á sér stað á skemmri tíma samanborið við fyrri VOC endursýkingar sem ekki eru Omicron. Þetta bendir til þess að Omicron afbrigðið sé hæfara og hraðari við að endursmita hýsil en við höfum séð hingað til í heimsfaraldri. Fylgjast þarf með stökkbreytingamöguleikum sem knýja áfram myndun VOC og þar með endursmitun til að upplýsa áframhaldandi lýðheilsustefnu og þróa lyfjafræðilegar aðferðir. Greiningin sem hér er kynnt er dæmi um rannsóknir sem væru ekki mögulegar án þessa öflugu gagnasafns og áframhaldandi erfðafræðilegrar vöktunar. NGS nýrra erfðamengi veiru mun þurfa að halda áfram um allan heim með ítarlegri lýsigögnum til að veita betri innsýn í framvindu SARS-CoV-2. Sameining aðgreindra gagnasetta sem miðla hverri sýktum eða endursýktum einstaklings erfðamengisröð, lýsigögnum og læknisfræðilegum heilsufarsskrám er nauðsynleg til að þessu markmiði verði náð.

Niðurstöður

SARS-CoV-2 næstu kynslóðar röðunargögn

Kostir cistanche viðbót - hvernig á að styrkja ónæmiskerfið

Smelltu hér til að skoða Cistanche Enhance Immunity vörur

【Biðja um meira】 Netfang:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Við greinum frá greiningu okkar á danska COVID-19 genamengisamsteypunni, sem er aðgengilegt í gegnum GISAID, sem skoðaði einstök tilfelli endursmitunar hýsils í gegnum VOC, þar á meðal undirættkvíslir3. Núna eru 21.708 endursýkingarfærslur tiltækar sem spanna 1. mars 2020 til 28. ágúst 2022. Hver færsla greindi frá nákvæmri söfnunardagsetningu bæði fyrstu sýkingar og endursýkingar fyrir sama einstakling, ásamt NGS raðir fyrir veiruerfðamengi seinni sýkingarinnar. Aðalsýkingar- og endursýkingartímar voru skráðir sem lýsigögn hýsils, sem gerir kleift að mæla tímabilið á milli sýkinga. Minni hluti gagnasafnsfærslna (7595) greindi frá Pango veiruættum beggja sýkinganna, auk söfnunardagsins, og NGS gögnum fyrir upphafssýkingu og endursýkingarsýni frá sama einstaklingi. Pango ætternisnafnakerfið notar NGS til að flokka veiru á grundvelli erfðafræðilegrar samsetningar sem leiðir til auðkenningar veirustofna16,17. Meirihluti gagnasafnsins hafði ekki NGS gögn fyrir upphafssýkinguna og studdist þess í stað við bakrita fjölliða keðjuverkun (rtPCR) próf til að ákvarða hvort einstaklingurinn væri jákvæður fyrir SARS-CoV-2 á tilkynntum degi. rtPCR prófið tilgreinir ekki Pango veiruættina og því voru þessi sýni ekki tekin með í greiningunni sem sýnd er á mynd 1. Þar sem sýnin innihéldu enn staðfesta upphafssýkingu voru þau aðeins tekin með á mynd 2a, þar sem NGS af endursýking veitti staðfestingu á afbrigði Pango ætterni sem þarf til greiningar. Lítið hlutmengi tilvika, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

Hlutfall endursýkingar og millibili eftir afbrigði

Fyrir hverja NGS-einkenndu VOC uppgötvað og tilkynnt með tilheyrandi Pango ætterni gögnum, fundum við vaxandi endursýkingartíðni sem studdi endursýkingu með Omicron VOC (p < 0.0001, Chi veldi próf) (Mynd 1a). 26% einstaklinga sem voru sýktir af upprunalega veirustofninum sýndu sífellt hærri endursýkingartíðni með síðari afbrigðum. Þeir sem voru upphaflega sýktir af Alpha afbrigðinu höfðu engin tilfelli af endursýkingu vegna Alpha; hins vegar sást vaxandi tíðni endursmitunar frá Delta (2,3%, 169 tilfellum) og Omicron (25,1%, 1875 tilfellum) (mynd 1a). Fyrir þá sem voru upphaflega sýktir af Delta var endursýking vegna Delta afbrigðisins takmörkuð (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

Kostir cistanche viðbót - hvernig á að styrkja ónæmiskerfið

Í því skyni að rannsaka þetta frekar, lagskiptum við Omicron-til Omicron endursýkingartilfelli eftir helstu undirættarheiti þeirra (mynd 1b). BA.2, BA.4 og BA.5 ættirnar deila náið toppamínósýruröðum samanborið við aðrar Omicron ætterðir. Það eru aðeins þrír stökkbreytingarmunur á topppróteininu á milli BA.2 og bæði BA.4 og BA.5: del69-70, L452R og F486V8. Þrátt fyrir þessa líkt var tilkynnt um háa tíðni Omicron-til-Omicron endursýkinga með marktækum mun á talnadreifingu sem sést og væntanlegur talnadreifing, sem sýnir að samband er á milli Omicron undirættanna fyrir endursýkingu og er ekki vegna tækifæri (p < 0.0001, kí-kvaðratpróf) (mynd 1b). Einstaklingar sem voru upphaflega sýktir af BA.1 undirættkvíslinni voru með háa tíðni alls Omicron-til-Omicron endursýkinga (62%, 211 tilfelli) en seinni sýkingin var aðallega af völdum BA.2 (20%, 68 tilfelli) eða BA. .5 (30%, 102 tilvik) (mynd 1b). Eins sýndu einstaklingar sem voru upphaflega sýktir af BA.2 sambærilega háa tíðni endursýkingar (38%, 129 tilfelli) og BA.5 (26,2%, 89 tilvik) (mynd 1b). Sýkingar sem tilgreindar eru sem "Annað" á mynd 1b höfðu ekki sameiginlegt nafnakerfi sem skilgreinir ættina. Há tíðni endursýkingar bendir til þess að einkennandi munur á BA.1 eða BA.2 og BA.5 topppróteini sé nógu mikill til að hindra getu hlutleysandi mótefna frá BA.1 eða BA.2 eftir sýkingu til að bindast BA. .5 toppprótein12,16. Ættir BA.1, BA.4 og annarra minna merktra Omicron afbrigða höfðu lægri stig endursmitunar samanborið við BA.2 og BA.5.

Mynd 1 Hlutfall endursýkingartilfella og millibil eftir afbrigði. Hitakort sem sýnir tíðni heildarendursýkinga milli tveggja afbrigða fyrir bæði upphafssýkingu og endursýkingu í Danmörku. Hrátölur eru sýndar fyrir neðan tíðnigildið innan sviga. Engin gögn voru tiltæk fyrir auða hvíta reiti. n=7467 endursýkingstilvik. b Hitakort sem sýnir tíðni endursýkingar á milli upphafs Omicron sýkingar og annarrar Omicron sýkingar með undirlínum í Danmörku. Hrátölur eru sýndar fyrir neðan tíðnigildið innan sviga. Engin gögn voru tiltæk fyrir auða hvíta reiti. n=340 endursýkingstilfelli frá Omicron-til-Omicron. c Dreifingarmynd sem sýnir tímann á milli tilvika (vikna) fyrir fyrstu og aðra sýkingu af mismunandi afbrigðum í Danmörku. Meðaltal hópa er sýnd með svörtum strikum. Rauði ferningurinn varpar ljósi á fjölda snemma Omicron-to-Omicron tilvika sem nefnd eru í textanum sem áttu sér stað fyrir 10-vikutímabil. n=7467 endursýkingstilvik. d Dreifingarmynd fyrir tímann á milli tilvika (vikna) vegna Omicron-til-Omicron sýkinga eftir ætterni í Danmörku. Meðaltal hópa er sýnd með svörtum strikum. Rauði ferningurinn undirstrikar snemma tilvik frá Omicron til Omicron sem nefnd eru í textanum sem eiga sér stað fyrir 10-vikutímabil fyrir tiltekna undirætt. n=340 Omicron-to-Omicron endursýkingstilfelli.

Mynd 2 Endursýkingarprósentur og raðtölur. a Danmörk raðprósentuhlutfall yfir tíma lagskipt eftir afbrigði táknuð sem línurit með yfirlagi á súluriti sem táknar aðra sýkingarprósentu sem er lagskipt eftir afbrigði sem innihalda NGS og rtPCR gögn. b Fjöldi raðgreininga um allan heim, lagskipt eftir heimsálfum á eins mánaðar millibili. Gögnin eru einnig sýnd sem hlutfall tilvika sem eru raðgreind yfir eins mánaðar tímabil á viðbótarmynd 2.

Minnkun hlutleysandi mótefna í kjölfar sýkingar vekur áhyggjur af því hversu lengi náttúrulegt ónæmi varir hjá tilteknum einstaklingi. Pre-Omicron líkön áætlaðu meira en 90% virkni upphafsónæmis eftir sýkingu, en þessar áætlanir lækkuðu í innan við 10% eftir 108 vikur19. Myndir 1c og d sýna tímann á milli sýkinga af völdum fyrsta og annars VOC sem sést allan heimsfaraldurinn. Sýnt hefur verið fram á skrefalega tilhneigingu til að auka tíma til endursmitunar á milli mismunandi VOC vegna tímasetningar þeirra þegar þeir koma fram, útbreiðslu og yfirburði í heimsfaraldri (mynd 1c). Sérstaklega koma Omicron-til-Omicron endursýkingar fram á allt að 3 vikum eftir fyrstu sýkingu, að meðaltali 22 vikur (mynd 1c). Af þessum Omicron-to-Omicron endursýkingum eiga sér stað 50 af alls 340 (14,7%) tilfellum innan 10 vikna frá fyrstu sýkingu; merkt með rauðum kassa á mynd 1c. T-próf ​​var gert fyrir þýðingu tímans á milli þessara Omicron-til-Omicron endursýkinga sem eiga sér stað fyrir og eftir 10 vikur. Þessir tveir undirhópar sýna fram á mikilvægi meðalendursýkingartíma (p < 0,0001, 95% CI: 17,17–20,19). Þetta leiddi til frekari greiningar til að ákvarða hvað gæti verið að valda þessari mikilvægu tvímótun innan Omicron-Omicron endursmitunarhópsins. Þessar endursýkingar frá mynd 1c eru lagskipt eftir undirættum á mynd 1d. Endursýkingin fyrir 10 vikur, merkt með rauðum kassa á mynd 1d, tengist fyrst og fremst BA.1 fyrst og síðan endursýkingu við BA.2. Dreifnigreining (ANOVA) var gerð (viðbótargögn 1) á milli þessara hópa á mynd 1d sýnir þýðingu milli munar á meðaltölum fyrir meirihlutann vegna þess að NGS gögn eru unnin með lífupplýsingafræði til að sýna Pango ætterni sýna í gagnasafninu .

Endursýkingartilfelli prósent

Með því að nota samsett gagnasafn af bæði NGS og rtPCR sýnum eins og áður hefur verið lýst hefur verið tilkynnt um hærri fjölda endursýkinga á síðustu átta mánuðum (2.021. desember til júlí 2022) samanborið við önnur VOC á síðasta ári (mynd . 2a). Hlutfall Omicron undirættkvísla á móti heildarsýkingum í Danmörku er lýst í viðbótarmynd. 1. Á alþjóðlegu Omicron sýkingabylgjunni var Danmörk með 19,5% hámarkshlutfall endursmitunar af heildarsýnum tilfella í júlí 2022. Til samanburðar var hámarki 1,4% af heildartilfellum á Delta bylgjunni tilkynnt sem endursýkingar. Þessi munur varpar ljósi á það mikla stig endursýkinga sem sáust á meðan heimsfaraldurinn fór yfir í Omicron VOC. Ennfremur sýna gögnin að þegar ríkjandi afbrigði sýkingar dreifðist næstum jafnt, 50% milli Delta og Omicron, var ekki jöfn dreifing endursýkinga. Endursýkingarnar á þeim tíma, desember 2021, voru af völdum Delta í 0,6% tilvika og af Omicron í 1,6% tilvika. Þetta er mikilvæg niðurstaða á milli Delta og Omicron þar sem líkurnar á útsetningu voru nokkurn veginn þær sömu, en líkurnar á endursmiti voru ekki.

Umræða

Niðurstöður okkar í þessari skyndimynd af tiltækum svæðisbundnum gögnum sýna tvö grundvallarhugtök. Í fyrsta lagi eru einstaklingar að endursmitast af SARS-COV-2 og Omicron-to-Omicron endursýkingar virðast eiga sér stað nær saman með hærri tíðni en sést fyrir endursýkingar tengdar fyrri VOC. Nokkrar fyrri rannsóknir skoða endursýkingartíðni í SARS-CoV-2, þar á meðal Omicron, og þó að þessar tegundir rannsókna gefi dýrmæta innsýn eru þær oft takmarkaðar við PCR gögn eingöngu6,7,20 og tilgreina ekki Pango ætternið takmarka þannig möguleikann á að fá innsýn í heimsfaraldurinn. Í öðru lagi er áframhaldandi þörf fyrir NGS með meðfylgjandi klínískum lýsigögnum sjúklinga til að fylgjast stöðugt með breytingum á tíðni veirusýkinga og virkni bóluefnisins. Árangursrík erfðafræðileg rakning gerir okkur kleift að skilja þróun í veirusýkingu og meta núverandi ógnunarstig nýrra VOCs. Við höfum séð áður óþekkt stig vísindasamstarfs um allan heim sem miðar að því að fanga veirusöð frá sýktum einstaklingum til að byggja upp gagnagrunn sem snýr að almenningi. Þetta samstarf hefur gert dýrmæt gögn aðgengileg almenningi svo að við getum fylgst með breytingum á erfðafræði veiru, framkvæmt faraldsfræðilegar rannsóknir, leiðbeint lýðheilsustefnu og upplýst hönnun bóluefna3. Þrátt fyrir að GISAID hafi yfir 12 milljónir raða tiltækar á þeim tíma sem þessi greining er gerð, er núverandi raðgreiningartíðni að lækka verulega3. Sundurliðun á NGS-talningum eftir heimsálfum er sýnd með nýlegum lækkunum í Norður-Ameríku og Evrópu (Mynd 2b). Þessi lækkun hefur neikvæð áhrif á getu vísindasamfélagsins okkar til að greina SARS-CoV-2 og COVID-19 þar sem Pango ætternisgögn er aðeins hægt að búa til úr NGS gögnum. Ennfremur er oft greint frá erfðafræðilegri raðgreiningu sem nú er tiltæk sem annaðhvort upphafssýking eða endursýking, en gögn um upphafssýkingu og endursýkingu NGS eru venjulega ekki tilkynnt saman fyrir sama einstakling. Danmörku gagnasafnið sýnir mikilvægi þess að tilkynna NGS gögn fyrir hvern einstakling, sem leið til að greina hættu á endursmiti. Þetta er einstakur árgangur innan GISAID gagnagrunnsins þar sem 21.708 vel skýrt erfðamengi frá Danmörku voru notuð í þessari rannsókn. Innan við 2,000 endursýkingarerfðamengi til viðbótar voru fáanlegar um allan heim með takmörkuðu magni endursmitunarupplýsinga og oft engin tengsl sjúklinga. Stærð þessarar rannsóknar, sem og hlutfallsleg stærð Danmerkur og íbúaþéttleiki, hentar sér til að draga úr hlutdrægni í greiningum. Þar sem endursýking er að verða algengari fyrir ekki aðeins aðra sýkingu, heldur þriðju og fjórðu sýkingu, geta gögnin sem greint er frá um allan heim veitt meiri innsýn í endursýkingu. Að auki væri hægt að greina langvarandi sýkingar náið með mörgum NGS greiningum á sýnum með tímanum til að skilja hvernig vírusinn þróast í tilteknum hýsil.

Endursýking getur orðið fyrir áhrifum af ytri, ólíffræðilegri hlutdrægni eins og lokunartímabilum og verndarráðstöfunum eins og grímum, bóluefnum og ýmsum takmörkunum. Landsbundin lokun var sett í stað í Danmörku 11. mars 2020, með tveimur enduropnunaráföngum skömmu síðar 6. apríl og 27. maí. Önnur landsbundin lokun var sett á stað 16. desember 2020 með enduropnun í tveimur áföngum 16. febrúar og 1. mars 2021. Allar takmarkanir, svo sem kröfur um grímu, stærðartakmarkanir á samkomum og takmarkanir á rekstri fyrirtækja voru fjarlægðar í september 2021 Þrátt fyrir að þessar takmarkanir hafi verið settar á aftur til að draga úr útbreiðslu veirunnar frá desember 2021 til febrúar 2022, voru 7084 Omicron endursýkingstilfellin sem komu fram á þessu tímabili aukning úr 1,5 í 6%, sem er endursýkingarstig sem ekki hefur áður sést (mynd 2a). Danmörk varð fyrsta landið í heiminum til að stöðva bólusetningaráætlun sína og hætti frumbólusetningum frá og með 15. maí 2022. Rökin voru fyrir því að 81% landsins hefði verið bólusett og 62% hefðu fengið þriðju örvunarbólusetninguna í febrúar 2022. Að hætta bólusetningaráætluninni gæti hugsanlega valdið aukningu á frumsýkingum og endursýkingartíðni þar sem enn var töluverður hluti óbólusettra einstaklinga í Danmörku 21.–24. Áhyggjuefni í COVID-19 heimsfaraldrinum er að byltingarsýkingar munu eiga sér stað í bólusettum einstaklingum af afbrigðum og undirættum þeirra vegna minnkandi hlutleysandi mótefnatítra13,14. Við gátum ekki greint þetta í rannsókn okkar þar sem meðfylgjandi lýsigögn um gerð bóluefnis, fjölda móttekinna skammta og lyfjagjafardagsetning voru engin. Lýsigögn um bólusetningu og fleira, eins og aldur eða heilsufarsástand sem fyrir eru, gætu gert ráð fyrir endursmitgreiningu á verndarstigi eða áhættustigi með meiri nákvæmni í hverju tilviki fyrir sig. Rannsóknir hafa notað þessa tegund lýsigagna fyrir Omicron endursýkingargreiningu, en NGS gögnin sem skilgreina Pango ætterni eru ekki til í stað rtPCR25,26. Greining í Katar var takmörkuð af rtPCR en komst að þeirri niðurstöðu að gegn BA.4 eða BA.5 væri til staðar í hóflegu magni frá fyrri sýkingu sem ekki var Omicron en sterkari eftir Omicron sýkingu. Einstaklingar gátu samt verið endursmitaðir óháð fyrsta sýkingarafbrigðinu, en athyglisvert breytti þetta ekki miklu fyrir bólusetta einstaklinga. Lagt var til að bólusettir einstaklingar hefðu aðeins meiri vörn gegn endursýkingu. Niðurstöðurnar úr rannsókninni í Katar eru fengnar með jákvæðu rtPCR prófi sem hannað er fyrir algenga útfellingu Spike próteina í tengslum við dagsetningu ríkjandi afbrigðis, BA.4 eða BA.5. Þar sem þessi eyðing er til staðar í mörgum Omicron undirættum, BA.4 og BA.5, er ekki hægt að aðskilja þær til greiningar án staðfestingar Pango ættar með NGS20. Við trúum því eindregið að næstu kynslóðar raðgreiningar á SARS CoV-2 sýnum verði að halda áfram með því að bæta við lýsigögnum sem lýsa hýslinum. Þó að samdráttur í röðun sé áhyggjuefni er samþætting gagna eins manns yfir margar heimildir nauðsynleg þróun í átt að því að uppgötva nýja innsýn í kringum COVID-19. Til dæmis er mikilvægt að tengja næstu kynslóðar raðgreiningu fyrir greiningu á erfðamengi veiru, sjúkraskrár til að kanna aldur og fyrirliggjandi aðstæður og lýsigögn til að fylgjast með tíma og endursmitstöðu.

cistanche plöntuaukning ónæmiskerfi

Þegar um endursýkingu er að ræða eru raðgreiningarupplýsingar sem einkenna bæði tímasetningu milli sýkinga og samsetningu veiru erfðamengis hvers sýkingar mikilvæg til að upplýsa nákvæmar ráðleggingar um lýðheilsu og hanna árangursrík, langvarandi lyf. Rannsókn okkar bendir til þess að endursýkingar með Omicron VOC eigi sér stað með hærri tíðni og á skemmri tíma en sást fyrir önnur VOC fyrr á heimsfaraldrinum. Þetta hefur veruleg áhrif á lýðheilsustefnumenn. Greiningin sem hér er kynnt er dæmi um rannsóknir sem væru ekki mögulegar án þessa öflugu gagnasafns sem mun þurfa að halda áfram NGS Worldwide og bæta enn frekar með sameiningu gagnasafna sem flytja hvern sýktan eða endursmitaðan einstakling erfðamengisröð, lýsigögn og læknisfræðileg heilsu. skrár.

Rannsókn okkar bendir til þess að endursýkingar með Omicron VOC eigi sér stað með hærri tíðni og á skemmri tíma en sást fyrir önnur VOC fyrr á heimsfaraldrinum; Hins vegar hefur hæfni okkar til að mæla og mæla útbreiðslu veiru minnkað veldisvísis vegna minnkandi fjármögnunar/getu/ til að raða sýnum sjúklinga stöðugt.

Heimildir

1. Viana, R. o.fl. Hröð faraldur stækkun SARS-CoV-2 Omicron afbrigðisins í suðurhluta Afríku. Náttúra 603, 679–686 (2022).

2. Oliu-Barton, M. o.fl. Brotthvarf á móti mildun SARS-CoV-2 í nærveru virkra bóluefna. Lancet Glob. Heilsa 10, e142–e147 (2022).

3. Khare, S. o.fl. Hlutverk GISAID í viðbrögðum við heimsfaraldri. Kína CDC Wkly. 3, 1049–1051 (2021).

4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. Ný SARS-CoV-2 afbrigði og áhrif í alþjóðlegum bólusetningaráætlunum gegn SARS-CoV-2/COVID-19. Vaccines 9, 243 (2021).

5. Wu, H. o.fl. Nucleocapsíð stökkbreytingar R203K/G204R auka smithæfni, hæfni og meinvirkni SARS-CoV-2. Cell Host Microbe 29, 1788–1801.e6 (2021).

6. Rahman, S. o.fl. COVID-19 endursýkingar meðal náttúrulega sýktra og bólusettra einstaklinga. Sci. Rep. 12, 1438 (2022).

7. Pulliam, JRC o.fl. Aukin hætta á SARS-CoV-2 endursýkingu í tengslum við tilkomu Omicron í Suður-Afríku. Science 376, eabn4947 (2022).

8. Tegally, H. o.fl. Tilkoma SARS-CoV-2 Omicron ættir BA.4 og BA.5 í Suður-Afríku. Nat. Med. 28, 1785–1790 (2022).

9. Mahase, E. Covid-19: Bretland mun útfæra Moderna's omicron BA.1 bóluefni sem hluta af örvunaráætlun haustsins. BMJ 378, o2038 (2022).

10. CDC. CDC mælir með fyrsta uppfærða COVID-19 hvatanum. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. Yu, J. o.fl. Hlutleysing á SARS-CoV-2 Omicron BA.1 og BA.2 afbrigðum. N. Engl. J. Med. 386, 1579–1580 (2022).

12. Tuekprakhon, A. o.fl. Mótefnaflótti SARS-CoV-2 Omicron BA.4 og BA.5 úr bóluefni og BA.1 sermi. Cell 185, 2422–2433.e13 (2022).

13. Kurhade, C. o.fl. Hlutleysing á Omicron BA.1, BA.2 og BA.3 SARS CoV-2 með 3 skömmtum af BNT162b2 bóluefni. Nat. Commun. 13, 3602 (2022).

14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM Veiruálag virka SARS-CoV-2 Delta og Omicron afbrigði eftir marga bóluefnaskammta og fyrri sýkingu. Nat. Commun. 13, 6706 (2022).

15. Goldberg, Y. o.fl. Verndun og minnkandi náttúrulegt og blendingsónæmi gegn SARS-CoV-2. N. Engl. J. Med. 386, 2201–2212 (2022).

16. Rambaut, A. o.fl. Kraftmikil tillaga um flokkunarkerfi fyrir SARS-CoV-2 ætterni til að aðstoða erfðafræðilega faraldsfræði. Nat. Örverur. 5, 1403–1407 (2020).

17. O'Toole, Á., o.fl. Úthlutun faraldsfræðilegra ætta í vaxandi heimsfaraldri með því að nota Pangolin tólið. Veira Evol. 7, veab064 (2021).

18. Weigang, S. o.fl. Innan hýsils þróun SARS-CoV-2 hjá ónæmisbældum COVID-19 sjúklingi sem uppspretta ónæmisflóttaafbrigða. Nat. Commun. 12, 6405 (2021).

19. Prillaman, M. Ein kórónavírussýking bætir aðra frá sér - en aðeins ef það er svipað afbrigði. Náttúran https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)

20. Altarawneh, HN o.fl. Verndaráhrif fyrri SARS-CoV-2 sýkingar gegn Omicron BA.4 og BA.5 undirafbrigðum. N. Engl. J. Med 387, 1620–1622 (2022).

21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. & Strandberg-Larsen, K. Sjálfsskaða, sjálfsvíg og átröskunareinkenni hjá ungum fullorðnum í kjölfar COVID-19 lokunar í Danmörku. Nat. Humm. Hegðu þig. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. Peltier E. Danmörk, yfirfull af vírustilfellum, tekur á sig „Bring It On“ viðhorf. The New York Times https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/ europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. Elllyatt H. Danmörk verður fyrsta landið til að stöðva COVID-19 bólusetningaráætlun sína. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. Danmörk Covid-takmörkunum aflétt þrátt fyrir fjölgun mála. BBC https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson, E., Runolfsdottir, HL, Ingvarsson, RF, Sigurdsson, MI & Palsson, R. Rate of SARS-CoV-2 reinfection during an Omicron Wave in Iceland. JAMA netv. Opið 5, e2225320 (2022).

26. Carazo, S. o.fl. Áætluð vernd fyrri SARS-CoV-2 sýkingar gegn endursýkingu með Omicron afbrigðinu meðal boðbera RNA-bólusettra og óbólusettra einstaklinga í Quebec, Kanada. JAMA netv. Opið 5, e2236670 (2022).

27. Falahi, S. & Kenarkoohi, A. COVID-19 endursýking: langvarandi losun eða raunveruleg endursýking? N. Örverur N. Infect. 38, 100812 (2020).

28. Burkholz, S. o.fl. Kóði fyrir: Aukið tilfelli af SARS-CoV-2 Omicron endursýkingu sýnir árangurslaust eftir-COVID-19 ónæmi í Danmörku og sýnir þörfina fyrir áframhaldandi næstu kynslóðar raðgreiningu. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).