Magnbundið mat á bólguíferð í nýrnaígræðslu vefjasýni með margföldu týramíði merkjamögnun og djúpnámi

Tengiliður: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Netfang:audrey.hu@wecistanche.com

Meyke Hermsen¹Valery Volk²Jan Hinrich Bräsen²o.fl

Ágrip

Seinkun á ígræðslu (DGF) er sterkur áhættuþáttur fyrir þróun millivefsvefja og píplurýrnunar (IFTA) í nýrnaígræðslum. Magnbundið mat á bólgueyðingum í nýrnasýnum DGF sjúklinga getur leitt í ljós forspármerki fyrir þróun IFTA. Í þessari rannsókn sameinuðum við multiplex týramíð merki mögnun (mTSA) og snúningstaugakerfi (CNNs) til að meta bólguörvandi örumhverfi í nýrnasýnum DGF sjúklinga (n=22) sem tekin voru 6 vikum eftir ígræðslu. Sjúklingar voru lagskiptir fyrir IFTA þróun (<10% versus="" ≥10%)="" from="" 6="" weeks="" to="" 6="" months="" post-transplantation,="" based="" on="" a="" histopathological="" assessment="" by="" three="" kidney="" pathologists.="" one="" mtsa="" panel="" was="" developed="" for="" visualization="" of="" capillaries,="" t-="" and="" b-lymphocytes,="" and="" macrophages,="" and="" a="" second="" mtsa="" panel="" for="" t-helper="" cell="" and="" macrophage="" subsets.="" the="" slides="" were="" multi="" spectrally="" imaged="" and="" custom-made="" python="" scripts="" enabled="" conversion="" to="" artificial="" brightfield="" whole-slide="" images="" (wsi).="" we="" used="" an="" existing="" cnn="" for="" the="" detection="" of="" lymphocytes="" with="" cytoplasmatic="" staining="" patterns="" in="" immunohistochemistry="" and="" developed="" two="" new="" cnns="" for="" the="" detection="" of="" macrophages="" and="" nuclear-stained="" lymphocytes.="" f1="" scores="" were="" 0.77="" (nuclear-stained="" lymphocytes),="" 0.81="" (cytoplasmatic-stained="" lymphocytes),="" and="" 0.82="" (macrophages)="" on="" a="" test="" set="" of="" artificial="" brightfield="" wsi.="" the="" cnns="" were="" used="" to="" detect="" inflammatory="" cells,="" after="" which="" we="" assessed="" the="" peritubular="" capillary="" extent,="" cell="" density,="" cell="" ratios,="" and="" cell="" distance="" in="" the="" two="" patient="" groups.="" in="" this="" cohort,="" the="" distance="" of="" macrophages="" to="" other="" immune="" cells="" and="" peritubular="" capillary="" extent="" did="" not="" vary="" significantly="" at="" 6="" weeks="" post-transplantation="" between="" patient="" groups.="" cd163+="" cell="" density="" was="" higher="" in="" patients="" with="" ≥10%="" ifta="" development="" 6="" months="" post-transplantation="" (p="" <="" 0.05).="" cd3+cd8−/cd3+cd8+="" ratios="" were="" higher="" in="" patients="" with=""><10% ifta="" development="" (p="" <="" 0.05).="" we="" observed="" a="" high="" correlation="" between="" cd163+="" and="" cd4+gata3+="" cell="" density="" (r="0.74," p="" <="" 0.001).="" our="" study="" demonstrates="" that="" cnns="" can="" be="" used="" to="" leverage="" reliable,="" quantitative="" results="" from="" mtsa-="" stained,="" multi="" spectrally="" imaged="" slides="" of="" kidney="" transplant="">

Cistanche deserticola kemur í veg fyrir nýrnasjúkdóm, smelltu hér til að fá sýnishornið

Kynning

Seinkuð ígræðslustarfsemi (DGF) eftir nýrnaígræðslu er margþætt og tengist aðallega eiginleikum gjafa og tíma blóðþurrðar. DGF er almennt lýst sem þörf fyrir skilun innan 7 daga eftir ígræðslu og er sterkur áhættuþáttur fyrir langvarandi nýrnaígræðsluskaða [1-3]. Klassískur þáttur í langvinnum nýrnaskaða er tilvist millivefsvefja og píplurýrnunar (IFTA). Hins vegar þróast ekki allir DGF sjúklingar að þróun IFTA og flókið samband milli DGF og IFTA er enn illa skilið. Þetta er í fyrsta lagi vegna töfs milli hugsanlegra orsakavalda og hnignunar í starfseminni, og í öðru lagi vegna breytilegra og flókinna áhrifa hugsanlegra örva eins og höfnunar og aukaverkana lyfja [1, 4]. Almennri tilvist bólgu og sértækra átfrumna hefur verið lýst í fjölmörgum rannsóknum sem spá fyrir tap ígræðslu [5-8]. Hins vegar eru undirliggjandi meinafræðilegir ferlar ekki að fullu skildir og mikið magn bólgu leiðir ekki undantekningarlaust til langvarandi taps á ígræðslu. Sem afleiðing af umhverfisáreitum öðlast átfrumur sérhæfða virkni og skautast í mismunandi svipgerðir. Fjölmargar rannsóknir benda til þess að sérstakar undirgerðir átfrumna (að öðrum kosti virkjaðar átfrumur) taki þátt í endurgerð vefja með því að framkalla vefviðgerð eða vefjamyndun. Vitað er að skautun í átt að endurgerð vefja (stundum pro-fibrotískri) svipgerð er háð margs konar umhverfisáreitum, meðal annars veitt af T-hjálpar eitilfrumum undirgerðum [9-11]. Mat á stofnum T-hjálparfrumna í ígræðslunni á þeim tíma sem DGF leiddi í ljós algenga T-hjálpar 1 undirgerð, en fylgni við útkomu ígræðslu eða framvindu við IFTA var ekki rannsökuð hingað til [12]. Alhliða úttekt á bólguörvandi örumhverfi með sérstakri áherslu á átfrumur og undirhópa T-hjálparfrumna í vandlega völdum sjúklingahópum gæti veitt innsýn í hvers vegna sumir, en ekki allir DGF sjúklingar þróast í þróun IFTA.

Hins vegar er alhliða rannsókn á bólgusýkingum hindruð af nokkrum (tæknilegum) takmörkunum. Hefðbundin ónæmisvefjaefnafræði (IHC) og ónæmisflúrljómunartækni styðja aðeins takmarkaðan fjölda frumumerkja í einum vefjahluta. Ekki er óskað eftir raðskurði á litlum, verðmætum vefjabútum eins og nýrnasýnum og túlkun á tengslum milli frumna í mismunandi hlutum er erfið. Þar að auki kemur magnbundið mat á bólguíferðum með sjónrænu mati með umtalsverðum breytileika milli áhorfenda [13]. Hefðbundnar myndvinnsluaðferðir eins og pixlaþröskuldur, vatnaskil og skipting sem byggir á formfræði byggir á fyrri þekkingu á öllum formfræðilegum frumumyndum og styrk vefjalitunar í gegnum gagnasett [14-16]. Þess vegna skortir þessar aðferðir oft styrkleika fyrir líffræðileg og tæknileg myndafbrigði og þýða illa yfir í ný eða ytri gagnasöfn. Uppgangur stafrænnar meinafræði hefur flýtt fyrir þróun annarra aðferða við mat á myndum í heild sinni (WSI) [17, 18]. Djúpnámslíkön, nánar tiltekið, snúningstaugakerfi (CNN) hafa reynst geta skipt upp og greina viðeigandi líffræðilega uppbyggingu í vefjameinafræðilegum skyggnum [19-23]. Þessar aðferðir hafa tilhneigingu til að fara frá huglægu sjónmati og hefðbundinni myndvinnslu yfir í nákvæma, hlutlæga og endurtakanlega frumugreiningu.

Markmið þessarar rannsóknar er að þróa aðferð til hlutlægs, megindlegrar mats á mörgum bólgufrumumerkjum, sem sniðganga þörfina fyrir víðtæka raðgreiningu. Til að gera það sameinum við multiplex IHC, fjölrófsmyndgreiningu og djúpnámslíkön. Til að sýna fram á notagildi þessara aðferða könnum við fylgni bólguörvandi örumhverfis, magngreind með djúpnámslíkönum, við þróun IFTA í eftirlitsgræðsluvefjasýni DGF sjúklinga.

cistanche þykkni til að meðhöndla nýrnasjúkdóma

efni og aðferðir

Til að meta bólguörvandi örumhverfi í nýrnasýnum DGF sjúklinga, gerðum við margfalda IHC á eftirlitssýni sem tekin voru 6 vikum eftir ígræðslu. Sjúklingar voru lagskiptir fyrir IFTA þróun (<10% versus="" ≥10%)="" from="" 6="" weeks="" to="" 6="" months="" post-transplantation,="" based="" on="" a="" histopathological="" assessment="" by="" three="" kidney="" pathologists.="" multiplex="" ihc="" was="" performed="" using="" tyramide="" signal="" amplification="" (mtsa)="" panels.="" one="" mtsa="" panel="" was="" designed="" for="" the="" visualization="" of="" capillaries,="" macrophages,="" and="" t="" and="" b="" lymphocytes="" (panel="" i),="" and="" one="" mtsa="" panel="" for="" the="" visualization="" of="" polarized="" t-helper="" lymphocytes="" and="" macrophages="" (panel="" ii).="" second,="" the="" mtsa="" slides="" were="" multi="" spectrally="" imaged,="" and="" custom-made="" python="" scripts="" were="" used="" to="" convert="" the="" multispectral="" images="" to="" artificial="" brightfield="" ihc="" wsi.="" converting="" the="" slides="" to="" artificial="" ihc="" wsi="" allowed="" for="" the="" application="" of="" an="" existing="" cnn="" for="" the="" detection="" of="" lymphocytes="" in="" ihc="" [22].="" this="" existing="" cnn="" was="" designed="" for="" cytoplasmatic="" lymphocyte="" markers.="" hence,="" a="" second="" and="" third="" cnn="" was="" developed="" in="" this="" study="" for="" the="" quantification="" of="" macrophages="" and="" nuclear="" lymphocyte="" markers="" in="" ihc="" wsi.="" these="" three="" cnns="" were="" subsequently="" used="" to="" quantitatively="" assess="" the="" inflammatory="" infiltrates="" in="" the="" two="" patient="" groups="" and="" to="" study="" the="" correlations="" of="" the="" inflammatory="" microenvironment="" at="" 6="" weeks="" post-transplantation="" with="" the="" development="" of="" ifta="" 6="" months="" after="">

Vefjasýni

Við notuðum eftirlitsvefjasýni frá nýrnaþegum við læknaskólann í Hannover (Hannover, Þýskalandi), sem fengust í tengslum við væntanlega eftirlitsvefjasýnisáætlun. Inntökuskilyrði voru: DGF tilvik (skilgreint sem<500 ml="" urine="" production="" within="" the="" first="" 24="" h="" after="" transplantation="" and/or="" the="" need="" for="" dialysis="" within="" 7="" days="" post-transplantation),="" absence="" of="" rejection="" in="" any="" of="" the="" surveillance="" biopsies="" or="" biopsies="" for="" cause="" within="" the="" first="" year="" post-transplantation,="" and="" absence="" of="" ifta="" in="" the="" surveillance="" biopsy="" taken="" at="" 6="" weeks="" after="" transplantation="" (based="" on="" the="" pathology="" report="" and="" graded="" according="" to="" the="" banff="" lesion="" grading="" system="" [24]).="" all="" patients="" were="" treated="" with="" dialysis="" because="" of="" no,="" or="" insufficient="" graft="" function,="" variably="" manifested="" by="" (combinations="" of)="" anuria,="" oliguria,="" metabolic="" de-arrangement="" with="" acidosis,="" or="" hyperkalemia.="" none="" of="" the="" patients="" had="" hyperkalemia="" or="" hypervolemia="" alone.="" formalin-fixed,="" paraffin-embedded="" tissue="" (ffpe)="" from="" biopsies="" taken="" 6="" weeks="" and="" 6="" months="" post-transplantation="" was="" collected.="" six="" patients="" did="" not="" undergo="" a="" surveillance="" biopsy="" procedure="" 6="" months="" after="" transplantation.="" instead,="" the="" surveillance="" biopsy="" was="" taken="" at="" 3="" months="" post-transplantation="" was="" included="" (n="3)" or="" the="" nearest="" cases="" with="" sufficient="" cortical="" tissue="" (here="" defined="" as="" ≥4="" glomeruli)="" in="" both="" the="" 6="" weeks="" and="" the="" 6="" months="" biopsy="" were="" included="" in="" the="" study="" (n="24)." one="" case="" was="" excluded="" because="" of="" interstitial="" nephritis="" of="" unknown="" cause="" and="" one="" more="" case="" due="" to="" fixation="" artifacts.="" a="" final="" number="" of="" 22="" patients="" were="" included="" in="" this="" study="" (table="">

IFTA mat

Umfang millivefsvefja (ci) og píplurýrnunar (ct) (IFTA) eftir 6 vikur og 6 mánuði, gefið upp með Banff meinsemdaflokkunarkerfinu [24] var fengin úr meinafræðiskýrslunni. Til að meta nánar sambandið milli snemma bólgueyðinga og þróunar IFTA voru allar PAS-litaðar skyggnur stafrænar til endurskoðunar með Pannoramic 250 Flash II stafrænum skyggnuskanni (3DHistech, Ungverjalandi) með 20 × hlutlægt með 0,24 μm/pixla upplausn. PAS WSI beggja tímapunkta (6 vikur og 6 mánuðir) var skorað fyrir umfang IFTA (hlutfall yfirborðs, með 10 prósent millibili) af þremur nýrnasjúkdómafræðingum. Meðal IFTA stig meinafræðinganna voru notuð sem lokastig til að reikna út breytingu á IFTA milli 6 vikna og 6 mánaða eftir ígræðslu. Sjúklingar voru lagskiptir eftir algerri aukningu á IFTA skori um 10 prósent eða meira (n=13) og engin eða<10% increase="" of="" ifta="" (n="9)" (table="" 1).="" recipient="" characteristics,="" donor="" characteristics,="" and="" banff="" ci,="" ct,="" ti,="" i,="" and="" i-ifta="" lesion="" scores="" (obtained="" from="" the="" pathology="" report)="" are="" listed="" in="" table="" 1="" for="" both="" patient="" groups.="" significant="" differences="" between="" patient="" groups="" were="" assessed="" using="" the="" independent="" samples="" mann–whitney="" u="" test="" or="" fisher's="" exact="" test="" and="" are="" displayed="" in="" table="">

Að auki voru Banff-skemmdirnar bornar saman á milli tímapunkta með því að nota Wilcoxon undirritað raðapróf. Þetta leiddi í ljós marktækan mun á 6 vikna og 6 mánaða vefjasýni fyrir Banff flokkana ti (p=0.017), ci (p=0.004) og ct (p=0.011) .

Multiplex TSA litun

Við framkvæmdum multiplex IHC með því að nota mTSA til að sjá mörg frumumerki í 6 vikna vefjasýnunum. Eftir ræktun með frum- og aukamótefni var vefurinn meðhöndlaður með flúrljómandi merktu týramíði. Piparrótarperoxidasinn frá aukamótefninu hvatar myndun virkra týramíðstakeinda. Týramíð stakeindir bindast samgilt týrósínleifunum á mótefnavakanum. Þessi varanleg binding gerði kleift að fjarlægja aðal-efri mótefnasamstæðuna af hita af völdum hita en varðveita flúrljómandi týramíðútfellingu [25]. Þetta gerði það kleift að rækta í kjölfarið með frekari mótefnum frá sömu tegund gegn markmótefnavakunum.

mTSA var framkvæmt á tveimur samfelldum glærum úr 6 vikna eftirlitssýnum. Við þróuðum tvö mTSA spjald til að meta bólgueinangrun og umfang peritubular háræða í sjúklingahópum okkar. Panel I var til af mótefnum gegn CD3, CD4, CD8, CD20, CD68 og CD34. Panel II var notað til að rannsaka T-hjálparfrumurnar og skautun átfrumna með því að nota and-CD4, Tbet, GATA3, CD68 og CD163 mótefni. Mótefnaforskriftir, þynningar og litunarraðanir eru skráðar í viðbótartöflu 1. Allar glærur voru afparafínaðar í xýleni, þurrkaðar í 95 prósent etanóli, þvegnar í kranavatni og soðnar til að ná í epitóp í 10x þynntu tris-borate-EDTA (TBE) , 0658, VWR Life Sciences, Bandaríkjunum) biðminni. Eftir kælingu voru glerin þvegin í 3 prósenta vetnisperoxídasalausn fyrir innræna peroxidasablokkun og þvegin með tris-bufferðri saltlausn með 0,05 prósent Tween 20 (822184, Merck KGaA, Þýskalandi) (TBS-T). Próteinblokkun var framkvæmd með því að nota TBS-T með 1 prósent nautgripasermi albúmíni (BSA) (mTSA skref 1). Aðal mótefni voru ræktuð í 1 klst við stofuhita, eða yfir nótt við fjögur gráður á Celsíus (mTSA skref 2). Eftir þvott í TBS-T voru skyggnurnar ræktaðar með HRP-tengdu aukamótefni (Poly-HRP-GAMs/Rb IgG, VWRKDPVO999HRP, Immunologic, Hollandi) í 30 mínútur við stofuhita (mTSA skref 3). Næst var TSA framkvæmt með því að nota Opal TSA flúrófóra úr Opal 7-litahandbók IHC Kit (NEL811001KT, Akoya Biosciences, Bandaríkjunum) (mTSA skref 4) (flúrófórar og samsvarandi mótefni þeirra eru skráð í viðbótartöflu 1). Mótefna-TSA flókið var fjarlægt með suðuhring í TBE jafnalausn (mTSA skref 5). mTSA skref 1–5 voru endurtekin þar til glærurnar voru litaðar með öllum mótefnum frá viðkomandi spjaldi. Skyggnurnar voru þaktar fluoromount-G með DAPI (00-4959-52, Thermo Fisher, Bandaríkjunum).

herba cistanche

Multiplex TSA staðfesting

Endurteknar suðulotur geta haft áhrif á sækni markeinkunnar. Sum mótefni sýna veikara litamynstur eftir að vefurinn hefur verið soðinn mörgum sinnum, önnur mótefni þurfa fleiri suðulotur til að ná hámarks litunarstyrk og önnur verða ekki fyrir áhrifum. Við metum þessi áhrif fyrir öll mótefni með því að nota litmyndandi IHC á FFPE stjórn hálskirtlavef. Fyrir hvert mótefni sem var prófað (n=9) voru sex hlutar skornir (4 μm á þykkt). Allar glærur voru afparafínaðar í xýleni, þurrkaðar í 95 prósent etanóli, þvegnar í kranavatni og soðnar til endurheimts á epitópum í 10x þynntum TBE (suðulotu eitt). Eftir kælingu var ein glæra fyrir hvert prófað mótefni geymt í fosfat-bufferuðu saltvatni (PBS). Rekurnar sem eftir voru voru soðnar aftur. Þessi hringrás var endurtekin fimm sinnum. Allar glærur voru síðan þvegnar í 3 prósenta vetnisperoxídasalausn og fylgt eftir með skolun í PBS. Aðalmótefni (aukatafla 1) voru ræktuð í 1 klst við stofuhita. Eftir ræktun voru glærurnar þvegnar í PBS. Skyggnur litaðar með and-CD68, Tíbet og GATA3 mótefnum kröfðust viðbótar ræktunar með post-mótefnablokkun (PAB) í 15 mínútur (VWRKDPVB blokkun, Immunologic, Hollandi). Eftir ræktun voru skyggnurnar þvegnar í PBS og ræktaðar með HRP-tengdu aukamótefni (eftir PAB VWRKDPVB110HRP, Immunologic, Hollandi, fyrir aðra, sjá aukatöflu 1 fyrir aukamótefni). Sjónræn var gerð með því að nota 3,3′-díamínóbensídín (DAB) (Bright-DAB, VWRKBS04, Immunologic, Hollandi). Niðurstöðurnar eru sýndar í viðbótarmynd 1. Byggt á þessum niðurstöðum ákváðum við bestu mótefnaröð fyrir mTSA tilraunirnar, eins og skráð er í viðbótartöflu 1.

Ef áhugaverðir þættir eru sambyggðir geta týramíðútfellingar truflað hvert annað. Til að prófa þessa sterísku hömlun, notuðum við hálskirtlaeftirlitsvefsrennur og lituðum þær með mTSA spjöldum okkar. Mótefnatjáningin í mTSA var borin saman við það í einlituðum glærum, sem fóru í gegnum jafnmargar suðulotur. Við sáum ekki mun á litamynstri á milli ein- og marglitaðra glæranna (dæmi fylgja með í spjaldi I, aukamyndir 2 og 3). Öll frummótefni í mTSA voru notuð í sömu þynningu og notuð var fyrir litningamyndandi IHC. Styrkur flúrljómunarmerkisins var fínstilltur með því að stilla þynningar TSA lausnarinnar.

Multiplex TSA myndgreining

Fjölrófsmyndataka var gerð með Vectra Polaris myndgreiningarkerfi (CLS143455, Akoya Biosciences, Bandaríkjunum) með 20x markmiði, í upplausninni 0,49 μm á pixla, og með DAPI, FITC, CY3, Texas Red og Cy5 litrófskubbar. Vectra kerfið gerir handvirkt val á svæðum fyrir fjölrófsupptöku, sem síðan er skipt af kerfinu í flísar (mynd 1.1). Litróf sjálfvirkrar flúrljómunar og öll Opal TSA flúorófór voru fyrirfram skráð í litrófs-"safni" með Inform Advanced Image Analysis Software 2.4.6. (Akoya Biosciences, Bandaríkjunum). Litrófssafnið gerði kleift að sundra margfeldisflísum í margar stakar flísar sem tákna framlag hvers flúorófórs ("óblöndun"). Þetta leiddi til einkróma, fjölrása flísar, þar sem hver rás samsvaraði einum flúorófóri og þar með mótefni (mynd 1.2).

Umbreyting í gervi bjarta svið IHC

Byggt á geymdum hnitum voru flísarnar saumaðar til að búa til fjölrása WSI með því að nota sérsniðið python skrift (Mynd 1.3). Göngunum sem tákna DAPI merkið (IDAPI) og rásirnar sem tákna eitt af mótefnunum (IIHC) var breytt í gervi hematoxylin og DAB litun, í sömu röð (Mynd 1.4 og 1.5). Byggt á þekktu litahematoxýlíni og DAB Cx, Cy hnitum eftir umbreytingu lita-mettunar-þéttleika (HSD) umbreytingu, var litavera aflað í fyrri rannsóknum [26, 27]. Þessir litavektorar voru notaðir til að reikna út rauð-græn-blá gildi fyrir gervi bjarta reitinn IHC (mynd 1.5), sem:

með CR, stuð ljósgleypni litarefnisins í rauða hluta litrófsins. Gildi fyrir B og G voru reiknuð á svipaðan hátt.

Myndgreining

Áhugaverð svæði (ROI)

Áhugaverð svæði (ROI) voru merkt fyrir hvert tilvik í hópnum með því að nota sjálfvirka glærugreiningarvettvangshugbúnaðinn (ASAP; útgáfa 1.9, fáanleg sem opinn hugbúnaður á GitHub). Þessir arðsemisþættir samanstanda af millivef í heilaberki og útiloka þannig hylkið, gaukla og slagæðar. Þar sem bólga í nýrnasvæði undirhylkja er talin ósérstök í meinafræði ígræðslu, voru vefjasýnin í þessari rannsókn fyrst og fremst greind að undanskildum undirhylkjasvæðinu (skilgreint sem 400 µm fyrir neðan hylkið). Í öðru lagi endurtókum við greiningarnar, þar með talið undirhylkjasvæðið. Sjónræn dæmi um arðsemi eru innifalin í viðbótarmynd 4.

Eitilfrumugreining CNN I

Gervi IHC myndirnar á björtu sviði sem tákna CD3, CD4, CD8 og CD20 litun voru greindar með því að nota núverandi CNN með U-Net arkitektúr [22, 28]. Þetta net var sérstaklega hannað til að greina umfrymiseitilfrumumerki í IHC. Hægt er að tjá árangur CNN í nákvæmni, innköllun og F1- skori, þar sem:

CNN náði nákvæmninni {{0}}.76, innköllun upp á 0.79 og F1-einkunn upp á 0}.78 á prófunarsettinu sem var notað í upprunalegu blaðinu, sem samanstendur af hefðbundnum IHC WSI. Greining á einstökum jákvæðum frumum krefst þröskulds á CNN framleiðsla, fylgt eftir með eftirvinnslu. Vegna þess að CD3 litun í mTSA spjaldinu var sterkari samanborið við CD4, CD8 og CD20, var lægri hlutgreiningarþröskuldur notaður fyrir seinni þrjú (0,4) og upphaflegi hlutgreiningarþröskuldurinn fyrir CD3 (0,7). Til að meta frammistöðu CNN á IHC WSI í gervi ljóssviðinu í þessari rannsókn, voru fjórir gervi ljóssviðs IHC WSI (CD8 og CD20 frá tveimur sjúklingum) notaðir sem prófunarsett í þessari rannsókn. Punktaskýringar (n=1115) voru búnar til með ASAP hugbúnaði. Eftir að netkerfið var beitt voru nákvæmni, innköllun og F1- stig reiknuð til að meta árangur CNN. Greiningar voru álitnar sannar jákvæðar ef þær fundust innan við 4 µm (meðalþvermál eitilfrumna) frá grunnsannleikaskýringum. Þegar tvær greiningar fundust innan 4 µm sviðs var aðeins sú greining sem var næst skýringunni talin sann jákvæð. Í kjölfarið var eitilfrumugreining CNN I notað til að greina öll gervi ljóssviðs IHC WSI sem tákna umfrymiseitilfrumumerki (CD3, CD4, CD8 og CD20).

Eitilfrumugreining CNN II

Greining á gervi björtu sviði IHC WSI með kjarnalitunarmynstri (eins og fram af T-bet og GATA3) rásum sem tákna DAPI og CD4 voru valdar til að sameinast í einu WSI (4). Blettaferrar sem fengust í fyrri rannsóknum voru notaðir til að lita DAPI merkið blátt (hematoxylin) og CD4 merkið brúnt (DAB), sem leiddi til gervibjarta IHC WSI (5).

krafist þjálfunar, löggildingar og prófunar á nýju CNN. Í þessu skyni voru níu glærur skornar úr FFPE stjórnvef um nýru, hálskirtla og viðauka. Þessar skyggnur voru IHC-litaðar með and-Tíbet (klón 4B1{{10}}, 14-5825-82, Thermo Fisher Scientific, Bandaríkjunum) og and-GATA3 (klón L50-823, CM -405B, Biocare Medical, Hollandi) mótefni. Skyggnurnar voru stafrænar með Pannoramic 250 Flash II stafrænum skyggnuskanni með upplausninni 0,12 μm/pixla. Tveir áheyrnarfulltrúar framleiddu 5726 punktaskýringar á mismunandi svæðum með ASAP hugbúnaði. Skýringar frá fimm skyggnum voru notaðar til að þjálfa U-Net arkitektúr CNN með því að nota plástra upp á 256 × 256 pixla með pixlastærð 0,49 μm/ pixla. Tveir WSI voru notaðir til að staðfesta CNN og til að ákvarða hlutgreiningarþröskuld (0,4). Frammistaða CNN á hefðbundnum IHC WSI var metin á stöðvuðu prófunarsetti af tveimur IHC WSI. Frammistaða CNN á IHC WSI í gervibjörtu sviðum var metin á aukaprófunarsetti sem samanstóð af fjórum IHC WSI gervibjarta sviðum (Tíbet og GATA3 frá tveimur sjúklingum) með 1082 punktaskýringum. Nákvæmni, innköllun og F1-einkunn voru reiknuð til að meta árangur í báðum prófunarsettunum. Greiningar voru álitnar sannar jákvæðar ef þær fundust innan við 4 µm frá sannleiksskýringum. Þegar tvær greiningar fundust innan 4 µm sviðs var aðeins sú greining sem var næst skýringunni talin sann jákvæð. Í kjölfarið var eitilfrumugreining CNN II notað til að greina öll gervi ljóssviðs IHC WSI sem tákna kjarnamerki (eitilfrumur) (Tíbet og GATA3).

Átfrumugreining CNN

Öfugt við greiningu eitilfrumna er auðkenning einstakra átfruma ekki ótvíræð. Sérstaklega í þyrpuðum senum má búast við verulegum breytileika áhorfenda. Þess vegna var miklu meiri fjöldi tilfella og mannaskýringar notaðar til að þjálfa sérstakt þriðja CNN til að greina CD68 plús og CD163 plús átfrumna. IHC-lituðum glærum (n=111) úr innfæddum og ígræddum nýrnavef var safnað. IHC litun var gerð með því að nota and-CD68 (klón PG-M1, GA61361-2, Dako Omnis, Danmörk eða klón KP1, M0876, Dako, Danmörk) eða and-CD163 (klón MRQ) -26, eða 10D6, NCL-L-CD163, Leica Biosystems, Bretlandi) mótefni. IHC skyggnurnar voru stafrænar með víðsýnum 250 Flash II stafrænum skyggnuskanni eða Aperio AT2 skyggnuskanni (Leica Biosystems, Wetzlar, Þýskalandi) í upplausninni 0.24 eða 0 .25 μm/pixla, í sömu röð. Fjórir áheyrnarfulltrúar framleiddu 37.709 punktaskýringar á mörgum arðsemisþáttum í WSIs, með því að nota siðareglur fyrir átfrumaskýringar, sem samþykkt var eftir fyrstu tilraunatilraunir. Skýringar frá 101 skyggnum voru notaðar til að þjálfa YoloV2 arkitektúr CNN [29]. Yolo hentar sérstaklega vel fyrir verkefni sem miða að uppgötvunarverkefnum. Netið, sem samanstendur af sjö snúningslögum, var þjálfað á 256 × 256 pixlum sem dregnir voru út í upplausninni 0,98 μm/pixla með 21 μm afmörkunarreitum (miðað við meðalstærð átfrumna). Tíu WSI voru notaðir til að staðfesta CNN og til að ákvarða hlutgreiningarþröskuld (0,45) og óhámarksbælingarfæribreytur (0,05). Frammistaða CNN á hefðbundnum IHC WSI var metin á stöðvuðu prófunarsetti með tíu IHC WSI. Frammistaða CNN á IHC WSI í gervibjörtu sviðum var metin á aukaprófunarsetti sem samanstóð af fjórum IHC WSI gervibjarta sviðum (CD68 og CD163 frá tveimur sjúklingum) með 1033 punktaskýringum. Nákvæmni, muna og F1 stig voru reiknuð út til að meta árangur á báðum prófunarsettum. Greiningar voru álitnar sannar jákvæðar ef þær fundust innan við 21 µm (meðalþvermál stórfata) frá grunnsannleikaskýringum. Þegar fleiri greiningar fundust innan 21µm sviðs var aðeins sú greining sem var næst skýringunni talin sann jákvæð. Í kjölfarið var átfrumugreiningin CNN notað til að greina öll gervi ljóssviðs IHC WSI sem tákna átfrumumerki (CD68 og CD163).

cistanche tubolosa testósterón

Tvöföld jákvæðni

Jákvæðni frumna fyrir tvö merki (tvöföld jákvæðni) var metin með því að ákvarða fjölda pixla á milli frumugreininga í mismunandi rásum. Ef fjarlægðin milli tveggja eitilfrumugreininga var<4 µm,="" the="" cell="" was="" considered="" double-positive.="" for="" macrophages,="" this="" was="" set="" to=""><21µm. this="" was="" used="" to="" assess="" cd3+cd4+,="" cd3+cd8+,="" cd4+tbet+,="" cd4+gata3+,="" and="" cd68+cd163+="">

Frumutölur voru reiknaðar inni í arðsemi arðseminnar og frumuþéttleiki var byggður á frumufjölda og flatarmáli skýrts arðsemi.

Staðbundin tengsl

Sjálfvirk frumugreining í WSI gerir kleift að rannsaka staðbundin tengsl milli frumna. Stysta meðalvegalengdin var ákvörðuð (á svæðum fyrir utan undirhylkjasvæðið) fyrir CD68 plús frumur og CD3 plús , CD3 plús CD8 plús og CD20 plús frumur í WSI á pallborði I fyrir báða sjúklingahópana og á milli CD163 plús frumna og CD4 plús , CD4 plús Tbet plús , og CD4 plús GATA3 plús í WSI fyrir báða sjúklingahópa.

Útbreiðsla peritubular háræða

Til að meta umfang peritubular háræða, voru óblönduð WSI sem táknar CD34 rásina greind á Fiji (ImageJ version 2.0.0, Bandaríkjunum, fjölvi og viðbætur: "Open and Duplicate", "ASAP ROI Reader") [30]. Jákvæðir pixlar voru ákvarðaðir með sjálfvirkum þröskuldum og síðan gefin upp sem hlutfall af heildarfjölda pixla innan arðseminnar.

tölfræðigreining

Þéttleiki eftirfarandi frumustofna var reiknaður út í 6 vikna vefjasýni: T-eitilfrumur (CD3 plús ), frumudrepandi T-eitilfrumur (CD3 plús CD8 plús ), B-eitilfrumur (CD20 plús ), átfrumur (CD68 plús , spjald I og II), skautaðir átfrumur (CD68 plús CD163 plús , CD163 plús ), T-hjálpar 1 eitilfrumur (CD4 plús Tbet plús ), og T-hjálpar 2 eitilfrumur (CD4 plús GATA3 plús ). Spearman's fylgnistuðlar voru reiknaðir út til að meta hvort fylgni væri til staðar á milli T-hjálpar 1 og T-hjálpar 2 eitilfrumnaþéttleika (CD4 plús Tbet plús , CD4 plús GATA3 plús) og skautaðs átfrumnaþéttleika (annaðhvort CD68 plús CD163 plús eða CD163 plús). Við sáum CD68 merki (flúorófór 540 nm) í gervi CD4 (flúorfór 520 nm) IHCs á spjaldi I. Þess vegna tilkynnum við að auki frumuþéttleika fyrir CD3 plús CD8− frumur. Til að meta mun á milli sjúklingahópa með mismunandi IFTA niðurstöður tilkynnum við miðgildi, lágmarks og hámarks frumuþéttleikagildi fyrir hvern hóp. Marktækur munur á frumuþéttleika og útbreiðsla peritubular capillary (skilgreint sem CD34-jákvæð pixlahlutfall) milli hópa var metinn með Mann–Whitney's U prófinu fyrir óháð sýni. Hvort sjúklingar með mismunandi IFTA niðurstöður sýna marktækt mismunandi CD3 plús CD8−/CD3 plús CD8 plús frumuhlutföll, var metið með t-prófi fyrir óháð sýni. Mismunur milli sjúklingahópa í staðbundnum tengslum CD68 plús og CD163 plús frumna við aðrar ónæmisfrumur var metinn með tilliti til marktækis með því að nota Mann–Whitney's U prófið fyrir óháð sýni.

Niðurstöður

CNN byggð uppgötvun á IHC jákvæðum frumum

Til þess að nota núverandi CNN, sem upphaflega voru þróuð fyrir ljóssviðssmásjárskoðun, var mTSA flúrljómunarmyndum breytt í gervi ljóssviðsmyndir. Dæmi um mTSA-lituð svæði með samsvarandi IHC myndum af gervibjörtu sviðum eru með á mynd 2. Dæmi um IHC WSI tilbúið bjarta svið er sýnt á viðbótarmynd 4. Hægt væri að opna fjölupplausn WSI og skoða í stafrænni glæruskoðun hugbúnaður eins og ASAP og Aperio ImageScope [v12.4.3.5008]. Eins og sést á mynd 2, var gervi bjarta sviðið IHC WSI hentugur fyrir sjálfvirka greiningu af CNN sem voru upphaflega þróuð fyrir hefðbundna IHC WSI.

Þrjú CNN voru notuð til magnmats á bólgufrumum í 6 vikna mTSA-lituðum ígræðsluvefsýnum: fyrir eitilfrumugreiningu með umfrymis (CNN I) og kjarna (CNN II) IHC litun og til að greina átfrumna. Tafla 2 sýnir frammistöðu CNN (nákvæmni, endurköllun og F1-stig) fyrir úthaldssett af bæði DAB-lituðum IHC WSI og gervi ljóssviðs IHC WSI. Frammistaða CNN var venjulega jafn góð og eða betri en grunnlína CNN sem lýst var áður (með F1-einkunn upp á 0.78), sem sýndi sig hafa frammistöðu sambærilega við reyndan handvirkan áhorfendur [22] . Þó að eitilfrumugreiningin CNN II sýndi nokkuð skerta frammistöðu á sýndarbirtumyndum samanborið við raunverulegar DAB myndir (sem CNN var þjálfaður á), kom fram hið gagnstæða fyrir CNN fyrir átfrumugreiningu.

Dæmi um árangursríkt sjálfvirkt tvöfalt jákvæðnimat er með á mynd 3.

Fylgni mismunandi frumutegunda

Sterkasta fylgnin sást á milli CD4 plús GATA3 plús frumuþéttleika og CD163 plús frumuþéttleika (Spearman's stuðullinn 0.75, p < 0.001)="" í="" 6="" vikna="" vefjasýni="" (viðbótarmynd="" 5a).="" þessi="" fylgni="" var="" veikari="" milli="" cd4="" plús="" tbet="" plús="" frumuþéttleika="" og="" cd163="" plús="" frumuþéttleika="" (spearman's="" stuðull="" 0.61,="" p="">< 0.01)="" (aukamynd.="" 5b)="" .="" þegar="" frumuþýðið="" var="" takmarkað="" við="" tvöfalt="" jákvæða="" átfrumur="" (cd68="" plús="" cd163="" plús="" ),="" var="" fylgnistuðull="" spearman="" 0,65="" (p="">< 0,01)="" með="" cd4="" plús="" gata3="" plús="" frumum="" og="" 0,66="" (p="">< 0,01)="" með="" cd4="" plús="" tbet="" plús="" frumur="" (aukamynd.="" 5c,="" d).="" það="" breytti="" ekki="" niðurstöðunum="" að="" taka="" undirhylkjasvæðið="" með="" í="">

Samanburður á bólguíferðum millisjúklingar sem eru að þróast í IFTA á móti non-IFTA

Sjúklingar sem fóru yfir í IFTA eftir 6 mánuði sýndu marktækt hærri CD163 plús frumuþéttleika í vefjasýnum sem teknar voru 6 vikum eftir ígræðslu (miðgildi 505 frumur/mm2) samanborið við sjúklinga sem ekki náðu IFTA (miðgildi 370 frumur/mm2; p=0 .043) (Tafla 3). Innlimun á undirhylkjasvæðinu leiddi til þess að þessi áhrif minnkaði lítillega (p=0.051). CD68 og CD4 voru notuð í báðum spjöldum. Gler sem litaðar voru með mTSA spjaldi I sýndu meiri CD68 jákvæðni en glærur sem litaðar voru með mTSA spjaldi II. CD4 frumuþéttleiki er meiri í mTSA spjaldi II samanborið við mTSA spjald I (tafla 3).

Útbreiðsla peritubular capillary var svipað í 6 vikna vefjasýnum DGF sjúklinga með mismunandi IFTA niðurstöður (tafla 3), bæði þegar útilokað var (p=0.74) og með (p=0.90) undirhylkjasvæðið úr/í greiningunni.

Mat á CD3 plús CD8−/CD3 plús CD8 plús frumuhlutföllum sýndi marktækt hærra hlutfall hjá sjúklingum með<10% ifta="" development="" 6="" months="" post-transplantation="" (ratio="" of="" 17.5)="" than="" in="" patients="" with="" ≥10%="" ifta="" development="" (ratio="" of="" 9.80;="" p="0.043)" (table="">

Stysta meðalvegalengd frá CD68 plús frumum til CD3 plús , CD3 plús CD8 plús og CD20 plús frumur (spjald I) og frá CD163 plús frumum til CD4 plús , CD4 plús Tbet plús og CD4 plús GATA3 plús frumur (spjald II) gerði það. ekki marktækur munur á milli sjúklingahópa. Niðurstöðurnar eru sýndar á mynd 4.

cistanche þykkni: bætir nýrnastarfsemi og líkamlegan styrk

Umræða

Í þessari rannsókn þróuðum við aðferð til að mæla nákvæma og hlutlæga magngreiningu á bólgufrumum í vefjasýni nýrnaígræðslusjúklinga með DGF sem sniðgangar umfangsmikinn raðskurð á efni úr nýrnavefsýni. Í þessu skyni sameinuðum við multiplex IHC, týramíð merki mögnun, fjölrófsmyndgreiningu og magngreiningu með CNN. Við vorum fyrst til að umbreyta flísalögðum fjölrófsgögnum í eina gervi litningamynd fyrir hvert frumumerki, sem auðveldaði WSI greiningu og beitingu CNN sem eru hönnuð fyrir IHC í björtu sviðum. Við hönnuðum tvær nýjar CNN til að greina kjarnalitaðar eitilfrumur og átfrumur og sýndum fram á alhæfingarhæfni CNN sem þróuð voru á hefðbundnum IHC WSI yfir í gervi ljóssviðs IHC WSI. Sýnt var fram á notagildi aðferðar okkar með því að nota megindlegar niðurstöður sem fengust af CNN til að rannsaka fylgni á bólguörvandi örumhverfi í 6 vikna vefjasýnum DGF sjúklinga með þróun IFTA 6 mánuðum eftir ígræðslu.

Við notuðum handvirkt litunarsett sem er fáanlegt í verslun fyrir multiplex IHC til að sjá ónæmisfrumur og peritubular háræðar í eftirlitslífsýnum sem fengust 6 vikum eftir ígræðslu. Multiplex litunarferlið samanstóð af mörgum þvotti, ræktun og vefjasuðuþrepum og felur í sér nokkrar hvarfefnislausnir. Víðtækar sannprófanir á aðferðum og gæðaeftirlit skipta því miklu máli og mælt er með notkun sérstakra mótefna sem gefa stöðugan litunarstyrk. Þrátt fyrir framkvæmt staðfestingarskref sáust átfrumulík litunarmynstur í CD4 rásum glæra frá mTSA spjöldum I og II. CD4 og CD68 litunarlotur voru ekki gerðar samfleytt, þannig að þetta fyrirbæri gæti ekki stafað af ófullkominni strippingu á CD68 mótefninu (viðbótartafla 1). Þrátt fyrir að sjaldgæfum tilfellum tví-jákvæðni átfrumna með CD4 hafi verið lýst [31], er líklegri skýring í nálægð losunarrófs flúorófóranna sem voru notuð fyrir CD4 (520 nm) og CD68 (540 nm) sjónmyndir, sem báðar fjalla um. með FITC síuteningi flúrsmásjáarinnar. Þetta getur valdið "blæðingu" á sterku CD68 merkinu inn í CD4 rásina. Mikið af þessu merki var útilokað frá greiningu í pallborði I vegna þess að aðeins CD4 plús frumur sem voru tvöfalt jákvæðar með CD3 voru notaðar fyrir almenna T-hjálparfrumugreiningu. Engu að síður ákváðum við að meta óbeint líka almennar T-hjálparfrumur og nota CD3 plús CD8− í staðinn. Í pallborði II var CD4 eingöngu notað í samsettri meðferð með Tíbet og GATA3, sem takmarkaði hættuna á notkun falskt-jákvæðra greininga.

Lægri CD68 jákvæðni sást í spjaldi II samanborið við spjald I. Við gerum ráð fyrir að þetta sé afleiðing sterískrar hömlunar með týramíði útfellingu sem tilheyrir CD163 ("regnhlífaráhrif") [32]. Við sáum marktækt fleiri CD163-jákvæðar frumur í rannsóknarhópnum en í hálskirtlavef sem var notaður til að athuga hvort sterísk hömlun væri, sem gæti hugsanlega útskýrt hvers vegna þessi áhrif fundust ekki við staðfestingu.

Multiplex IHC hefur verið blandað saman við fjölrófsmyndgreiningu til að skoða örumhverfi æxlis í nokkrum krabbameinsrannsóknum og nýlega einnig til greiningar á höfnun nýrnaígræðslu [33-35]. Til að draga fram framlag allra merkja í mTSA glærum eru hlutar myndaðir með Vectra kerfi eða svipaðri flúrljómunarsmásjá með fjölróflegri uppsetningu. Eftir að hafa tekið upp yfirlitsmynd með lítilli stækkun, skiptir Vectra kerfið vefnum í flísar og skannar flísarnar sjálfkrafa margróflega. Þetta leiðir til myndflísa með mörgum þáttum litrófs. Vegna þess að litróf stakra flúorófóranna eru þekkt frá fyrirfram skráða litrófs-"safninu", er hægt að sundra margfeldisflísunum í margar stakar flísar sem tákna framlag hvers flúorófórs ("óblöndun"). Í flestum rannsóknum eru óblönduðu myndirnar síðan greindar með viðskiptahugbúnaði. Í mörgum tilfellum styðja þessi forrit ekki WSI greiningu, eiga í erfiðleikum með að greina þyrpingar frumur og eru oft ekki þola gripi og litunarafbrigði. Með því að umbreyta óblönduðu flísunum í gervi IHC WSIs á björtu sviði, gerði okkur kleift að nota núverandi CNN sem er sérstaklega hannað fyrir eitilfrumugreiningu í IHC [22] (vísað til sem eitilfrumugreiningar CNN I). Þetta net getur greint einstakar og þyrpaðar eitilfrumur með mikilli nákvæmni á meðan það er seigur fyrir bakgrunnslitun (mynd 2, CD3). Að auki þjálfuðum við tvö ný CNN til að greina frumur með kjarnalitunarmynstri (Tíbet, GATA3) (eitilfrumugreining CNN II) og til að greina átfrumur. Alræmd er erfitt að greina átfrumur vegna dreifðs litamynsturs þeirra. Átfrumugreiningin CNN var því þjálfuð með því að nota skýringar fjögurra mismunandi sérfræðinga. Áður en skýringarnar voru gerðar voru margir fundir skipulagðir þar sem viðmiðin til að skýra átfrumur voru rædd og metin. Þetta leiddi til netkerfis sem getur greint átfrumur á margfaldan hátt á sama tíma og það er öflugt fyrir ósértæka litun (tafla 2, mynd 2 og viðbótarmynd 6). Að því er við vitum er þetta fyrsta reikniritið fyrir greiningu átfrumna í skannaðar vefjameinafræðilegum hlutum. Við prófuðum frammistöðu allra þriggja netkerfanna á prófunarsetti sem samanstendur af hefðbundnum IHC WSI (svipað þeim sem notaðir eru við þjálfun) og á aukaprófunarsetti sem samanstóð af gervi IHC WSI, sem var myndað af fjölrófsupptökum myndum. Öll CNN sýna mjög góða frammistöðu í aðalprófunarsettunum og svipuð F1-einkunn í aukaprófunarsettunum. Frammistöðumælingar fyrir eitilfrumugreiningu CNN I voru reiknaðar út á eðlilegum vefjum, gripum og frumuklösum. Gervi ljóssviðs IHC í öðru prófunarsettinu innihélt enga vefjagripi og færri frumuklasa. Þetta getur útskýrt almennt betri árangur þessa nets á öðru prófunarsettinu. Átfrumnagreiningin CNN var þjálfuð og prófuð á athugasemdum frá fjórum mismunandi skýringaraðilum. Þó að skýringarviðmið hafi verið sérstaklega rædd, sáust engu að síður afbrigði í skýringarstíl. Næmni CNN er því sennilega einhvers staðar í miðju öfganna í athugasemdastílnum. Skýringar fyrir annað prófunarsettið voru búnar til af einum athugasemdaraðila, sem virðist passa við CNN næmi.

Með því að nota CNN sem lýst er leyfðum við okkur að rannsaka bólgueyðandi efni með áður óþekktri nákvæmni í einstakri röð stranglega völdum snemmeftirlitslífsýna af ígræðslusjúklingum með DGF.

Því miður þurfti að útiloka mörg sýni frá greiningu, aðallega vegna ófullnægjandi vefjaleifa eftir greiningu. Jafnvel með takmarkaða stærð gagnasettsins fundum við marktækt hærri CD163 plús frumuþéttleika í vefjasýni DGF sjúklinga sem komust yfir í þróun IFTA, sem er í samræmi við hugsanlega profibrotískt hlutverk þessara frumna [11]. Þó að þróunin sem kom fram væri í samræmi við birt gögn gátum við ekki staðfest skaðleg áhrif snemma tilvistar CD68 plús átfrumna sem áður hefur verið greint frá fyrir aðra nýrnaþegahópa [7, 36, 37]. Við fundum jákvæða fylgni á milli þéttleika CD4 plús GATA3 plús frumna og CD163 plús frumna, sem gæti staðfest framlag T-hjálpar 2 eitilfrumna í átt að pro-fibrotískt örumhverfi. Þó að engin ný forspárlífmerki fyrir IFTA-þroska hjá DGF-sjúklingum hafi fundist í þessari rannsókn, þróuðum við með góðum árangri aðferðir til að nákvæma, endurtakanlega og stigstærða mat á bólgusýkingu í strjálum vefjum eins og lífsýni ígræðslu. Þessar aðferðir eru dýrmætar fyrir framtíðar megindlegar rannsóknir á bólgum í vefjameinafræðilegum vefjum.

Til að létta á nýrnahettum með cistanche, smelltu hér til að fá frekari upplýsingar

Aðgengi gagna

Samstarfsbeiðnir sem fela í sér notkun gagna sem kynnt eru í þessari rannsókn er hægt að senda til samsvarandi höfundar (jeroen.vanderlaak@radboudumc.nl) eða FF (Feuerhake. Friedrich@mh-hannover.de).

Viðurkenningar

Við þökkum Mark Gorris og Kiek Verrijp fyrir ráðleggingarnar varðandi mTSA litun og myndgreiningu, Merijn van Erp fyrir að þróa sérsniðna ImageJ virkni og Sophie van den Broek, Milly van de Warenburg og Martijn Otten fyrir að búa til grunnsannleika fyrir átfrumugreiningarnetið. Að auki þökkum við Irinu Scheffner fyrir hjálpina við klíníska gagnasöfnun.

Framlög höfundaMH, VV, JS, WG, FF, BS, LBH og JAWML

hannaði námið. Sjúklingaefni og klínísk gögn var safnað og veitt af JS, WG og FF. FF samræmdi átakið í MHH. JHB, EJS og JK skoruðu PAS rennuna fyrir IFTA prósentu. MH framkvæmdi mTSA litun, staðfestingar á spjaldi I og II og myndgreiningu og óblöndun á spjaldi I. VV myndað og óblandað spjald II. DJG þróaði aðferðirnar til að breyta mTSA flísum í gervi bjarta sviðs WSI. MH framkvæmdi breytingarnar. ZS-C þróaði eitilfrumugreiningar CNN og skrifaði forskriftir að eitilfrumumælingum. JL þróaði átfruma uppgötvun CNN og skrifaði forskriftir fyrir magn átfrumna. MH framkvæmdi frumu- og háræðamælinguna. NSS reiknaði út fjarlægðir frumna. MH, BS, LBH og JAWML greindu gögnin. MH gerði myndirnar og samdi blaðið. Endanleg útgáfa handritsins var endurskoðuð og samþykkt af öllum höfundum.

FjármögnunÞessi vinna var styrkt af ERACoSysMed frumkvæðinu (verkefni SysMIFTA) sem hluti af Horizon 2020 rammaáætlun Evrópusambandsins í boði ZonMw (styrk nr. 9003035004), með samfjármögnun frá þýska rannsókna- og menntamálaráðuneytinu (BMBF), styrk nr. . FKZ031L-0085A (SysMIFTA), FKZ01ZX1710A (MicMode-I2T) og FKZ01ZX1608A (SYSIMIT). JAWML fékk ráðgjafaþóknun frá Philips (Hollandi) og styrki frá

ContextVision, Philips (Hollandi) og Sectra (Svíþjóð), utan innsendu verksins. JK fékk fjárhagslegan stuðning frá Dutch Kidney Foundation (verkefni DEEPGRAFT, styrkur nr. 17OKG23).

Fylgni við siðferðileg viðmið

HagsmunaárekstrarHöfundar lýsa yfir engum samkeppnishagsmunum.

Siðfræðisamþykki og samþykki til þátttökuGagnasöfnun og greining var framkvæmd með upplýstu samþykki sjúklinga og með samþykki siðanefndar (nr. 2765) læknaskólans í Hannover.

Athugasemd útgefandaSpringer Nature er hlutlaus með tilliti til lögsögukrafna í birtum kortum og stofnanatengslum.

Opinn aðgangurÞessi grein er með leyfi samkvæmt Creative Commons Attribution 4.0 alþjóðlegu leyfi, sem leyfir notkun, deilingu, aðlögun, dreifingu og fjölföldun á hvaða miðli eða sniði sem er, svo framarlega sem þú gefur upprunalega höfundinum/höfundunum viðeigandi viðurkenningu ) og upprunann, gefðu upp hlekk á Creative Commons leyfið og tilgreina hvort breytingar hafi verið gerðar. Myndirnar eða annað efni frá þriðja aðila í þessari grein er innifalið í Creative Commons leyfi greinarinnar nema annað sé tekið fram í lánalínu til efnisins. Ef efni er ekki innifalið í Creative Commons leyfi greinarinnar og fyrirhuguð notkun þín er ekki leyfð samkvæmt lögum eða umfram leyfilega notkun þarftu að fá leyfi beint frá höfundarréttarhafa.

Heimildir

1. Siedlecki A, Irish W, Brennan DC. Seinkuð ígræðslustarfsemi í nýrnaígræðslu. Am J Transplant. 2011;11:2279–96.

2. Khalkhali HR, Ghafari A, Hajizadeh E, Kazemnejad A. Áhættuþættir langvarandi ígræðslutaps hjá nýrnaþegum með langvarandi vanstarfsemi ígræðslu. Exp Clin ígræðsla. 2010;8:277–82.

3. Yarlagadda SG, Coca SG, Formica RN, Poggio ED, Parikh CR. Tengsl á milli seinkaðrar ígræðslustarfsemi og lifun ósamgraftar og sjúklinga: kerfisbundin endurskoðun og meta-greining. Nephrol Dial ígræðsla. 2009;24:1039–47.

4. Schröppel B, Legendre C. Seinkuð nýrnaígræðsla: frá vélbúnaði til þýðingar. Nýra Int. 2014;86:251–8.

5. Mengel M, Reeve J, Bunnag S, Einecke G, Jhangri GS, Sis B, et al. Stigagjöf á heildarbólgu er betri en núverandi Banff bólgustig við að spá fyrir um útkomu og umfang sameindaröskunar í nýrnaígræðslu. Am J Transplant. 2009;9:1859–67.

6. Cosio FG, Grande JP, Wadei H, Larson TS, Griffin MD, Stegall

læknir. Að spá fyrir um hnignun á nýrnastarfsemi nýrnaígræðslu í kjölfar snemma eftirlitslífsýna. Am J Transplant. 2005;5:2464–72.

7. Toki D, Zhang W, Hor KLM, Liuwantara D, Alexander SI, Yi Z, o.fl. Hlutverk átfrumna við þróun nýrnasamþættra vefjagræðslu í mönnum á fyrsta ári eftir ígræðslu. Am J Transplant. 2014;14:2126–36.

8. Ikezumi Y, Suzuki T, Yamada T, Hasegawa H, Kaneko U, Hara M, o.fl. Að öðrum kosti virkjað átfrumna við meingerð langvarandi nýrnasamhliða ígræðsluskaða. Barnalæknir Nephrol. 2015;30:1007– 17.

9. Biswas SK, Mantovani A. Mýkleiki átfrumna og samspil við eitilfrumur undirhópa: krabbamein sem hugmyndafræði. Nat Immunol. 2010;11:889–96.

10. Anders HJ, Ryu M. Örumhverfi nýrna og svipgerð átfrumna ákvarða framvindu eða lausn nýrnabólgu og bandvefs. Nýra Int. 2011;80:915–25.

11. Ordikhani F, Pothula V, Sanchez-Tarjuelo R, Jordan S, Ochando J. Macrophages in líffæraígræðslu. Frontiers Immunol. 2020;11:582939.

12. Loverre A, Divella C, Castellano G, Tataranni T, Zaza G, Rossini M, o.fl. T hjálpar 1, 2 og 17 frumuundirhópar hjá nýrnaþegum með seinkaða ígræðslustarfsemi. Transpl Int. 2011;24:233–42.

13. Klauschen F, Müller KR, Binder A, Bockmayr M, Hägele M, Seegerer P, et al. Stiggjöf æxlissígandi eitilfrumna: frá sjónrænu mati til vélanáms. Málstofa Cancer Biol. 2018;52:151–7.

14. Lauren J, Häyry P, Paavonen T. Myndgreining byggð aðferð til magngreiningar á breytum fyrir langvarandi ígræðsluskaða. AMPS. 2006;114:440–8.

15. Malpica N, Solórzano CO, de, Vaquero JJ, Santos A, Vallcorba I, García-Sagredo JM, et al. Að beita vatnaskilalgrímum á skiptingu þyrpaðra kjarna. Frumumæling. 1997;28:289–97.

16. Lai YK, Rosin PL. Skilvirk hringlaga þröskuldur. IEEE Trans Med Imaging. 2014;23:992– 1001.

17. Litjens G, Kooi T, Ehteshami Bejnordi B, Setio AAA, Ciompi F, Ghafoorian M, et al. Könnun um djúpt nám í læknisfræðilegri myndgreiningu. Med Image Anal. 2017;42:60–88.

18. Madabhushi A, Lee G. Myndgreining og vélanám í stafrænni meinafræði: áskoranir og tækifæri. Med Image Anal. 2016;33:170–5.

19. Ehteshami Bejnordi B, Veta M, Diest PJ, van, Ginneken B, van, Karssemeijer N, Litjens G, et al. Greiningarmat á reikniritum fyrir djúpnám til að greina meinvörp í eitlum hjá konum með brjóstakrabbamein. JAMA. 2017;318:2199–210.

20. Hermsen M, Bel T, de, Boer M, den, Steenbergen EJ, Kers J, Florquin S, et al. Vefjameinafræðilegt mat byggt á djúpnámi á nýrnavef. J Am Soc Nephrol. 2019;30:1968–79.