Hluti Ⅱ Efnaskiptaskilningur á erfðavandastjórnun í æxlismíkróumhverfi nýrna tærfrumukrabbameins í nýrum

Niðurstaða

1. Auðkenning á mismunandi tjáðum efnaskiptagenum í KIRC.

Til að kanna efnaskiptavanda í KIRC, könnuðum við tiltæk TCGA gögn til að fá djúpa innsýn í efnaskiptamiðaða meðferð á heilsugæslustöðinni. Í þessu skyni völdum við mengi 1916 efnaskiptagena sem voru skorin úr tveimur mismunandi gagnasöfnum [16, 17] og skimuðum út 1100 mismunandi gena í æxli á móti venjulegum vefjum (viðbótartafla 2). Þessi mismunandi efnaskiptagen voru teiknuð í eldfjöll og hitakort (myndir 1(a) og 1(b)). Af 1100 efnaskiptagenum sem tjáðu sig með mismunandi hætti voru 78 gen uppstýrt og 163 gen með niðurstýringu. Þar að auki voru 859 gen óbreytt. Hitakortið sýnir einstaka tjáningarstuðul þessara mismunandi efnaskiptagena í æxli og venjulegum sýnum (mynd 1(b)). Næst auðkenndum við efstu 10 efnaskiptagenin sem tjáð eru á mismunandi hátt; meðal þeirra voru ENPP3, NNMT, CYP2J2, SCD og HK2 uppstýrt og HSD11B2, HMGCS2, HPD, HS6ST2 og ALDOB voru sett niður. Kassalínur þessara DEmG eru sýndar á mynd 1(c). Meðal uppstýrðra gena er ENPP3 ~7-falt tjáð í æxlum. Að öðrum kosti er genið ALDOB ~5-falt niðurstýrt í greindum æxlissýnum.

Að auki metum við KEGG ferilinn og GO greiningar á DEmGs. KEGG ferlagreining leiddi í ljós að uppstýrðu genin voru marktækt auðguð á kolefnisefnaskiptum, HIF1 merkjum og glýkólýsu/glúkónógengerð með hærra genahlutfalli (8-9 fjöldi gena í hverri leið) (mynd 1(d)). Á sama hátt, meðal niðurstýrðra DEmGs, komumst við að því að kolefnisefnaskipti og valín, leusín og ísóleucín niðurbrot voru efstu leiðirnar sem hafa áhrif á efnaskiptavirka gena (Mynd 1 (e)). Ferðir sem tengjast peroxisome frumulíffæri voru einnig marktækt auðgaðir í niðurstýrðum hópi genaæxlissýna. Athyglisvert er að samanborið við þá sem eru í uppstýrðu genum, hafa leiðirnar sem taka þátt í niðurstýrðum genum hærri marktæk p-gildi. Þess má geta að flestar KEGG-ferlar auðgaðir í niðurstýrðum genaflokkum tengdust amínósýruumbrotum. Til að greina frekar þátt DEmG í æxlismyndun voru GO-virknigreiningar á upp- og niðurstýrðum genum gerðar. Við skiptum GO verufræðinni í þrjá virka subontology hópa, BP (líffræðilegt ferli), CC (frumuþáttur) og MF (sameindavirkni) (myndir 1(f) og 1(g)). Að auki leiddi GSEA greining í ljós marktæka aukningu á auðgun gena sem tengjast BENPORATH_MYC_TARGETS_MEÐ_EBOX í æxlum, en BROWN{{11} } MYELOID_FRUM_ÞRÓUN_UPP, KEGG_ALFA_ LINOLENIC_SÝRA_efnaskipti og KEGG{ {19}}ETHER_ LIPID_EFTABRÉF reyndust vera neikvætt auðgað. Á næsta stigi smíðuðum við PPI net milli próteina og próteina með upp- og niðurstýrðum DEmGs. Fjöldi gena sýndu samskipti sín á milli. Í gegnum víxlverkun þessara gena einangruðum við miðstöð gen. Hver hnútur er aðskilinn frá öðrum miðað við gráðugildið; ennfremur einangruðum við efstu 7 miðstöð gen fyrir PPI. Við könnuðum einnig fylgni á milli þessarar genatjáningar miðstöðvarinnar og klínískra meinafræðilegra eiginleika KIRC í TCGA gagnapakka.

Smelltu hér til að vitahverjir eru kostir Cistanche.

2. Netgreining leiðir í ljós grundvallarbreytingar á efnaskiptum í ýmsum æxlisverufræði.

Næst voru tjáningargögn DEmGs valin og notuð sem inntaksgögn fyrir WGCNA, sem auðkenndu 6 aðskildar samtjáningareiningar sem innihéldu mismunandi fjölda gena fyrir hverja einingu (Mynd 2(a)). Við tengdum mismunagen við ytri eiginleika og auðkenndum einingarnar sem voru verulega tengdar klínískum eiginleikum (Mynd 2(b)). Byggt á fylgnistuðlinum komumst við að því að MEturquoise einingar voru í neikvæðri fylgni við lifunarstöðu. GO og KEGG ferli auðgunargreiningar voru framkvæmdar með því að nota gena úr þessum einingum (myndir 2(c) og 2(d)). Auðguðustu KEGG leiðirnar voru valín, leusín og ísóleucín niðurbrot; kolefnis umbrot; própanóat umbrot; umbrot fitusýra; niðurbrot fitusýra; umbrot peroxísóms og bútanóats; umbrot glýoxýlats og díkarboxýlats; og tryptófan umbrot (Mynd 2(c)). Genin sem tengjast BP-hugtökum voru aðallega auðguð á litlum sameindum, karboxýlsýru og niðurbrotsferli lífrænna sýru. Genin sem tengjast CC skilmálum voru aðallega auðguð í hvatbera fylkinu. Mismunandi tjáð gen tengd MF voru aðallega auðguð á kóensímbindingu (Mynd 2(d)). Að auki gerðum við lifunargreiningu á 8 genum í lifunareiningunni. Sjúklingar með hærri ACADSB, PANK1, SLC25A4, PCCA, HADH, AUH, ACAT1 og ALDH6A1 tjáningu höfðu lengri lifun en þeir sem voru með minni tjáningu þessara gena (p=0) (Mynd 2(e)–2( l)).

3. Klustun KIRC sjúklinganna.

Við völdum efstu DEmGs fyrir klasagreiningu; KIRC sjúklingarnir voru flokkaðir í þrjá klasa sem byggðu á mismunandi tjáningu efnaskiptagena. Mynd 3(a) sýnir hitakortin af DEmGs hjá KIRC sjúklingunum. Litakvarðinn gefur til kynna tjáningargildið (ljósblátt gefur til kynna lægra tjáningargildi; dekkra blátt gefur til kynna hærra genatjáningargildi).

KM ferlar voru teiknaðir til að bera saman heildarlifun þriggja þyrpinga fyrir KIRC sjúklinga. Heildarlifunarhlutfall var marktækt ólíkt í þyrpingunum þremur (p < {{0}}:01 Mynd 3(b)). Klasi 1 sýndi verri lifunartíðni samanborið við klasa 2 og klasa 3. Lifun PFS var einnig marktækur frábrugðinn 3 klasa (p < 0:001, mynd 3(c)), og klasi 1 sýndi verri PFS lifun samanborið við með klasa 2 og klasa 3.

Mismunandi litir í líkaninu okkar tákna klínískar breytur og undirliggjandi meinafræðileg stig (mynd 3(d)). Klasi 3 hefur lægri Mo hlutföll og hærra M1 gildi samanborið við klasa 1 og 2 sem bendir til meiri meinvarpa í krabbameini og lengra stigi æxla í klasa 3 en klasa 1 og 2. Á sama hátt, í klasa 3, hefur krabbamein dreifst meira til eitla (hærra N1) samanborið við þá í þyrpingum 1 og 2. Flestir KIRC sjúklinganna greindust á stigum III og IV (mynd 3(e) og 3(f)), sem bendir til stærri eða stækkaðra æxla, auk þess að fara í gegnum blóðið eða sogæðakerfið til fjarlægs svæðis í líkamanum.

4. Ónæmisstaða þriggja klasa.

Við notuðum ESTIMATE reikniritið til að áætla stromal- og ónæmisstig röð KIRC vefja út frá efnaskiptauppskriftarsniðum þeirra (mynd 4(a)). Síðar voru þessar skorar teknar með í reikninginn til að þróa stoma-ónæmisskor sem byggir á efnaskiptagenum undirskrift fyrir horfur lagskiptingar í KIRC. Eins og sýnt er á mynd 4(a), voru þrír klasahópar (C1, C2 og C3) lagskiptir í kassareitum miðað við stroma-ónæmisskor þeirra. Meðal þyrpinganna þriggja sýndi C1 hærra marktækt stig bæði í stromal- og ónæmisflokkun.

Ennfremur voru þrír klasar greindir með CIBERSORT með p-gildi < 0.1 (Mynd 4(b)). Æxlishreinleiki, ónæmisskor og stromal skor ásamt meinafræðilegum stigum 3 klasa eru sýnd efst á hitakortinu. Í þessari greiningu komumst við að mestu í ljós að reglubundnar T frumur (Tregs) voru auðgaðar í þyrping C1 og sjúklingar í C1 voru aðallega á sjúklegum stigum III og IV. Þar að auki, virkjaðar NK frumur, CD8 plús T frumur, T eggbúshjálparfrumur og M0 átfrumur í C1 þyrpingunni; CD8 plús T frumur og T eggbúshjálparfrumur í C2 þyrpingunni; og mastfrumur í hvíld, M2 átfrumur, CD4 T frumur í hvíldarminni, einfrumur, frumlegar B frumur og M1 átfrumur í C3 þyrpingunni greindust einnig (Mynd 4(b)).

Fyrir utan CIBERSORT, notuðum við aðra reikniritpakka til að athuga stöðu ónæmisíferðar. Stigveldishitakort MCP greiningar er sýnt á mynd 4(c). Helstu niðurstöður MCP greiningar voru íferð daufkyrninga og íferð æðaþelsfrumna í þyrping C3 sem vantaði í þyrping C1. Þessi greining leiddi einnig í ljós NK frumur, einfrumuætt og íferð mergfrumufrumu í C3 þyrpingunni. Öðrum ónæmisfrumuhópum var blandað saman í þrjá greinda klasa (Mynd 4(c)).

Til að bæta við CIBERSORT og MCP greiningar, notuðum við ssGSEA til að mæla íferðarmagn fyrir ónæmisfrumugerðir útfærðar í R pakka GSVA. Gögn þriggja klasa voru færð í ssGSEA pakkann og fengu 28 ónæmistengdar frumur og tegundir í KIRC sýnum. Niðurstöður leiddu í ljós að C1 og C2 höfðu meiri ónæmisíferð; sumum meðfæddum ónæmisfrumum, þar á meðal NK, daufkyrningum og eósínófílum, var blandað saman í 3 klasa (Mynd 4(d)).

5. Smíði og löggilding spálíkansins byggt á DEmGs.

Að lokum smíðuðum við og staðfestum spálíkanið byggt á mismunandi tjáningu efnaskiptagenanna. Við reiknuðum út ónæmistengda áhættustig DEmGs út frá heildarlifun. Í þessu skyni bjuggum við til tvo hópa til að meta fylgni áhættustigsins; annar er fyrir þjálfunarárganginn og hinn fyrir prófunarárganginn. Við komumst að því að heildarlifun var lág og dreifð yfir áhættustigið (myndir 5(a) og 5(b)). Næst, byggt á miðgildi áhættustigs, úthlutuðum við KIRC sjúklingum í hópa með mikla og lága áhættu til frekara mats. Við gerðum síðan lifunargreiningu á þessum tveimur áhættuhópum í þjálfunar- og prófunarhópum. Eins og búist var við reyndust áhættuhóparnir með litla lifun samanborið við hópa sem lágu áhættuna (mynd 5(c) og 5(d)). Ennfremur var gerð ROC ferilgreining fyrir þjálfunar- og prófunarárganga. Við sáum ROC stig upp á 0.68 eftir 5 ár í prófunarhópum, sem gefur til kynna góðan árangur við að spá fyrir um horfur KIRC (myndir 5(e) og 5(f)). Til viðbótar við ROC ferilgreininguna, framkvæmdum við einnig LASSO COX aðhvarfslíkanið til að sannreyna spálíkan okkar eins og gefið er til kynna með fráviki að hluta (viðbótarmynd 5(a)) og aðhvarfsstuðul DEmGs (viðbótarmynd 5(b)). Að lokum var spáð að fimm gen (ABCG1, CRYL1, FDX1, PANK1 og SLC44A) væru hugsanlegir forspárþættir með HR < 1 (viðbótarmynd 5(c)).

6. Undirliggjandi kerfi framfara KIRC.

Til að kanna frekar undirliggjandi kerfi fyrir framvindu KIRC, gerðum við mismunatjáningargreiningu meðal allra klasa og notuðum hitakortsreit til að sjá niðurstöðurnar (Mynd 6(a)). Til að bera kennsl á boðleiðir DEmGs, framkvæmdum við KEGG og GO auðgunargreiningu á DEGs í þremur klösum. Í stuttu máli leiddu þessar niðurstöður í ljós að DEG-gildi þriggja klasa auðguðust aðallega í brennivíddum viðloðun, Foxo-boðaleiðinni og Apelin-boðaleiðinni fyrir þyrping C3 og frásog steinefna, myndun daufkyrninga utanfrumugildru og Staphylococcus aureus sýkingu fyrir þyrping C2 (Mynd 6) (b)). Að auki, GO hagnýtur greining á DEGs afhjúpaði MF-, CC- og BP-tengda verufræði sem sýndar eru á mynd 6(c). Athyglisvert er að mismunatjáningargreiningin leiddi í ljós óeðlilega hegðun við stjórnun gena í þremur klösum. Aðallega var NUDT1 mjög tjáð í C1, sem hafði versta lifun. Frekari rannsókn leiddi í ljós að NUDT1 tjáningu var marktækt minnkað í gegnum framvinduna frá C1 til C3 (Mynd 6(d)). Ennfremur reyndist NUDT1 vera uppstýrt í KIRC æxlissýnum (Mynd 6(e)). Næst lögðum við áherslu á NUDT1 tjáningu á stigum hvers æxlis (Mynd 6(f)). Heildarlifunargreining var einnig framkvæmd með Kaplan-Meier plotter og við komumst að því að sjúklingar með hærri tjáningu á NUDT1 höfðu verri heildarlifun (HR=1:82 (1.34–2.48), log-rank p {{27} }:00012) (Mynd 6(g)).

Að lokum gerðum við KEGG og GO hagnýtar auðgunargreiningar fyrir gen sem hafa samskipti við NUDT1. Genunum var skipt í tvo hópa - jákvæða fylgni við NUDT1 og neikvæða fylgni við NUDT1. KEGG ferlagreining sýndi að jákvætt fylgni gen voru aðallega auðguð í ríbósóma ferli, Huntington sjúkdómi, amyotrophic lateral sclerosis og Alzheimers sjúkdómi. Á hinn bóginn auðguðust genin sem tengdust neikvæðum fylgni aðallega í lifrarbólgu B og Foxo merkjum (Mynd 6(h)). Þar að auki var GO verufræði þriggja mismunandi hópa MF, CC og BP fyrir bæði jákvæða og neikvæða fylgni gena sýnd á mynd 6(i). Að auki komumst við að því að tjáning NUDT1 var í mikilli fylgni við íferð ónæmisfrumna (viðbótarmynd 6) og mismunandi klíníska eiginleika KIRC sjúklinganna (tafla 1).

Cistanche bætiefni

7. Tap á NUDT1 hamlar nýrnakrabbameinsfrumum og flutningi.

Næst bárum við saman tjáningarstig NUDTI í KIRC vefjum og tengdum eðlilegum vefjum þeirra, sem leiddi í ljós að NUDT1 er mjög tjáð í KIRC vefjum (Mynd 7(a)). Ennfremur ákváðum við áhrif NUDT1 taps á nýrnakrabbameinsfrumulínur með því að nota siRNA-miðlaða hömlun. NUDT1 var stefnt að niðurfellingu siRNA í tveimur frumulínum 786-O og ACHN og NUDT1 mRNA stigum tókst að hindra eins og sést af qPCR greiningu (Mynd 7(b)). Eftir siRNA-miðlaða niðurfellingu NUDT1 sýndi frumulífvænleikaprófið skerta frumulífvænleika í báðum frumulínum (myndir 7 (c) og 7 (d)). Eftir það sýndi frumuflutningsgreining við niðurfellingu NUDT1 marktækt minni frumuflutning í NUDT1-tæmdum 786-O og ACHN frumum (myndir 7(e) og 7(f)). Flutningsgeta 786-O frumna minnkaði í um það bil 50 prósent og 70 prósenta minnkun sást í ACHN frumum við niðurfellingu NUDT1 (Mynd 7(f)). Frumuinnrásin var einnig hindruð í báðum frumulínunum þegar NUDT1 genið var slegið niður (Mynd 7(g) og 7(h)). Til að bæta við flutninginn gerðum við einnig sáragræðslupróf þegar NUDT1 var tæmt af 786-O og ACHN frumulínum og við sáum svipaðar niðurstöður af minni sáragræðslugetu í báðum frumulínum sem skorti NUDT1 (Mynd 7(l)– 7(n)). Byggt á þessum niðurstöðum gerðum við tilgátu um að tap á NUDT1 gæti leitt til frumudauða í nýrnakrabbameinsfrumum. Þess vegna mældum við hlutfall apoptotic frumna við þöggun á NUDT1. Athyglisvert er að við uppgötvuðum að hlutfall apoptotic frumna var marktækt aukið í NUDT1-tæmdum frumum (myndir 7(i)–7(k)).

Umræða

Renal clear cell carcinoma (KIRC) er eitt af algengustu krabbameinum um allan heim, sýnir yfirleitt engin fyrstu einkenni fyrr en æxlið er orðið nógu stórt; því er dánartíðnin tiltölulega há [18–20]. Því er nauðsynlegt að rannsaka krabbameinsvaldandi áhrif KIRC og finna gagnleg lífmerki til að greina snemma. Hins vegar er takmörkuð þekking enn sem komið er komin á meingerð og krabbameinsvaldandi áhrif KIRC. Að auki hafa ekki mörg sameindamerki fyrir klíníska framkvæmd verið staðfest. Háþróuð raðgreining með miklum afköstum og lífupplýsingatækni gerir það mögulegt að velja árangursríka lífmerki [21]. RNA raðgreiningargögnin og klínískar athugasemdir yfir fimm hundruð KIRC tilvika eru frjálst aðgengilegar í TCGA gagnagrunninum. Með því að nýta þessi frjálslega fáanlegu gögn frá TCGA, greindum við RNA röð gögn fyrir mismunandi tjáð efnaskiptagen í æxli á móti venjulegum vefjasýnum. Meðal uppstýrðra og niðurstýrðra gena auðkenndum við 10 efstu efnaskiptagenin sem tjáð eru með mismunandi hætti (DEmGs). Við teljum að efnaskiptagen hafi fjölbreytta virkni í KIRC; samt gæti verið áskorun úr hópi gena með fjölbreytta virkni að finna viðeigandi greiningar- og meðferðarmerki.

Áður hafa rannsóknir metið íferð ónæmisfrumna í æxlisörumhverfi nokkurra krabbameina. Tengsl milli æxlisónæmisfrumna og æðamyndunar í gögnum KIRC sýna sem fengin voru úr TCGA voru rannsökuð og RFX2, SOX13 og THRA voru auðkennd sem þrjú efstu MTFs til að stjórna æðamyndun undirskrift hjá KIRC sjúklingum [4]. Þar að auki stjórna tvö óháð m6A breytingamynstur líffræðilegri virkni, ónæmisfræðilegum eiginleikum og spám um KIRC [22]. Autophagy-tengt prótein 5 (ATG5) hefur verið tengt við framgang nokkurra krabbameina þar á meðal KIRC [23]. Í núverandi greiningu sýndu sum af mismunandi genum, þar á meðal PBRM1, SET2, VHL og BAP1, marktæka fylgni við efnaskiptaferla í KIRC gögnum. Fyrir frekari djúpa rannsókn, flokkuðum við sjúklingana á grundvelli DEmGs; klasi 1 sýndi verri heildarlifun samanborið við hina klasana; alla vega eru KIRC sjúklingarnir í þyrping 3 með langt æxlisstig og með háa eitla (hærra N1) samanborið við þá í þyrpingum 1 og 2, sem sýna meinvörp í krabbameini og stækkun æxla í þyrping 3. Það sýnir minni fjölda efnaskiptagena í klösum sem tengjast meinvörpum í krabbameini.

Að auki sýna ónæmisíferðarskor í mismunandi klösum C1 með háum stigum í flokkun á stroma og ónæmiskerfi. Athygli vekur að C1 sjúklingar á meinafræðilegum stigum III og IV hafa mikla íferð T-frumna ásamt CD8 plús T frumum, T eggbúshjálparfrumum og átfrumum. Á sama tíma og þú hefur nóg af Tregs. The Tregs gegna mikilvægu hlutverki í ónæmisþoli og samvægi [24]. Í mörgum krabbameinum eins og ristilkrabbameini, brjóstakrabbameini og krabbameini í brisi tengist aukið hlutfall Tregs slæmum horfum krabbameins [25, 26]. M0 átfrumurnar valda innrás og fjölgun frumna [27] og hækkuð magn átfrumna tengist lélegum horfum í RCC [28]. Sömuleiðis eru CD8 plús T frumur þekktar sem lykil andæxlisfrumur og besti kosturinn fyrir markvissa ónæmisfrumumeðferð við krabbameinum [29]. Þrátt fyrir að C1 hafi mestu íferð CD8 plús T frumna en aðrir klasar, var það versta heildarlifun.

Herba Cistanche

Við notuðum þrjár aðferðir CIBERSORT, MCP og ssGSEA til að rannsaka íferð ónæmisfrumna í KIRC æxlis örumhverfinu. Hefðbundin aðferð til að mæla ónæmisíferð æxlis er í gegnum vefjafræði á vefjasneiðum og ónæmisþáttum sem ályktað er með ónæmisvefjafræði einstakra merkja. Hins vegar eru nokkrar takmarkanir þar sem ónæmisvefjafræði getur ekki greint marga ónæmishópa og gengur illa við að fanga starfhæfar svipgerðir (td virkar vs. hvíldar eitilfrumur). Þess vegna notuðum við CIBERSORT, reikniaðferð þróuð af [30] sem tekur á þeim áskorunum sem ónæmisvefjafræði stendur frammi fyrir. Fyrir utan CIBERSORT, notuðum við aðra reikniritpakka til að athuga stöðu ónæmisíferðar. Þetta er vegna þess að CIBERSORT mælir aðeins hlutföll í sýni af ónæmisfrumuhópum sem hægt er að leysa með öðrum pakka eins og MCP-teljaranum sem getur metið fjölda frumna sem gerir samanburð á íferðarfrumum í æxlisörumhverfinu kleift að bera saman frumur í gegnum sýnin [31]. Til að bæta við CIBERSORT og MCP greiningar, notuðum við ssGSEA til að mæla íferðarmagn fyrir ónæmisfrumugerðir útfærðar í R pakka GSVA [32, 33]. GSA er aðferð sem byggir á röðun sem reiknar út oftjáningu fyrir áhugalista gena miðað við öll önnur gena í erfðamenginu. CIBERSORT sýndi betri árangur samanborið við hinar tvær aðferðirnar; þannig voru frekari greiningar gerðar út frá gögnum sem fengust frá CIBERSORT.

Ennfremur lögðum við áherslu á undirliggjandi kerfi KIRC framfara með mismunatjáningargreiningu byggð á RNA-seq gögnum. Á heildina litið miðaðum við á óeðlilega mismunatjáningu á sameiginlegum genum meðal þriggja klasa. Flest genin voru niðurstýrð nema NUDT1 í C1; hins vegar var tjáning þess verulega minnkað í gegnum framvinduna frá C1 í C3. Þannig var NUDT1 enn frekar staðfest fyrir hlutverk sitt í KIRC framvindu. SiRNA-miðluð hömlun á NUDTI genatjáningu í tveimur KIRC frumulínum (786-O og ACHN) dró úr frumulífi og frumuflutningi og jók frumudauða, sem staðfestir hlutverk þess í æxlisframvindu. Áður hefur verið greint frá því að magn NUDT1 tjáningar hafi fylgni við æxlisstig, stig, stærð, aðgreining, stigi æðainnrásar, heildarlifun (OS) og sjúkdómslausa lifun (DFS) hjá HCC sjúklingum, einnig spáð sem forspár með meðferðarmöguleika hjá HCC sjúklingum [34]. Oftjáning NUDT1 í lungnaslagæðaháþrýstingi dregur úr oxunarálagi og DNA skemmdum og stuðlar þess vegna að frumufjölgun og dregur úr frumudauða [35]. Sýnt hefur verið fram á að sjúklingar með flöguþekjukrabbamein í munni (OSCC) með mikla tjáningu á NUDT1 hafa sýnt lélega lifun [36]. Byggt á þeirri staðreynd að ekki eru nægar heimildir til um hlutverk NUDTI í krabbameinum og enn sem komið er hefur engin rannsókn nokkurn tíma greint frá hlutverki þess í KIRC, þess vegna erum við að tilkynna í fyrsta skipti um hlutverk NUDTI í framvindu KIRC. Núverandi rannsókn hafði nokkrar takmarkanir; þó að rannsóknir okkar hafi leitt í ljós að undirskriftin gæti tengst ónæmismeðferð við KIRC, var ekki hægt að staðfesta virkni undirskriftarinnar vegna skorts á gögnum, hugsanlega undirliggjandi aðferðum og virknihlutverki NUDT1 í KIRC og klínískri starfsemi þarfnast frekari könnunar.

Cistanche tubulosa

Ályktanir

Við skimuðum óstýrð efnaskiptagen milli eðlilegra vefja og æxlisvefja og könnuðum virkni þeirra. WGCNA greining benti á hóp gena sem tengdust lifunarstöðu KIRC. Samstöðuþyrping byggð á lifunartengdum genum sýndi fram á þrjá klasa með mismunandi lifunartíðni og ónæmisíferðarmynstri. NUDT1 hafði neikvæða fylgni við lifun og frekari greiningar leiddu í ljós að niðurfelling NUDT1 hamlar útbreiðslu og flutning æxlisfrumna. Athygli vekur að spálíkan var smíðað út frá lifunartengdum genum, sem sýndi mikla skilvirkni við að spá fyrir um lifun KIRC. Að lokum gerðum við tæmandi greiningu á efnaskiptagenum í KIRC og auðkenndum NUDT1 sem krabbameinsgen sem gæti nýst sem meðferðar- og forspármarkmið.

Áhrif Cistanche Extract á gagnsæi nýra

Það eru takmarkaðar vísindalegar sannanir fyrir áhrifum Cistanche á gagnsæi nýrna. Hins vegar benda sumar rannsóknir til þess að Cistanche þykkni geti haft jákvæð áhrif á heilsu nýrna.

Nýrun sjá um að sía úrgang og eiturefni úr líkamanum og heilsa þeirra er nauðsynleg fyrir almenna vellíðan. Rannsóknir hafa sýnt að Cistanche þykkni hefur öfluga andoxunar- og bólgueyðandi eiginleika, sem geta hjálpað til við að vernda gegn oxunarálagi og bólgu í nýrum.

Í hefðbundinni kínverskri læknisfræði er Cistanche einnig notað til að styrkja nýrun og bæta virkni þeirra. Sumir sérfræðingar telja að regluleg neysla á Cistanche þykkni geti hjálpað til við að bæta gagnsæi nýrna, þó að þessi fullyrðing sé ekki studd af öflugum klínískum rannsóknum.

Þess vegna þarf strangari rannsóknir til að skilja að fullu hugsanlegan ávinning af Cistanche þykkni á gagnsæi nýrna. Engu að síður, eins og með öll fæðubótarefni eða aðra meðferð, er mikilvægt að hafa samráð við heilbrigðisstarfsmann áður en þú bætir nýjum viðbótum inn í mataræði þitt, sérstaklega ef þú ert með sjúkdóma sem fyrir eru.

Heimildir

[18] RL Siegel, KD Miller og A. Jemal, "Cancer statistics, 2019," CA: A Cancer Journal for Clinicians, vol. 69, nr. 1, bls. 7–34, 2019.

[19] RL Siegel, KD Miller, HE Fuchs og A. Jemal, "Cancer statistics, 2021," CA: A Cancer Journal for Clinicians, vol. 71, nr. 1, bls. 7–33, 2021.

[20] JC Angulo og O. Shapiro, "Breytt lækningalandslag nýrnakrabbameins með meinvörpum," Cancers, bindi. 11, nr. 9, bls. 1227, 2019.

[21] AK Sharma, "Emerging trends in biomarker discovery: ease of prognosis and prediction in cancer," Seminars in Cancer Biology, vol. 52, 1. hluti, bls. iii–iv, 2018.

[22] H. Li, J. Hu, A. Yu o.fl., "RNA-breyting á N6- metýladenósíni spáir fyrir um ónæmissvipgerðir og lækningatækifæri í nýrnakrabbameini í nýrum," Frontiers in Oncology, bindi. 11, grein 642159, 2021.

[23] C. Xu, Y. Zang, Y. Zhao, o.fl., "Alhliða krabbameinsgreining staðfesti að ATG5 stuðlaði að viðhaldi æxlisefnaskipta og að æxlisónæmisflótti komi fram," Frontiers in Oncology, vol. 11, grein 652211, 2021.

[24] Y. Takeuchi og H. Nishikawa, "Roles of Regulatory T cells in cancer immunity," International Immunology, bindi. 28, nr. 8, bls. 401–409, 2016.

[25] C. Zhuo, Y. Xu, M. Ying, et al., "FOXP3 plús Tregs: ólíkar svipgerðir og misvísandi áhrif á lifun hjá sjúklingum með ristilkrabbamein," Immunologic Research, bindi. 61, nr. 3, bls. 338–347, 2015.

[26] H. Wang, F. Franco og PC Ho, "Efnaskiptastjórnun á Tregs í krabbameini: tækifæri til ónæmismeðferðar," Trends Cancer, vol. 3, nr. 8, bls. 583–592, 2017.

[27] BZ Qian og JW Pollard, "Fjölbreytileiki stórfata eykur æxlisframvindu og meinvörp," Cell, vol. 141, nr. 1, bls. 39–51, 2010.

[28] A. Hajiran, N. Chakiryan, AM Aydin, o.fl., "Könnun á staðbundinni misleitni æxlisónæmis örumhverfis í nýrnafrumukrabbameini með meinvörpum og fylgni við ónæmismeðferðarsvörun," Clinical and Experimental Immunology, vol. 204, nr. 1, bls. 96–106, 2021.

[29] B. Farhood, M. Najafi og K. Mortezaee, "CD8(plús) frumudrepandi T eitilfrumur í ónæmismeðferð við krabbameini: endurskoðun," Journal of Cellular Physiology, vol. 234, nr. 6, bls. 8509–8521, 2019.

[30] AM Newman, CL Liu, MR Green, o.fl., „Öflug upptalning á frumuhlutmengi úr tjáningarsniðum vefja,“ Nature Methods, bindi. 12, nr. 5, bls. 453–457, 2015.

[31] E. Becht, NA Giraldo, L. Lacroix, o.fl., "Að meta fjölda íbúafjölda ónæmis- og stromalfrumuhópa sem síast inn í vef með því að nota genatjáningu," Genome Biology, vol. 17, nr. 1, bls. 218, 2016.

[32] DA Barbie, P. Tamayo, JS Boehm, o.fl., "Kerfisbundin RNA truflun sýnir að krabbameinsvaldandi KRAS-drifin krabbamein krefjast TBK1," Nature, bindi. 462, nr. 7269, bls. 108–112, 2009.

[33] S. Hanzelmann, R. Castelo, og J. Guinney, "GSVA: genasett breytingagreining fyrir örfylki og RNA-seq gögn," BMC Bioinformatics, bindi. 14, nr. 1, 2013.

[34] Q. Ou, N. Ma, Z. Yu o.fl., "Nudix hydrolase 1 er forspár lífmerki í lifrarfrumukrabbameini," Aging, vol. 12, nr. 8, bls. 7363–7379, 2020.

[35] G. Vitry, R. Paulin, Y. Grobs, o.fl., "Hreinsun oxaðra DNA forefna með NUDT1 stuðlar að endurgerð æða í lungnaslagæðaháþrýstingi," American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, bindi. 203, nr. 5, bls. 614–627, 2021.

[36] Y. Shen, L. Zhang, S. Piao, o.fl., "NUDT1: hugsanlegur óháður spá fyrir horfur sjúklinga með flöguþekjukrabbamein í munni," Journal of Oral Pathology & Medicine, vol. 49, nr. 3, bls. 210–218, 2020.

Junwei Xie,1,2,3,4,5 Lingang Cui,6 Shaokang Pan,1,2,3,4,5 Dongwei Liu,1,2,3,4,5 Fengxun Liu,1,2,3,4 ,5 og Zhangsuo Liu 1,2,3,4,5

1 nýrnalækningadeild, fyrsta tengda sjúkrahúsið við Zhengzhou háskólann, Zhengzhou 450052, Kína

2 Research Institute of Nephrology, Zhengzhou University, Zhengzhou 450052, Kína

3 Rannsóknamiðstöð fyrir nýrnasjúkdóma, Zhengzhou, 450052 Henan, Kína

4 lykilrannsóknarstofa fyrir nákvæmni greiningu og meðferð við langvinnum nýrnasjúkdómum í Henan héraði, Zhengzhou 450052, Kína

5 kjarnaeining National Clinical Medical Research Center of Kidney Disease, Zhengzhou 450052, Kína

6 þvagfæradeild, fyrsta tengda sjúkrahúsið við Zhengzhou háskólann, Zhengzhou 450052, Kína