Truflanir í þvagveiru í nýrnaígræðslu

Tengiliður: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Netfang:audrey.hu@wecistanche.com

Tara K. Sigdel o.fl

Örvera mannsins er mikilvæg fyrir heilsuna og gegnir mikilvægu hlutverki í efnaskiptum og vernd gegn ákveðnum sýkla. Aftur á móti sést dysbiosis örverunnar í samhengi við ýmsa sjúkdóma. Nýlegar rannsóknir hafa sýnt að flókið örverusamfélag sem inniheldur hundruð baktería nýtur heilbrigðra þvagfæra, en lítið er vitað um þvagveirur manna í heilsu og sjúkdómum. Til að meta þvagveiru manna í samhengi viðnýruígræðslu (tx), breytileiki í samsetningu þvagveirunnar var metinn í þvagsýnum frá eðlilegum heilbrigðum sjálfboðaliðum sem og sjúklingum meðnýrusjúkdómureftir að þeir höfðu gengist undir nýrna-tx. Vökvaskiljun-massagreiningar/massagreiningargreining var framkvæmd á völdum hópi 142nýrutx sjúklingum og eðlilegum heilbrigðum eftirlitsaðilum, úr stærri lífsýnasafni með 770nýruvefjasýni passaði við þvagsýni. Auk greiningar á eðlilegu heilbrigðu stjórnþvagi er árgangurinn afnýrutx sjúklingar voru með vefjasýni staðfesta svipgerðaflokkun, samhliða þvagsýninu sem greint var, af stöðugum ígræðslu (STA), bráðri höfnun, BK veiru nýrnabólgu og langvinnum nýrnakvilla. Við greindum 37 einstaka vírusa, þar af 29 sem er verið að bera kennsl á í fyrsta skipti í þvagsýnum úr mönnum. Samsetning þvagveiru manna er mismunandi hvað varðar heilsu og nýrnaskaða, og dreifing veirupróteina í þvagfærum getur verið fyrir frekari áhrifum af útsetningu fyrir IS, mataræði og umhverfis-, mataræði eða húð vegna ýmissa skordýraeiturs og skordýraeiturs.

Leitarorð: nýruígræðsla, vírus, þvag, próteinfræði, lífmerki

Cistanche tubulosa kemur í veg fyrir nýrnasjúkdóm, smelltu hér til að fá sýnishornið

KYNNING

Örvera mannsins hefur verið rannsökuð mikið í ýmsum lífvökva, svo sem blóði (1), þvagi (2–4), munnvatni (5, 6), heila- og mænuvökva (7) og berkju- og lungnaskolun (8, 9), vegna áhrifa þess. um heilsu manna og sjúkdóma (10). Greint hefur verið frá nokkrum skýrslum um mat á örverum á mismunandi svæðum mannslíkamans, þar á meðal lungum og þörmum (11–15). Hins vegar er aðeins lítið vitað um örveru í þvagi og breytingar hennar í tengslum við nýrnaskaða eftir nýrnaígræðslu (tx) (16, 17). Flestar rannsóknir á örverum í mönnum hafa kortlagt 16S rRNA fyrir bakteríusnið (18), og það er aðeins lítill hluti gagna sem rannsakar þvagveiruna (19, 20), og ein útgefin rannsókn hefur notað næstu kynslóðar raðgreiningu til að kortleggja erfðaefnisþætti veiru í þvagi nýrnaþega (19).

Dysbiosis örverunnar tengist mörgum sjúkdómum eins og bólgusjúkdómum í þörmum, ristilkrabbameini, offitu og lungnasjúkdómum (21–25), en lítið er vitað um breytingar á veirunni í líkamsvökva manna, svo sem munnvatni, berkju- og lungnaskolun, og þvagi. Það er viðurkennt að ýmsir þættir örverunnar gegna nauðsynlegum aðgerðum, þar með talið nýmyndun samþátta og vítamína, umbrot nauðsynlegra efnasambanda og hindrunarvörn gegn sýklum (26-28). Svipuð dysbiotic og verndandi virkni má einnig rekja til þvagveirunnar; þess vegna er mikilvægt að ganga úr skugga um samsetningu mannlegs veiru í heilsu og sjúkdómum. Í tilgangi þessarar rannsóknar völdum við að framkvæma þessar rannsóknir í þvagi í heilsu og í tengslum við útsetningu fyrir IS eftir nýrna tx, við stöðuga nýrnastarfsemi og í tengslum við nýrna tx skaða. Áhersla rannsóknarinnar var að meta efnisskrá vírusa eins og hún er ákvörðuð af peptíðunum sem eru til staðar í þvagi manna og truflunum þeirra eftir útsetningu fyrir IS og ýmsum orsökum bráða, langvinnra og smitandi nýrnaskaða.

Örveran breytist með tímanum og tengist fjölbreytileika lífvera. Örverugreiningu er hægt að aðgreina í bæði burðargreiningu sem byggir á flokkunarfræðilegum einingum sem byggjast á raðgreiningu og virknigreiningu sem byggir á metagenomics raðgreiningu og próteomics (29, 30). Þekkt örvera í mismunandi sjúkdómum er hægt að rannsaka frekar með ræktun, starfrænni metagenomics og margfaldri ónæmisflúrljómun og in situ blendingu. NIH manna örveruverkefnið hefur birt örveru manna á 15 líkamsstöðum frá 300 einstaklingum (31).

MEÐFERÐ VIÐ NÝRASJÚKKI: CISTANCHE

EFNI OG AÐFERÐIR

Alls voru 142 einstök sýni metin úr lífgeymslu sem innihélt 2016 sem safnað var af IRB samþykktu upplýstu samþykki frá fullorðnum og börnum úr nýrna tx forritunum við Stanford háskólann og Kaliforníuháskóla í San Francisco, á milli þvagsýna þar af 770 sem fylgdu nýrum. tx kassi með miðlægum meinafræði vefjafræði lesum og hólf skora með því að nota staðlað Banff skema (32) til að skora nýrna tx með meiðslum (Mynd 1). Rannsóknin var samþykkt af The Human Research Protection Program við háskólann í Kaliforníu, San Francisco. Þvagsýnin voru svipgerð byggð á samsvarandi nýrnabx meinafræði í fimm hópa: heilbrigða stjórn (HC; n=9), stöðug ígræðsla (STA; n=40), bráða höfnun (AR; n {{ 7}}), langvarandi nýrnakvilla (CAN; n=39) ​​og BK veiru nýrnabólga (BKVN; n=17). Þvag var skilið 2,000 × g við 4 gráður í 20 mínútur til að losna við þvagset. Fljótandi vökvinn var settur í gegnum 10 kDa síuhimnu til að fjarlægja innfædd peptíð úr ósnortnum próteinum stærri en 10 kDa að stærð. Heildarpróteinið var síðan trypsínmelt og tryptic peptíðin sem mynduðust voru greind með LC-MS vettvangi (Orbitrap Velos MS). Greint er frá nákvæmum aðferðum við próteinframleiðslu og greiningu annars staðar (33).

MSGF plús sérsniðna reikniritið sem hópurinn okkar myndaði (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf), var notaður til að leita í MS/MS litrófum á móti sameinuðum próteinraðagagnagrunni manna og veirugagnagrunni NCBI. Peptíð voru upphaflega auðkennd úr gagnagrunnsleit með því að beita eftirfarandi viðmiðum: MSGF litróf E-gildi (líkindagildi peptíðs við MS/MS litróf passa við lægra gildi því meiri líkur á að vera rétt samsvörun)<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

NIÐURSTÖÐUR

Hópurinn okkar hefur áður birt ítarlega greiningu á líffræðilega mikilvægum próteinum úr mönnum í þessum þvagsýnum sem safnað er frá nýrnaþegum með mismunandi svipgerða áverka, eins og staðfest er með samsvarandi nýrnaígræðslu vefjameinafræði á vefjasýninu, safnað á sama tíma og þvagsýni; þessi gögn hafa verið geymd í proteomic MassIVE geymslunni (aðgangur MSV000079262) og í ProteomeXchange geymslunni (aðgangur PXD002761) (33). Í þessari rannsókn einbeitum við okkur aðeins að auðkenningu og greiningu á veirupróteinum í sama hópi nýrnaígræðslusjúklinga, þar sem einnig voru teknar með aldurs- og kynsamræmdu heilbrigða stjórnunarþvagsýni úr mönnum til að meta veiruprótein í bæði heilsu og nýrnaskaða. . Mikilvægt er að hafa í huga að af heildargreindum manna- og veirupróteinum í þvagi eru veiruprótein ein og sér<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

Niðurstöðurnar sem kynntar eru í þessari grein koma frá veirupeptíðkortlagningu, ólíkt erfðafræðilegri raðgreiningu veiruþátta eins og greint var frá í fyrri útgáfum (19). Sem fyrstu greiningu leggjum við áherslu á algengi veirupróteina í þvagi sem eru sértæk fyrir hverja nýrnaígræðslusvipgerð STA, AR, CAN og BKVN, og breytileikana sem fram koma á heilbrigðu stjórnþvagi veiru. Víruspróteingögn í þvagi fyrir hvert sýni voru metin með tilliti til magns sýna miðað við meðalgildi veirunnar í öllum sýnishópnum. Við komumst að því að að meðaltali voru 22 prósent (á bilinu 4–67 prósent) nýrnaígræðslusjúklinga með mismunandi veiruprótein í þvagi, að frátöldum sjúklingum með BKVN, þar sem búast má við greiningu á BK veirunni í þvagi, þar sem þessir sjúklingar hafa sýkingu af BK veiru í þvagfærum og í nýrnaígræðslu. Dreifing mismunandi veirupróteina í mismunandi skaðaástandi og eðlilegu heilsu er sýnd á algengi hitakortinu (mynd 2). Í heildina fundust alls 57 veiruprótein úr 37 einstökum vírusum, mörg þeirra voru óvænt og áður ekki lýst sem „kommentara“ í þvagi manna. Af þessum einstöku veirum voru 8 vírusar einþátta RNA veirur, 1 veira var einþátta RNA-RT veira og 28 veirur voru tvíþátta DNA veirur (tafla 1). Af 142 sjúklingum voru allir sjúklingar með að minnsta kosti eitt veiruprótein í þvagi, með að meðaltali 10,23 ± 4,57 veiruprótein/sýni.

Algengi veirupróteina í þvagi úr mönnum

Heilbrigði samanburðarhópurinn sem skoðaður var hafði 20 einstök veiruprótein með hópmeðaltali 13,67 ± 1,32 veiruprótein. Nýra tx sjúklingar með viðhalds IS og stöðuga nýrna tx starfsemi voru með tölfræðilega marktækt lægri fjölda einstaka veira í hópnum (8,08 ± 2,78; p=7e-10) samanborið við heilbrigða hópinn (venjulegt nýra) virkni og eðlilegt ónæmiskerfi), án váhrifa af IS. Níu ný veiruprótein finnast í staðinn í STA hópnum samanborið við heilbrigða viðmiðunarhópa, sem tilheyra eftirfarandi vírusum: Junin veiru, Cotesia congregata bracovirus, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, Psittacid herpesvirus 1, Pseudocowpow veira, Spodoptera frugiperda multiple nucleopolyhedrovirus, japanska kirnaveiru, japönsku veiru. Cowpea mottle veira, og Helicoverpa zea single nucleopolyhedrovirus. Nýrnaskaðar eftir tx (þrátt fyrir áframhaldandi útsetningu fyrir IS), leiðir til heildaraukningar á fjölda einstaka veirupróteina umfram STA tx hópinn, með marktækri aukningu á þvagveirupróteinum í CAN sjúklingahópnum (11,46 ± 3,52; p {{ 16}}e-10), og BKVN sjúklingahópurinn (15,76 ± 5,65; p=13.7e-10). Efnisskrá þvagveirupróteina virðist vera nokkuð aðgreind í mismunandi tx skaðaflokkum (Mynd 3). Algengi BKV veirupróteina í þvagi eykst í 60–70 prósent í AR, 70–80 prósent hjá sjúklingum í CAN og 100 prósent hjá sjúklingum með BKVN (Mynd 2) sem undirstrikar að aukið magn BK veirunnar í þvagi getur leitt til frá aukningu á IS, eins og sést í AR flokki, og með meiri tíma eftir tx, eins og sést í CAN flokki. BKVN þvagsýni sýna hámarks frávik þvagveirupróteina eins og búist var við. Fjögur veiruprótein sem eru stöðugt til staðar í öllum öðrum sýnum, að meðtöldum eðlilegum heilbrigðum samanburðarhópum (Kanarypox veira, Tacaribe veira, Simian veira 12, Acidianus filamentous veira 8), sjást ekki lengur í BKVN hópnum. Þar sem BKV er DNA veira, skoðuðum við hvort breytingar á þvagveirunni séu að miklu leyti tengdar tilkomu nýrra DNA veira í BKVN. Fimm ný veiruprótein eru aðeins tilgreind í BKVN hópnum (Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirus D, Taura syndrome virus, invertebrate iridescent virus 6, Gallid herpesvirus 2). 4/5 af BKVN hópveirum voru tvíþátta DNA veirur (tafla 1).

Gnægð mannlegs þvags veirupróteina

Við metum næst gnægð mismunandi veirupróteina hjá öllum tx sjúklingum og HC þvagsýnum. Meðal þeirra 37 einstöku vírusa sem skoðaðir voru voru eftirfarandi vírusar algengastir hjá STA IS sjúklingum (Acidianus filamentous virus 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, Canarypox virus, Cotesia congregata bracovirus, Cowpea mottle virus, Glossina pallidipes salivary virus, hypertrophy veira, Simian veira 12, Tacaribe veira), og aukið magn Marsella veirunnar sést bæði í CAN og BKVN. Þrátt fyrir sýkingu í nýrna með BKV veirunni hjá BKVN sjúklingum, sjáum við að lítið magn af BK veirunni greinist einnig í öllum skoðaðum tx flokkum og heilbrigðum viðmiðunarhópum, líklega þar sem BK veiran er eðlilegt þvag úr mönnum, með þrávirkni í uroepithelium manna. á lágu magni hjá næstum öllum HC- og nýrna-tx-sjúklingum sem skoðaðir voru er ekki óvænt.

MEÐFERÐ VIÐ NÝRASJÚKKI: CISTANCHE

UMRÆÐA

Rannsókn á hlutverki örverunnar í líffæraígræðslu (13, 17, 34) tekur tillit til áhrifa fæðuinntöku, meltingar, efnaskipta og mótunar; hins vegar er dysbiosis örvera af völdum tx og IS lyfsins samverkandi þáttur sem minnkar í grunnlínu ríkjandi örvera og leiðir einnig til taps á heildarfjölbreytileika og tilkomu fárra nýrra ríkjandi örverustofna (35). Mjög áhugaverð niðurstaða úr þessari rannsókn er að aðeins 8 af 37 vírusum sem greindar eru í þessum gagnasafni hefur áður verið lýst í mönnum og mörgum þeirra hefur einnig verið lýst sem sjúkdómsvaldandi. Sýkingum í mönnum hefur verið lýst með sumum veirunum sem hafa verið greind, sem bendir til þess að tilvist þeirra í þvagi geti tengst meingerð almenns almenns eða undirliggjandi nýrnaskaða. Junin veira (arenavirus) sýking getur leitt til klínísks sjúkdóms í mönnum að meðtöldum hita, sem og aðila sem kallast argentínskur blæðingarhiti (36). Tacaribe veira er arenavirus sem getur einnig valdið hita og blæðingasjúkdómum í mönnum (36). HHV-6 veiran er mjög algeng veira hjá börnum og veldur hita, niðurgangi og útbrotum (37). Nashyrningaveirur eru einþátta RNA veirur sem eru mest smitandi í mönnum og líklegasti sökudólgur kvefs (38). Acanthocystis yfirborðs chlorella veira 1 hefur verið í 44 prósentum heilbrigðra manna (39) og hefur aðeins verið lýst í munnkoki og er ekki vitað að sé sjúkdómsvaldandi fyrir menn. Marseille-veiran er stór DNA-veira í kjarnafrumum sem hefur verið lýst í blóði og hægðum sjúklinga með eitlakvilla sem ekki hefur hitakvilla (40).

SV40 vírusinn er DNA fjölómaveira sem líklega hefur borist í mannkynið með menguðum bóluefnum (41) og sýking af þessari veiru er oft samsmituð af BK veirusýkingu, þetta er nánast óbreytileg uppgötvun í tx þýðinu. Nýlegar rannsóknir hafa einnig bent á hlutverk langvinnrar SV40 sýkingar með krabbameini í mönnum (42). Mótefni gegn T mótefnavaka SV40 krosshvarfa við T mótefnavaka BK og JC veira, sem allir eru í fjölómaveiru fjölskyldunni, og SV40 liturinn er notaður til að greina BK veirusýkingu í BKVN. Útsetning fyrir BK veiru, í nýrum, sést hjá 90 prósentum af venjulegum þýði og gögn okkar benda til þess að þvagveiran hafi snefil af BK veirupróteinum í öllum heilbrigðum samanburðarhópum sem tekin voru sýni.

BK veiruafritun sést hjá 10–60 prósentum nýrnasjúklinga sem hefur verið lýst að losi BK veiru í þvagi, sem er staðfest af gögnum okkar (Mynd 2). BK veira er duld í nýrnapíplum þekjufrumum og vitað er að algengi hennar eykur ónæmisstarfsemi og útsetningu fyrir ónæmisbælingu (43). Í þessari rannsókn gátum við ekki greint neinn þvagveiru-sértækan mun sem gæti greint AR og BKVN hópana, þrátt fyrir að þessar aðstæður séu ónæmisfræðilega aðgreindar og krefjast mjög mismunandi meðferðaraðferða, þ.e. lágmarka ónæmisbælingu í BKVN og aukinni ónæmisbælingu í AR. AR flokkurinn var staðfestur og neikvæður SV40 blettur var í kassavefnum sem skoðaður var. Engu að síður benda þessi gögn til þess að greining á BKVN gæti verið vantilkynnt hjá nýrnasjúklingum og vefjafræðilegar breytingar geta verið plekkóttar sem leiða til vangreiningar BKVN sjúkdóms.

Af hinum 19 vírusum sem ekki hefur verið lýst áður í mönnum hefur verið bent á að eftirfarandi sé notað sem skordýraeitur/skordýraeitur (E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconpersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, H. zea single nucleopolyhedrovirus). Varnarefni í lýðheilsunotkun er ætlað að takmarka möguleika á sjúkdómnum en vitað hefur verið að þau berast inn í vefi/líkamsvökva manna ef ekki er rétt meðhöndlað og að lífrænt mataræði takmarkar fjölda skordýraeiturs í þvagi barna (44, 45) . Uppgötvun þessara veirupróteina í þvagsýnum úr mönnum vekur upp spurningu um váhrif í umhverfinu fyrir þessum áður óuppgötvuðu, hugsanlegu aðskotaefnum.

Niðurstaðan um 100 prósenta algengi sumra vírusa eingöngu í heilbrigðum samanburðarhópnum bendir til þess að það séu veirur sem geta verið til annaðhvort án skaða eða jafnvel geta verið tilgátur til að aðstoða við aðlögun ónæmis. Greining á þessum vírusum getur verið áhugaverð þar sem sumar veirur eins og bakteríufrumur gegna mikilvægu hlutverki í heilsu með því að fjarlægja sjúkdómsvaldandi bakteríur og hjálpa til við að efla meðfædd ónæmi (16). Minnkun á verndandi veirum eða fögum getur leitt til aukinnar útbreiðslu baktería sem sést í samhengi við IS eftir nýrna-tx. Metagenomic raðgreining á nýju veirutegundunum sem finnast hjá tx sjúklingum undir IS getur greint hvort útsetning fyrir IS hefur breytt mótstöðumynstri eða mótstöðu sumra veiranna, sérstaklega þeirra sem eru líklegri til að knýja fram bólgu og ónæmi (16). Sýnt hefur verið fram á að silfur nanóagnameðferð dregur úr veiru- og bakteríuþýði í þörmum sem eru bólgueyðandi (46). Músínósæknar örverur geta verið líklegri til að veita verndandi ónæmi sem ekki er hýsil og tap á eósínósæknum vírusum/örverum með IS getur einnig valdið aukinni hættu á blöðrubólgu og þvagfærasýkingum sem sjást hjá sjúklingum eftir tx.

Örveran skerst heilsufar og sjúkdóma. Ný uppgötvun á miklum fjölda veira sem notuð eru sem skordýraeitur/skordýraeitur kemur á óvart. Greining á vírusum sem ekki er búist við að séu til staðar í þvagi bendir til þess að uppruni þeirra komist inn í líkamskerfin við inntöku (mengun matar, vatns eða annarra drykkja eins og mjólk) eða frásogs frá húð (td óviðeigandi handþvottur). Reyndar, samkvæmt alríkislögum, er lítil leifar af skordýraeitur/skordýraeiturmengun í matvælum manna viðurkennd og samþykkt (41, 47), jafnvel þó að enginn hafi til þessa kannað tilvist þeirra í þvagi. Það er líka mögulegt að þessar veirur komist að eða ráðist inn í þvagfærin með vaxandi sýkingu, sérstaklega í tengslum við IS hjá nýrnasjúklingi, þar sem ónæmisvörn hýsilsins er lækkuð.

Frekari staðfesting á þessum niðurstöðum með mati á mannlegri veiruefnisskrá í mismunandi landfræðilegum og lýðfræðilegum hópum sjúklinga með mismunandi orsakir nýrnaskaða mun betur bera kennsl á hvort tiltekna efnisskrá veirupróteina sem sést í þessari rannsókn er sértæk fyrir sjúkling, landafræði þeirra, þeirra. lýðfræði, eða undirtegund nýrnasjúkdóms. Viðbótarfullgildingarrannsóknir með þvagveiru-PCR-prófum geta veitt skjótt mat á klínískum áhrifum þessara veira í öðrum nýrnaáverkahópum. Athyglisvert er að í efnisskrá auðkenndra veirupeptíða, sáum við engar fögur. Þetta er rakið til aðferðafræðinnar sem notuð er við peptíðframleiðslu úr þvagfljótandi vökva, sem fangar ekki bakteríur (sem losna við), hýsil föguveira (48). Virome skýrslan byggð á DNA raðgreiningu greindi heldur ekki fögur í birtu skýrslunni (19). Rannsóknin á þvagveiru sem notaði hreinsaða bakteríufaga einangrun með því að nota sesíumklóríð þéttleikastigli hefur greint frá auðkenningu á fögum (20). Þessar greinar styðja allar að aðferðafræði við undirbúning sýna hafi áhrif á endanlegar niðurstöður.

Landnám, ónæmi og örveruvistfræði hefur verið lýst og vel rannsökuð í samhengi við örverusýkingar (49), og sýnt hefur verið fram á að sýklalyfjameðferð (í samhengi við að meðhöndla sýkingar í dýrum sem mynda matvæli eða sem hluti af Veirueyðandi fyrirbyggjandi meðferð fyrir tx-sjúklinga á fyrstu 3-6 mánuðum eftir tx) útrýma mörgum bakteríum og veirutegundum úr þörmum og öðrum líkamsvökva og dregur úr sýklavörn (50). Landnám af völdum örvera snemma á lífsleiðinni mótar ónæmiskerfið og skapar glugga tækifæris fyrir homeostatic ástand, sem ef það raskast, í samhengi við tx og IS, getur stuðlað að bólgu. Nákvæmar læknisfræðilegar nálganir í framtíðinni gætu viljað sérsníða meðferð frá "örverumiðjuðri" og "hýsilmiðjuðri" nálgun við nákvæmnislækningar. Þar til nýlega höfum við ekki veitt örveru matvæla mikla athygli og skilningi á því að margar nýjar sýkingar gætu verið smitaðar af matvælum. Núverandi viðleitni til að þróa metagenome rekja tól sem mun meta áhrif mismunandi sýkinga - baktería, veiru og sveppa og fingraför þeirra í samhengi við matinn sem við borðum, sem gæti verið undir áhrifum af umhverfishita, lélegri lifun dýraárganga, og landbúnaðarvenjur, þar með talið jarðvegsmeðferð (metýlbrómíð meðhöndlun jarðvegs sem skordýraeitur hefur í för með sér mikla aukningu á Bacillus tegundum), vatnsból [mismunandi örveruálag í tjörn á móti brunnvatni (51)], erfðafræði matjurtaafbrigðisins sem getur leitt til breyttrar varnar plantna fyrir örverum, plöntum og varnarefnum (51). Veiru- og bakteríulípóprótein geta verið ábyrg fyrir ónæmisstýrandi eiginleikum og nýlegar rannsóknir benda einnig til hlutverks fyrir samspil meðfædds ónæmis til að stjórna fjölbreytileika örvera og stjórna sýkingu, með sérstökum frumuættum eins og slímhúðaróbreytilegum T frumum (MAIT frumum). Þess vegna munu viðbótarrannsóknir sem einblína á orsök örverufjölbreytni í vefjum manna og áhrif þess á bólgu og ónæmissvörun vera mikilvæg sem hluti af framtíðarrannsóknum.

MEÐFERÐ VIÐ NÝRASJÚKKI: CISTANCHE

SIÐFRÆÐISYFIRLÝSING

Öllum rannsóknasýnum var safnað frá börnum og ungum fullorðnum viðtakendum sem voru ígræddir á árunum 2000 til 2011 á Lucile Packard barnaspítala Stanford háskólans. Rannsóknin var samþykkt af siðanefndum Stanford University Medical School og UCSF Medical Center. Allir fullorðnir sjúklingar og foreldrar/forráðamenn annarra en fullorðinna sjúklinga veittu skriflegt upplýst samþykki fyrir þátttöku í rannsókninni, í fullu samræmi við Helsinki-yfirlýsinguna.

HÖFUNDARFRAMLAG

MS og TS tóku þátt í hönnun rannsóknarinnar; SN, TS, NM og MS tóku þátt í skrifum greinarinnar og túlkun á niðurstöðum; NM framkvæmdi tölfræðilegar greiningar og mat á niðurstöðum; CN, KB-J og W-JQ mynduðu og unnu hrágögnin.

FJÁRMÁLUN

Við viðurkennum stuðning frá háskólanum í Kaliforníu í San Francisco. Höfundarnir viðurkenna fjármögnunarstuðning frá NIDDK R01DK083447 (til MS), DP3 DK110844 (W-JQ) og P41 GM103493 (W-JQ).

MEÐFERÐ VIÐ NÝRASJÚKKI: CISTANCHE

TILVÍSUN

1. Potgieter M, Bester J, Kell DB, Pretorius E. Blóð örvera í dvala í langvinnum, bólgusjúkdómum.FEMS Örverur sr(2015) 39(4):567–91. doi:10.1093/female/fuv013

2. Zhang Y, Zhao F, Deng Y, Zhao Y, Ren H. Metagenomic og metabolomic greining á eiturverkunum tri-chloroacetamide-framkallaðrar örveru- og þvagefnaskipta í músum.J Próteinmengi Res(2015) 14(4):1752–61. doi:10.1021/pr5011263

3. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Marchesi JR, et al. Örvera í þvagi manna; bakteríu-DNA í tæmdu þvagi hjá einkennalausum fullorðnum.Framan Cell Smitast Örverur(2013) 3:41. doi:10.3389/fcimb.2013.00041

4. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, et al. Innbyggð næstu kynslóðar raðgreining á 16S rDNA og metaproteomics aðgreina heilbrigða þvagörveru frá einkennalausri bakteríumigu í taugakvilla þvagblöðru sem tengist mænuskaða.J Þýðing Med(2012) 10:174. doi:10.1186/1479-5876-10-174

5. Lim Y, Totsika M, Morrison M, Punyadeera C. Munnvatnsörverusniðin hafa lítil áhrif á söfnunaraðferðir eða DNA útdráttaraðferðir.Sci Rep(2017) 7(1):8523. doi:10.1038/s41598-017-07885-3

6. Nasidze I, Quinque D, Li J, Li M, Tang K, Stoneking M. Samanburðargreining á fjölbreytileika í munnvatnsörverum manna með strikamerkjaðri pyrosequencing og klónunaraðferðum.endaþarm Biochem(2009) 391(1):64–8. doi:10.1016/j.ab.2009.04.034

7. Wang Y, Kasper LH. Hlutverk örverunnar í miðtaugakerfissjúkdómum.Heili Hegðu þig Ónæmi(2014) 38:1–12. doi:10.1016/j.bbi.2013.12.015

8. Lee SH, Sung JY, Yong D, Chun J, Kim SY, Song JH, o.fl. Einkenni örveru í berkjualveolar skolvökva sjúklinga með lungnakrabbamein samanborið við góðkynja, massalíkar skemmdir.Lung Krabbamein(2016) 102:89–95. doi:10.1016/j.lungcan.2016.10.016

9. Twigg HL III, Morris A, Ghedin E, Curtis JL, Huffnagle GB, Crothers K, et al. Notkun berkju- og lungnaskolunar til að meta örveru í öndunarfærum: merki í hávaða.Lancet Öndun Med(2013) 1(5):354–6. doi:10.1016/S2213-2600 (13)70117-6

10. Human Microbiome Project Consortium. Rammi fyrir rannsóknir á örverum í mönnum.Náttúran(2012) 486(7402):215–21. doi:10.1038/nature11209

11. Kroemer A, Elsabbagh AM, Matsumoto CS, Zasloff M, Fishbein TM. Örveran og áhrif hennar á þarmaígræðslu.Curr Opin Orgel Ígræðsla(2016) 21(2):135–9. doi:10.1097/MOT.00000000000000278

12. Weber D, Oefner PJ, Hiergeist A, Koestler J, Gessner A, Weber M, et al. Lágt magn indoxýlsúlfats í þvagi snemma eftir ígræðslu endurspeglar truflaða örveru og tengist lélegri niðurstöðu.Blóð(2015) 126(14):1723–8. doi:10.1182/blóð-2015-04-638858

13. Vindigni SM, Surawicz CM. Þarmaörveran: klínískt mikilvægur leikmaður í ígræðslu?Sérfræðingur sr Clin Immunol(2015) 11(7):781–3. doi:10.158 6/1744666X.2015.1043894

14. Becker J, Poroyko V, Bhorade S. Lungnaörvera eftir lungnaígræðslu.Sérfræðingur sr Öndun Med(2014) 8(2):221–31. doi:10.1586/17476348.20 14.890518

15. Hartman AL, Lough DM, Barupal DK, Fiehn O, Fishbein T, Zasloff M, et al. Þarmaörvera manna tekur upp annað ástand eftir smáþarmaígræðslu.Frv Natl Acad Sci U S A(2009) 106(40):17187–92. doi:10.1073/pnas.0904847106

16. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Andropolis KE, Panchal DV, Hajjiri Z, o.fl. Þvagsýki nýrnaígræðslusjúklinga sýnir dysbiosis með möguleika á sýklalyfjaónæmi.Þýðing Res(2017) 181:59–70. doi:10.1016/j. trsl.2016.08.008

17. Fricke WF, Maddox C, Song Y, Bromberg JS. Lýsing á örverum manna við nýrnaígræðslu.Am J Ígræðsla(2014) 14(2):416–27. doi:10.1111/ajt.12588

18. Lee JR, Muthukumar T, Dadhania D, Toussaint NC, Ling L, Pamer E, et al. Uppbygging örverusamfélagsins í þörmum og fylgikvillar eftir nýrnaígræðslu: tilraunarannsókn.Ígræðsla(2014) 98(7):697–705. doi:10.1097/ TP.00000000000000370

19. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Metwally A, Hajjiri Z, Brennan DC, o.fl. Fjölbreytt veiru í nýrnaígræðslusjúklingum inniheldur margar veiruundirgerðir með mismunandi fjölbreytileika.Sci Rep(2016) 6:33327. doi:10.1038/srep33327

20. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. Þvagveiru manna tengist þvagfærasýkingum.Framan Örverur(2015) 6:14. doi:10.3389/fmicb.2015.00014