Yfirfæranleg frumefni RNA vanstjórnun í stökkbreyttum KRAS(G12C) þrívíddar lungnakrabbameins kúlur

ÁSTANDUR

Stökkbreytt KRAS stjórnar transposable element (TE) RNA og interferon-stimulated gen (ISG) tjáningu, en enn er óljóst hvort fjölbreyttar stökkbreytingar í KRAS hafi áhrif á mismunandi TE RNA í gegnum erfðamengið. Við greindum umskrift þrívíddar kúlur úr lungnakrabbameini í mönnum sem geyma KRAS(G12C) stökkbreytingar til að ákvarða landslag TE RNA sem stjórnað er af stökkbreyttum KRAS(G12C). Við komumst að því að KRAS(G12C) merki er nauðsynlegt fyrir tjáningu á LINE- og LTR-afleiddum TE RNA sem eru aðgreind frá TE RNA sem áður hefur verið sýnt fram á að stjórnast af stökkbreyttu KRAS(G12D) eða KRAS(G12V). Þar að auki upphefur KRAS(G12C) hömlun sérstaklega SINE-afleidd TE RNA frá yngstu Alu undirfjölskyldunni AluY. Niðurstöður okkar sýna að truflun á TE RNA í KRAS knúnum lungnakrabbameinsfrumum er háð stökkbreytingum, á sama tíma og það varpar ljósi á undirmengi ungra, alu-afleiddra TE RNA sem eru samhæfð virkjuð með meðfæddum ónæmisgenum við KRAS(G12C) hömlun.

Kostir cistanche tubulosa-antitumor

KYNNING

Transposable element (TE) RNA er endurtekið vanstjórnun í tengslum við krabbamein 1. Í stökkbreyttum KRAS lungnakrabbameinsfrumum eru KRAB sink-fingur (KZNF) gen í stórum dráttum stjórnað niður, sem leiðir til afbrigðilegrar uppstýringar á TE RNA sem eru fengnar úr LINE, SINE, og LTR þættir 2,3. Til viðbótar við TE RNA eru löng ókóðunuð RNA (lncRNA) einnig samræmd með RAS merkjagenum 4 og tjáningarmynstur þeirra er á sama hátt breytt í mörgum krabbameinum 5-8. Fyrir TE RNA veldur uppstjórnun þeirra í krabbameini ástandi veiruhermuna, sem leiðir til innri virkjunar meðfæddra ónæmisgena eins og interferón-örvaðra gena (ISG) 3,9,10. Sérstaklega er Alu fjölskyldan SINEs ríkjandi uppspretta ónæmisvaldandi TE RNAs 11, sem eru framkölluð af epigenetic breytingum af völdum DNA metýltransferasa hemla (DNMTi) eða stökkbreytt KRAS miðlað KZNF hömlun 3,9,10.

Til að kanna hvernig algeng stökkbreyting í KRAS hefur áhrif á TE RNA landslag í lungnakrabbameinsfrumum, auðkenndum við umrit þrívíddar lungnakrabbameins kúlur sem geyma KRAS(G12C) stökkbreytingar í nærveru eða fjarveru stökkbreytts KRAS(G12C) hemils 12. Við sýnum að KRAS(G12C) boð eru nauðsynleg fyrir tjáningu á LINE og LTR afleiddum TE RNA, en KRAS(G12C) hömlun upphefur sérstaklega bæði SINE afleidd TE RNA og undirmengi interferón (IFN) tengdra gena. Niðurstöður okkar sýna flókið samspil milli stökkbreyttra KRAS-merkja og TE vanstjórnunar í lungnakrabbameinsfrumum, þar sem skilgreint mengi ungra AluY frumefna er uppstýrt á stökkbreytingaháðan hátt.

Kostir cistanche tubulosa-antitumor

NIÐURSTÖÐUR

KRAS(G12C) hömlun breytir kóðun og ókóðun umrita

Til að ákvarða hvernig krabbameinsvaldandi KRAS(G12C) merkjagjöf stjórnar kóðunar- og ókóðandi umritinu, gerðum við RNA raðgreiningu (RNA-seq) á þrívíddar stökkbreyttum KRAS(G12C) lungnakrabbameinshúllum. Fyrir RNA-seq notuðum við samskiptareglur í fullri lengd með 5' einstökum sameindaauðkennum (UMIs) til að gera nákvæma RNA talningu kleift á meðan að draga úr PCR mögnunarskekkju 13 (Mynd 1A). Við bárum saman umrit H358 lungnakrabbameins kúlu sem voru meðhöndlaðir með KRAS(G12C) hemlinum ARS-1620 (ARS) við stjórnkúlur (DMSO-meðhöndlaðar) (Mynd S1A) og sáum að ARS meðferð minnkaði verulega magn fosfórýleraðs ERK (p-ERK) (Mynd S1B), sem gefur til kynna að ARS meðferð hafi hamlað niðurstreymis KRAS(G12C) merki. Bæling á KRAS(G12C) merkjum með ARS meðferð var einnig sýnt fram á minnkun á kúlustærð og lífvænleika frumna (Mynd S1C og S1D).

Á RNA stigi metum við hlutfallslegt magn af mismunandi lífgerðum og TE ofurfjölskyldum í ARS- eða DMSO-meðhöndluðum 3D lungnakrabbameini kúlur, sem leiddi í ljós kraftmiklar breytingar á TE RNA samsetningu við KRAS(G12C) hömlun (Mynd 1B). Þó að við fundum aðeins 32% af GENCODE-merktum próteinkóða genum og 15% af lncRNA genum, voru 92-96% af TE ofurfjölskyldum (92% LTR, 95% SINE, 96% LINE) fulltrúar í UMI-merktu okkar RNA-seq gögn, sem sýna víðtæka vanstjórnun á TE RNA í KRAS(G12C)-drifnu umritinu. Allt að fjórðungur allra greindra RNA sameinda í ARS-meðhöndluðum lungnakrabbameinshnöttum var unnin úr TE, sem gefur til kynna að TE RNA táknar umtalsverðan hluta af umritunarframleiðslu stökkbreyttra KRAS(G12C) lungnakrabbameinsfrumna.

cistanche ávinningur fyrir karla styrkir ónæmiskerfið

Smelltu hér til að skoða Cistanche Enhance Immunity vörur

【Biðja um meira】 Netfang:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Næst ákváðum við gena sem tjáðu marktækt misjafnlega á milli ARS- og DMSO-meðhöndlaðra þrívíddar lungnakrabbameins kúlur til að bera kennsl á líffræðileg ferli sem var stjórnað af krabbameinsvaldandi KRAS(G12C) merkjum. Lungnakrabbamein kúlur með ósnortnum KRAS(G12C) merkjum auðguðust marktækt fyrir genum sem taka þátt í G2M eftirlitspunkti, E2F markmiðum, MYC markmiðum og mítóskum snældu (Mynd 1C). Við KRAS(G12C) hömlun tjáðu kúlur lungnakrabbameins hins vegar marktækt hærra magn gena sem taka þátt í oxunarfosfórun, komplement og IFN alfa og gamma svörun (Mynd 1C), sem gefur frekari sönnunargögn fyrir þátttöku KRAS merkja í reglugerðinni. af IFN-tengdum genum 2,3.

KRAS(G12C) hömlun framkallar á samræmdan hátt ISG og unga AluY frumefni

Til að skýra frekar innri uppstjórnun ISGs við KRAS(G12C) hömlun, auðkenndum við hvaða gen og TEs voru marktækt mismunandi tjáð í hverju genasetti og TE yfirfjölskyldu, í sömu röð. Yfir bæði IFN alfa og IFN gamma svörun gen, var sterkasta framkallaða genið við KRAS(G12C) hömlun í lungnakrabbameini kúlur RTP4 (Mynd 2A), flutningsprótein viðtaka sem stjórnar neikvætt TBK1 boð 14. Að auki, MHC flokki I flókið geni beta-2-míkróglóbúlín (B2M), sem er endurtekið óvirkt í lungnakrabbameini 15, var einnig marktækt uppstýrt í báðum IFN-tengdum genasettum í ARS-meðhöndluðum lungnakrabbameinshnöttum (Mynd 2A).

Með hliðsjón af beinu hlutverki krabbameinsvaldandi KRAS merkja í TE RNA reglugerð 3, könnuðum við hvaða undirfjölskyldur TE RNA voru háðar stökkbreyttu KRAS(G12C). Í lungnakrabbameinshúllum með ósnortnum KRAS(G12C) merkjum, komumst við að því að LINE undirfjölskyldurnar L1M6B og L1PA12 voru mjög tjáðar og háðar KRAS(G12C), eins og sést af lækkun þeirra í lungnakrabbameinskúlum sem voru meðhöndlaðir með ARS (Mynd 2B). Þar að auki, á meðan aðeins ein DNA undirfjölskylda MER44D var háð KRAS(G12C) merkjum, voru yfir tugi LTR undirfjölskyldur stjórnað af stökkbreyttum KRAS(G12C), þar á meðal MLT1A0-int, LTR51, MER50B og LTR1B0 (Mynd 2B). Aftur á móti voru SINE undirfjölskyldur allar marktækt uppstýrðar vegna KRAS(G12C) hömlunar og framkallaðar á samræmdan hátt með sérstökum ISG genum (Mynd 2A) í kúlum lungnakrabbameins. Þessi SINE TE RNA voru öll unnin úr AluY undirfjölskyldunni (Mynd 2B), sem gefur til kynna að KRAS(G12C) hömlun truflar ákveðinn undirhóp ungra AluY frumefna.

KRAS(G12C) hömlun lækkar langa RNA sem ekki eru kóðaðar

Til að skýra frekar áhrif KRAS(G12C) hömlunar á umritið, skoðuðum við öll marktækt mismunandi tjáð lncRNAs í lungnakrabbameini kúlur meðhöndlaðir með ARS eða DMSO stjórn. Við komumst að því að mikill fjöldi lncRNAs var háður KRAS(G12C) merkjum fyrir tjáningu þeirra, þar sem mörgum af þessum lncRNAs var marktækt niðurstýrt eftir KRAS(G12C) hömlun (Mynd 3A). Þrjú af þessum niðurstýrðu lncRNA, AC114546.3, NCMAP-DT og AC073575.2, hafa enga þekkta virkni en skarast í andskynjunarstefnu við kóðagenin ZNF770, RCAN3 og ERP29, í sömu röð. Sem flokkur RNA sem ekki er kóðað, sáum við víðtæka niðurstýringu lncRNAs við ARS meðferð í lungnakrabbameini kúlur (Mynd 3B), sem gefur til kynna að mörg lncRNAs eru háð KRAS (G12C) merkjum fyrir tjáningu þeirra.

cistanche ávinningur fyrir karla styrkir ónæmiskerfið

UMRÆÐA

Hér sýnum við að krabbameinsvaldandi KRAS(G12C) boð eru nauðsynleg fyrir tjáningu sérstakra TE ofurfjölskyldna, þ.e. LINE og LTR frumefni, sem og undirmengi lncRNAs, sem sýnir enn frekar hvernig RAS merki stjórnar ókóðun umrita 2-4. Við notuðum einnig 3D kúlulíkan fyrir lungnakrabbamein fyrir tilraunir okkar á KRAS(G12C) hemlum þar sem sýnt hefur verið fram á að þrívíddarlíkön endurspegla á trúverðugan hátt lyfjasvörun in vivo samanborið við tvívíddar ræktunarlíkön 16. Ennfremur, notkun okkar á UMI byggt fullkomið -lengd RNA-seq tækni 13 gerði okkur kleift að fanga nákvæmari TE RNA samsetningu og gangverki í lungnakrabbameinshúllum okkar með því að fjarlægja PCR tvítekningar í RNA-seq gögnum okkar.

Niðurstöður okkar eru í samræmi við fyrri rannsóknir á KRAS(G12C) hömlun, þar sem IFN alfa- og gamma svörunargenum var stýrt upp í ARS-meðhöndluðum H358 lungnakrabbameinsfrumum 17. Byggt á þekktum ónæmisvaldandi eiginleikum Alu-afleiddra RNAs 11, benda niðurstöður okkar til þess að sértæk uppstjórnun ungra AluY frumefna við KRAS(G12C) hömlun er að minnsta kosti að hluta ábyrg fyrir sterkri uppstjórnun ISGs í ARS-meðhöndluðum lungnakrabbameins kúlum. Athyglisvert er að marktæk auðgun IFN-tengdra gena sem svar við KRAS(G12C) hemla meðferð felur ekki í sér frekari uppstýringu RNA skynjara ISG eins og MDA-5, RIG-I eða PKR, sem upphaflega verða uppstýrt í lungnafrumur sem svar við krabbameinsvaldandi KRAS-boðum 2,3.

Við höfum áður sýnt fram á að stökkbreytt KRAS boð ein og sér nægir til að framkalla TE RNA uppstýringu í lungnafrumum manna sem hafa verið umbreyttar in vitro 2,3, og niðurstöður okkar sem lýst er hér víkka þessar athuganir til lungnakrabbameinsfrumna með mismunandi virkjunar KRAS stökkbreytingu. KRAS(G12D) eða KRAS(G12V) stökkbreytingar framkalla báðar marktæka uppstjórnun LTR12C undirfjölskyldunnar í umbreyttum lungnafrumum 3, en við sáum ekki marktæka auðgun á LTR12C afleiddum TE RNA í KRAS(G12C) lungnakrabbameinshvolfunum okkar. Þess í stað sáum við uppstjórnun á LTR51, LTR1B0, LTR14B og LTR28B, sem bendir til þess að fjölbreyttar stökkbreytingar á virkni KRAS stjórna mismunandi þáttum TE RNA umritsins.

Vinna okkar veitir yfirgripsmikið mat á því hvernig ókóða/TE RNA umritið bregst við KRAS(G12C) hömlun. Framtíðarrannsóknir geta veitt nýja innsýn í hugsanlegt hlutverk ókóðandi/TE RNAs í aðferðum KRAS(G12C) hemla ónæmis. Ennfremur geta TE RNA sem eru seytt úr krabbameinsfrumum við KRAS hömlun þjónað sem utanfrumu RNA lífmerki 2,3,5,18,19 fyrir svörun og/eða ónæmi gegn KRAS hemla meðferðum 20.

EFNI OG AÐFERÐIR

Frumulínur

H358 lungnakrabbameinsfrumulínur sem innihéldu KRAS(G12C) stökkbreytinguna voru ræktaðar í RPMI 1640 miðli (Invitrogen) ásamt 10% nautgripasermi (Sigma) við 37 gráður, 5% CO2 í rakaðri útungunarvél. Allar frumulínur reyndust neikvæðar fyrir mycoplasma. Frumulínur voru keyptar frá American Type Culture Collection (ATCC).

Frumulífvænleikapróf

Fyrir kúlulífvænleikapróf voru 10,000 frumur/brunn sáð í hringbotna 96-brunnsplötur með lágt viðloðun og ræktaðar við 37 gráður, 5% CO2 í 24 klukkustundir. Síðan var raðþynntu ARS- 1620 eða DMSO bætt við frumurnar og plöturnar ræktaðar við staðlaðar ræktunaraðstæður í 72 klukkustundir, þar sem ferskt ARS og DMSO miðli var skipt út daglega. Frumulífvænleiki var mældur með því að nota Cell Titer-Glo® Luminescent Cell Viability Assay Kit (Promega) samkvæmt samskiptareglum framleiðanda. Lýsingarmerki ARS-meðhöndlaðra sýna var staðlað í DMSO viðmiðun. Lýsing var mæld á SpectraMax iD3 sameindabúnaði.

RNA einangrun

Heildarmagn RNA var einangrað úr um það bil 100 H358 kúlum (í hverju ástandi) með því að nota Quick-RNA Mini-Prep Kit (Zymogen) samkvæmt samskiptareglum framleiðanda. RNA var magnmælt með NanoDrop-8000 litrófsmæli.

Undirbúningur RNA-seq bókasafns

Aðlagað Smart-seq3 siðareglur 13 var notað til að búa til RNA-seq söfn úr heildar-RNA til að telja og meta RNA sameindir í fullri lengd. Í stuttu máli, 10ng af heildar-RNA var umritað í öfugt með því að nota strikamerkjamerktan oligoDT grunn (125nM) og síðan skipt um sniðmát með strikamerkjaða sniðmátsrofa oligo (125nM). Þessar fákeppnisraðir þjónuðu sem frumur fyrir PCR mögnun. Nextera HT settið (Illumina) var notað til að umbreyta cDNA söfnum í raðgreiningarsöfn með því að bæta við UMI sértækum grunni til að magna upp cDNA endana sem innihalda sameinda strikamerki eins og lýst er í Smart-seq3 samskiptareglunum. cDNA og gæði safnsins voru metin með því að nota Agilent bioanalyzer DNA hánæmni flís og magngreind með hánæmni DNA prófinu á Qubit 3.0.

Western blot

Um það bil 100 H358 kúlur (í hverju ástandi) voru einangraðar eftir ARS eða DMSO meðferð. Kúlur voru síðan ræktaðar á ís í RIPA jafnalausn sem bætt var við próteasahemli í 15 mínútur. Lýsöt voru síðan spunnin við 10,000 RCF í 10 mínútur. Fljótandi vökvi var síðan fluttur í nýtt rör til síðari undirbúnings SDS-PAGE sýnis í Laemmli jafnalausn, soðið í 5 mínútur við 95 C fyrir lokastyrk upp á 1 mg/ml. SDS PAGE var framkvæmd til að aðgreina prótein eftir stærð og síðan flutningur yfir á PVDF himnu. Himnur voru ræktaðar með aðal p-ERK (CST) og HSP90 (CST) mótefnum yfir nótt við 4 C. Auka mótefni (Abcam) voru síðan ræktuð á þrisvar sinnum TBST þvegnum himnum í stíflujafna fyrir síðari myndgreiningu.

cistanche ávinningur fyrir karla styrkir ónæmiskerfið

UMI aftvíföldun

Pöruð end illumina les voru millistykki snyrt með FastP 21 með sjálfgefnum stillingum. UMIs voru dregin út úr lestri og færð í lesnafnið með því að nota umi_tools_útdrátt úr UMI-tools pakkanum 22 með strikamerkismynstrið stillt á "NNNNNNNN". UMI fjarlægt lestur var stillt upp við HG38 með því að nota STAR aligner með GENCODE v38 athugasemdasettinu. Samræmd lestur var aftvítekið með því að nota „UMI-tools dedup“ með sjálfgefnum stillingum.

RNA-seq greining

Allar fastq skrár voru klipptar með Trimmomatic 2 (0.38) 23 og klipptar skrár sem urðu til voru metnar með FastQC 24 og síðan unnar með eftirfarandi greiningarleiðslu: Lax (1.3.0): gervijöfnun RNA -seq lestur gerðar með Salmon 25 með því að nota eftirfarandi rök: {{1{{20}}}}validateMappings –gcBias --seqBias --recoverOrphans --rangeFactorizationBins 4 með vísitölu búin til úr GENCODE útgáfu 35 transcriptome fasta skránni með því að nota tálbeituraðir til að gera sértæka röðun kleift. Önnur, TE-meðvituð vísitala var búin til á svipaðan hátt en bætt við raðir sem eru búnar til úr UCSC Repeat Masker brautinni. DESeq2 (1.32.0): Laxafleiðsla var flutt inn í DESeq hlut með því að nota tximport 26 og mismunadrifsgreining var gerð með stöðluðum rökum 27. Allar niðurstöður voru síaðar til að hafa padj < 0,05. Þar sem talningargögn voru notuð voru þau staðlað yfir sýni með því að nota DESeq.

Auðgunargreining genasetts

Mismunandi tjáðum genum var raðað eftir minnkaðri log2FoldChange gildum sem myndast af DESeq2. Gensamsett voru fengin með því að nota R pakkann msigdbr (7.4.1) og síuð til að innihalda aðeins genasett með 'Hallmark' stöðu. R pakkinn fgsea (1.18.0) var notaður til að búa til mat á auðgun genasetts sem var síað í niðurstöður með leiðréttum pgildum < 0.05.

HEIMILDIR

1. Burns, KH (2017). Flutanleg þættir í krabbameini. Nat Rev Cancer 17, 415-424. 10.1038/nrc.2017.35.

2. Reggiardo, RE, Maroli, SV, Halasz, H., Ozen, M., Carrillo, D., LaMontagne, E., Whitehead, L., Kim, E., Malik, S., Fernandes, J., o.fl. (2020). Epigenomic endurforritun á endurteknum noncoding RNA og IFN örvuðum genum með stökkbreyttum KRAS. bioRxiv, 2020.2011.2004.367771. 10.1101/2020.11.04.367771.

3. Reggiardo, RE, Maroli, SV, Halasz, H., Ozen, M., Hrabeta-Robinson, E., Behera, A., Peddu, V., Carrillo, D., LaMontagne, E., Whitehead, L. ., o.fl. (2022). Stökkbreytt KRAS stjórnar innleiðanlegu frumefni RNA og meðfæddu ónæmi með KRAB sink-fingurgenum. Cell Reports 40. 10.1016/j.celrep.2022.111104.

4. Kim, DH, Marinov, GK, Pepke, S., Singer, ZS, He, P., Williams, B., Schroth, GP, Elowitz, MB og Wold, BJ (2015). Einfrumu umritagreining leiðir í ljós kraftmiklar breytingar á lncRNA tjáningu við endurforritun. Stofnfrumu 16, 88-101. 10.1016/j.stem.2014.11.005.

5. Reggiardo, RE, Maroli, SV og Kim, DH (2022). LncRNA lífmerki bólgu og krabbameins. Adv Exp Med Biol 1363, 121-145. 10.1007/978-3-030-92034-0_7.

6. Schmitt, AM og Chang, HY (2016). Löng ókóðuð RNA í krabbameinsferlum. Krabbameinsfruma 29, 452-463. 10.1016/j.ccell.2016.03.010.

7. Rinn, JL og Chang, HY (2020). Löng ókóðuð RNA: sameindaaðferðir við líffærastarfsemi. Annu Rev Biochem 89, 283-308. 10.1146/annurev-lífefnafræði- 062917-012708.

8. Slack, FJ og Chinnaiyan, AM (2019). Hlutverk RNA sem ekki er kóðað í krabbameinsfræði. Hólf 179, 1033-1055. 10.1016/j.cell.2019.10.017.

9. Chiappinelli, Katherine B., Strissel, Pamela L., Desrichard, A., Li, H., Henke, C., Akman, B., Hein, A., Rote, Neal S., Cope, Leslie M. , Snyder, A., o.fl. (2015). Að hindra DNA metýleringu veldur interferónsvörun í krabbameini með dsRNA, þar með talið innrænum retróveirum. Hólf 162, 974-986. 10.1016/j.cell.2015.07.011.

10. Roulois, D., Loo Yau, H., Singhania, R., Wang, Y., Danesh, A., Shen, Shu Y., Han, H., Liang, G., Jones, Peter A., Pugh, Trevor J., o.fl. (2015). DNA-afmetýlerandi efni miða á ristilkrabbameinsfrumur með því að framkalla veiruhermingu með innrænum umritunum. Hólf 162, 961-973. 10.1016/j.cell.2015.07.056.

11. Mehdipour, P., Marhon, SA, Ettayebi, I., Chakravarthy, A., Hosseini, A., Wang, Y., de Castro, FA, Loo Yau, H., Ishak, C., Abelson, S. ., o.fl. (2020). Epigenetic meðferð framkallar umritun á öfugum SINEs og ADAR1 háð. Náttúra 588, 169-173. 10.1038/s41586-020-2844-1.

12. Ostrem, JM, Peters, U., Sos, ML, Wells, JA og Shokat, KM (2013). K-Ras(G12C) hemlar stjórna allosterically GTP sækni og áhrifaverkunum. Náttúra 503, 548- 551. 10.1038/náttúra12796.

13. Hagemann-Jensen, M., Ziegenhain, C., Chen, P., Ramskold, D., Hendriks, GJ, Larsson, AJM, Faridani, OR og Sandberg, R. (2020). Einfrumu RNA talning við samsætu og ísóform upplausn með því að nota Smart-seq3. Nat Biotechnol 38, 708-714. 10.1038/s41587-020- 0497-0.

14. He, X., Ashbrook, AW, Du, Y., Wu, J., Hoffmann, HH, Zhang, C., Xia, L., Peng, YC, Tumas, KC, Singh, BK, o.fl. (2020). RTP4 hamlar IFN-I svörun og eykur tilrauna heila malaríu og taugasjúkdóma. Proc Natl Acad Sci USA 117, 19465- 19474. 10.1073/pnas.2006492117.

15. Pereira, C., Gimenez-Xavier, P., Pros, E., Pajares, MJ, Moro, M., Gomez, A., Navarro, A., Condom, E., Moran, S., Gomez- Lopez, G., o.fl. (2017). Erfðafræðileg sniðgreining á xenografts af sjúklingum fyrir lungnakrabbamein auðkennir B2M óvirkjun sem skerðir ónæmisþekkingu. Clin Cancer Res 23, 3203-3213. 10.1158/1078-0432.CCR-16-1946.

16. Sen, C., Freund, D. og Gomperts, BN (2022). Þrívíddarlíkön af lungum: fortíð, nútíð og framtíð: smá endurskoðun. Biochem Soc Trans 50, 1045-1056. 10.1042/BST20190569. 17. Mugarza, E., van Maldegem, F., Boumelha, J., Moore, C., Rana, S., Llorian Sopena, M., East, P., Ambler, R., Anastasiou, P., Romero, -Clavijo, P., o.fl. (2022). Meðferðarleg KRAS(G12C) hömlun knýr árangursríkt interferónmiðlað andæxlisónæmi í ónæmisvaldandi lungnakrabbameini. Sci Adv 8, eabm8780. 10.1126/sciadv.abm8780.

18. Khojah, R., Reggiardo, RE, Ozen, M., Maroli, SV, Carrillo, D., Demirci, U., og Kim, DH (2022). Utanfrumu RNA einkenni stökkbreyttra KRAS(G12C) lungnakirtilkrabbameinsfrumna. bioRxiv, 2022.2002.2023.481574. 10.1101/2022.02.23.481574.

19. Wang, J., Ma, P., Kim, DH, Liu, BF og Demirci, U. (2021). Í átt að örvökvabundinni einangrun og uppgötvun exósóma fyrir æxlismeðferð. Nano Today 37. 10.1016/j.nantod.2020.101066.

20. Moore, AR, Rosenberg, SC, McCormick, F. og Malek, S. (2021). RAS-miðaðar meðferðir. Nat Rev Drug Discov. 10.1038/s41573-021-00220-6.

21. Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y. og Gu, J. (2018). fastp: ofurhraður allt-í-einn FASTQ forgjörvi. Lífupplýsingafræði 34, i884-i890. 10.1093/lífupplýsingafræði/bty560.

22. Smith, T., Heger, A. og Sudbery, I. (2017). UMI-tól: líkanagerðarvillur í einstökum sameindaauðkennum til að bæta mælingarnákvæmni. Genome Res 27, 491- 499. 10.1101/gr.209601.116.

23. Bolger, AM, Lohse, M. og Usadel, B. (2014). Trimmomatic: sveigjanlegur trimmer fyrir Illumina röð gögn. Lífupplýsingafræði 30, 2114-2120. 10.1093/lífupplýsingafræði/btu170.

24. Brown, J., Pirrung, M. og McCue, LA (2017). FQC mælaborð: samþættir FastQC niðurstöður í vefbundið, gagnvirkt og stækkanlegt FASTQ gæðaeftirlitstæki. Lífupplýsingafræði. 10.1093/lífupplýsingafræði/btx373.

25. Patro, R., Duggal, G., Love, MI, Irizarry, RA og Kingsford, C. (2017). Lax veitir hraða og hlutdræga magngreiningu á tjáningu afrita. Nat Methods 14, 417-419. 10.1038/nmeth.4197.

26. Soneson, C., Love, MI og Robinson, MD (2015). Mismunagreiningar fyrir RNA-seq: mat á umritsstigi bæta ályktanir um genastig. F1000Res 4, 1521. 10.12688/f1000research.7563.2.

27. Love, MI, Huber, W. og Anders, S. (2014). Miðað mat á fellingarbreytingu og dreifingu fyrir RNA-seq gögn með DESeq2. Genome Biol 15, 550. 10.1186/s13059-014- 0550-8.

VIÐTAKNINGAR

Við þökkum meðlimum Kim Lab fyrir gagnlegar umræður. Þessi vinna var styrkt með fé frá Baskin School of Engineering (til DHK). DC var stutt af Predoctoral Fellowship Award frá Tobacco-Related Disease Research Program (T30DT0997), RER var stutt af F99/K00 NIDDK KUH Predoctoral til Postdoctoral Fellow Transition Award frá National Institute of Health (1F99DK{ {7}}), og VP var styrkt af Predoctoral Fellowship Award frá Tobacco-Related Disease Research Program (T32DT4904).

HÖFUNDARFRAMLAG

DHK hugmyndafræðilegar rannsóknir, DC og DHK hönnuðu rannsóknir, DC, JL og GM gerðu tilraunir, RER og VP greindu gögn og DC og DHK skrifuðu blaðið með inntak frá höfundum.

MYNDIR

Mynd 1. KRAS(G12C) hömlun breytir kóðun og ókóðun umrita A. Tilraunamynd. B. Dreifing talna sem úthlutað er til GENCODE kóðun, lncRNA og TE/endurteknum ofurfjölskyldum í ARS-meðhöndluðum (ars) eða DMSO-meðhöndluðum (dmso) lungnakrabbameini kúlulaga RNA-seq söfnum, þar sem hver dálkur táknar líffræðilega endurtekningu. C. Marktækar niðurstöður úr genaauðgunargreiningu sem sáust í DMSO-meðhöndluðum (hægri, jákvætt NES) eða ARS-meðhöndluðum (vinstri, neikvæðum NES) lungnakrabbameinshnöttum með því að nota mismunandi tjáð gena raðað eftir eðlilegu auðgunarstigi (NES).

Mynd 2. KRAS(G12C) hömlun framkallar á samræmdan hátt ISG og unga AluY frumefni

A. Eldfjallauppdrættir sem sýna marktæka mismunatjáningu sem sést í lykilgenasettum á milli DMSO-meðhöndlaðra (hægri, jákvæða fellingarbreytingar) eða ARS-meðhöndlaðra (vinstri, neikvæðar fellingarbreytingar) lungnakrabbameins kúlulaga. B. Eldfjallauppdrættir sem sýna marktæka mismunatjáningu sem sést í TE ofurfjölskyldum á milli DMSO-meðhöndlaðra (hægri, jákvæðar fellingarbreytingar) eða ARS-meðhöndlaðar (vinstri, neikvæðar fellingarbreytingar) lungnakrabbameinshúllu.

Mynd 3. KRAS(G12C) hömlun lækkar langar RNA sem ekki eru kóðaðar

A. Eldfjallamynd um marktæka mismunatjáningu á GENCODE próteinkóða RNA og lncRNA á milli DMSO-meðhöndlaðra (hægri, jákvæða fold-breyting) eða ARS-meðhöndluð (vinstri, neikvæð fold-breyting) lungnakrabbameins kúlur. B. Box plot af marktækri mismunatjáningu á GENCODE próteinkóða RNA og lncRNA á milli DMSO-meðhöndlaðra (efri, jákvæða fold-breytingu) eða ARS-meðhöndluðu (neðsta, neikvæð fold-change) lungnakrabbameins kúlu (Wilcoxon).

AUKAMYND

Mynd S1.

A. H358 3D kúlur í lungnakrabbameini meðhöndlaðir með ARS eða DMSO. B. Western blot fyrir p-ERK og HSP90 með því að nota H358 3D lungnakrabbamein kúlur meðhöndlaðar með ARS eða DMSO. C. Þvermálsmælingar (í míkrómetrum) (vinstri reitur) og lífvænleika frumna (Cell Titer-Glo® sjálflýsandi frumur í hlutfallslegum flúrljómunareiningum) (hægri lóð) á H358 3D lungnakrabbameinskúlum sem fengu meðferð með ARS eða DMSO eftir 3 eða 5 daga meðferð (500 nM ARS-1620 eða DMSO). D. Þvermálsmælingar (í míkrómetrum) á H358 3D lungnakrabbameinshúllum sem voru meðhöndlaðir með mismunandi styrk ARS-1620 (nM) í 7 daga.