Rannsókn á skyldum genum lifrarkrabbameins

Tengiliður: Audrey Hu (Whatsapp: 008613880143964) Netfang:audrey.hu@wecistanche.com

Lifrarfrumukrabbamein (lifrarfrumukrabbamein, HCC) er sem stendur þriðja illkynja æxlið í heiminum hvað varðar dánartíðni [1]. Samkvæmt nýjustu krabbameinsskýrslunni, í Kína, er tíðni lifrarkrabbameins aðeins eftir lungnakrabbamein og magakrabbamein [2]. Lykillinn að því að bæta horfur lifrarkrabbameinssjúklinga er snemmgreining og skimun, til að forðast seinkun á greiningu og meðferð. Á hinn bóginn er sykursýki algengur efnaskipta- og innkirtlasjúkdómur og hún er einnig önnur stór ógn við heilsu manna [3].

Sykursýki getur valdið skemmdum á mörgum líffærum líkamans, sem leiðir til ýmissa fylgikvilla, svo sem nýrnakvilla af völdum sykursýki, augnsjúkdómar af völdum sykursýki, fóta með sykursýki og hjarta- og æðasjúkdóma af völdum sykursýki. Á sama tíma fjölgar sykursjúkum í Kína ár frá ári. Frá og með 2013 var algengi sykursýki meðal kínverskra fullorðinna um 10,9 prósent [4].

Fjöldi frumgreininga og klínískra rannsókna hefur séð áhrif sykursýki á lifun sjúklinga með lifrarkrabbamein. Niðurstöður greiningarinnar benda til þess að sykursýki sé sjálfstæður áhættuþáttur fyrir horfur á lifrarkrabbameini [5,6], en sérstakur fyrirkomulag hennar er enn óljóst. Á undanförnum árum, með þróun afkastamikils flístækni, er hægt að nota genatjáningarsnið til að rannsaka kjarnagen lifrarkrabbameins og sykursýki [7]. Í þessari rannsókn sóttum við genatjáningarfylki lifrarkrabbameins og sykursýki af tegund 2 úr opinberum gagnagrunnum, skimuðum út mismunadrifgen sem skarast með því að bera saman sjúkdómshópinn og heilbrigða samanburðarhópinn og námum síðan sameiginlegu mismunagnunum og lífverunum sem leiða til tegundar 2. sykursýki og lifrarkrabbamein. Til að veita tilvísun til rannsókna á sykursýkistengdu lifrarkrabbameini, þurfa sérstakar lífeðlisfræðilegar og meinafræðilegar aðferðir frekari tilrauna sannprófun.

1 Efni og aðferðir

1.1 Uppruni gagna og forvinnsla: Genatjáningargögnum var hlaðið niður úr GEO (Gene Expression Omnibus) gagnagrunni National Center for Biotechnology Information (NCBI). Gagnagrunnurinn GSE7014 inniheldur 20 sýni af sykursýki af tegund 2 og 6 heilbrigð viðmiðunarsýni [8] og gagnagrunnurinn GSE45267 inniheldur 48 lifrarkrabbameinssýni á staðnum og 39 eðlileg vefjasýni. Gagnagrunnurinn GSE121248 inniheldur 69 lifrarkrabbameinssýni og 38 parakrabbameinssýni, sem öll eru byggð á GPL570 (Affymetrix Human Genome U133 Plus 2. 0 Array). Gögn voru forunnin með „Affy“ R pakkanum.

1.2 Skimun mismunandi gena: Við notuðum "limma" R pakkann til að skima mismunað tjáð gen (DEGs) á milli sjúkdómshópsins og eðlilega samanburðarhópsins [9]. Þröskuldurinn er stilltur sem FDR (false discovery rate)<0.05, |log2fc|="">1.5. Hitakort af DEG voru teiknuð með því að nota "hitakort" R pakkann.

1.3 Gene Ontology (GO), Protein ⁃ Protein Interaction (PPI) og auðkenning kjarnagena Eiginleikaauðgunargreining, teiknuð með „ggplot2“ R pakkanum. Þröskuldurinn var stilltur á FDR<0.05. then="" use="" the="" string="" database="" (https://string-db.org)="" to="" study="" the="" interaction="" between="" common="" differential="" genes="" and="" proteins.="" then="" import="" cytoscape="" software="" to="" construct="" the="" ppi="" network,="" the="" threshold="" score="" >="" 0.7="" is="" the="" critical="" value,="" and="" the="" core="" node="" protein="" is="" screened="" by="" the="" mcode="" plug-in.="" finally,="" the="" core="" genes="" were="" verified="" by="" the="" online="" database="" oncomine="">

1.4 Lifunargreining: Lifunargreining á kjarnagenum var framkvæmd með því að nota netgagnagrunninn GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn/).

2 úrslit

2.1 Mismunandi genaskimun niðurstöður

Niðurstöður skimunar á lifrarkrabbameinsgagnagrunninum GSE45267 sýndu að 1 694 DEGs fengust (921 upp-stýrðar, 773 niður-stýrðar) og lifrarkrabbameinsgagnagrunnurinn GSE121248 var einnig skimaður til að fá 1 925 DEGs ({ {8}} uppstillt, 914 niðurstillt, mynd 1A). Meðal þeirra eru 1235 gatnamót DEG (mynd 1B). Sykursýkisgagnagrunnurinn GSE7014 var síðan skimaður og samtals fengust 2 508 mismunagen (1 253 uppstillt, 1 254 niðurstýrt, mynd 1C). Skurðpunktur lifrarkrabbameins DEG og sykursýki DEG var náð til að fá 328 DEG sem skarast, þar af 78 algengar DEG. Uppstýrðar DEGs1 og 98 niðurstýrðar DEGs3. Ennfremur voru 82 gen sem voru lækkuð í sykursýki af tegund 2 (DEGs2) og 70 gen sem voru lækkuð í lifrarkrabbameini (DEGs4) talin vera DEG óháð lifrarkrabbameini eða sykursýki.

2.2 Genaauðgunargreining

We then performed GO analysis on the four types of DEGs. The results showed that among the common differential genes, the biological functions of DEGs1 were mainly enriched in regulating DNA damage and repair, and the functions of DEGs3 were mainly chemical stimulation, defense response, inflammatory response, and apoptosis. and programmed death. Among the independent differential genes, DEGs2 analysis results were not statistically different (FDR>0.05), en DEGs4 gæti tengst niðurbroti lífrænna köfnunarefnissambanda.

2.3 Staðfesting á próteinvíxlverkunarneti og kjarnagenum

Næst völdum við algengu mismunagenin (DEGs1 og DEGs3) fyrir PPI greiningu með því að nota STRING gagnagrunninn og skimuðum út 8 kjarnahnútprótein, sem voru serín próteasa fjölskyldu E meðlimur 1 (serpin fjölskyldu E meðlimur 1, SERPINE1), þyrping (þyrping) , CLU), thrombospondin 1 (segaspóndín-)

2.4 Forspárgreining á kjarnagenum

Við gerðum lifunargreiningu á 8 kjarnagenum á grundvelli genatjáningargagna og klínískra upplýsinga um lifrarkrabbameinssjúklinga í GEPIA gagnagrunninum. Meðal þeirra spáir mikil tjáning MSH2, OIP5, AURKA, SMC4 og SERPINE1 fyrir um slæmar horfur og lítil tjáning CLU tengist lélegum horfum. kynferðisleg munur. Ásamt kassaritum um tjáningu 8 kjarnagena í eðlilegum lifrarvef og lifrarkrabbameinsvef í ONCOMINE gagnagrunni, samanborið við venjulegan vef, eru MSH2, OIP5, AURKA, SMC4 mjög tjáð í lifrarkrabbameini og CLU er lítið tjáð í lifur krabbamein, sem gefur til kynna slæmar horfur Lítil tjáning SERPINE1 í lifrarkrabbameini gefur til kynna betri horfur.

Serglýsín (SRGN), uppbyggingu litninga (SMC4), norðurljósa kínasa A (AURKA), OPA víxlverkandi prótein 5 (OIP5), MUTS homolog 2 (mutS homolog 2, MSH2). Staðfest af ONCOMINE gagnagrunninum, tjáning ofangreindra kjarnagena í lifrarkrabbameini er í samræmi við niðurstöður spár okkar og það er marktækur munur.

gegn krabbameini: Cistanche

Cistanche er jurt sem er mikið notað í krabbameinsmeðferð. Samkvæmt nútíma lyfjafræðilegri rannsókn á cistanche inniheldur þessi jurt áhrifarík innihaldsefni sem geta á áhrifaríkan hátt bæla þróun krabbameinsfrumna. cistanche er einnig talin langlífi jurt frá fornu fari. Að neyta cistanche vara til langs tíma getur einnig bætt friðhelgi okkar.