Spike og Nsp6 eru lykilákvarðanir fyrir SARS-CoV-2 Omicron BA.1 dempun

SARS-CoV-2 Omicron afbrigðið er meira ónæmisvíkkandi og minna meinvirkt en önnur helstu veiruafbrigði sem hingað til hafa verið viðurkennd1–12. Omicron spike (S) próteinið, sem hefur óvenju mikið af stökkbreytingum, er talið vera aðal drifkraftur þessara svipgerða. Hér mynduðum við chimeric raðbrigða SARS-CoV-2 sem kóðar S genið af Omicron (BA.1 ætt) í burðarás forfeðra SARS-CoV-2 einangrunar, og bárum þessa veiru saman við náttúrulega hringrás Omicron. afbrigði. Omicron S-berandi vírusinn slapp vel af völdum bóluefnis í húmor, aðallega vegna stökkbreytinga í viðtakabindandi mótífinu; Hins vegar, ólíkt náttúrulegum Omicron, endurtakast það á skilvirkan hátt í frumulínum og frumlíkum fjarlægum lungnafrumum. Á sama hátt, hjá K18-hACE2 músum, þótt veiruberandi Omicron S valdi minna alvarlegum sjúkdómi en forfeðraveiran, var meinvirkni hennar ekki dregin niður í magn Omicron. Frekari rannsókn sýndi að stökkbreytt prótein 6 (nsp6) sem ekki byggir á byggingu til viðbótar við S próteinið nægði til að endurspegla veiklaða svipgerð Omicron. Þetta gefur til kynna að þó að bóluefnisflótti Omicron sé knúinn áfram af stökkbreytingum í S, þá ræðst sjúkdómsvaldandi áhrif Omicron af stökkbreytingum bæði innan og utan S próteinsins.

cistanche tubulosa-bæta ónæmiskerfið

Frá og með desember 2022 hafa samfelldar bylgjur COVID-19 heimsfaraldursins verið knúnar áfram af fimm helstu SARS-CoV-2 afbrigðum, þekkt sem afbrigði af áhyggjum (VOC): Alfa (B.1.1.7) , Beta (B.1.351), Gamma (P.1), Delta (B.1.617.2 og AY ættir) og Omicron (BA ættir)13. Omicron er nýlega viðurkennda VOC og var fyrst skráð í Suður-Afríku, Botsvana, og af ferðamanni frá Suður-Afríku í Hong Kong í nóvember 2021 (GISAID ID: EPI_ISL_7605742)14, 15. Það sópaði fljótt um heiminn, rýmdi áður ríkjandi Delta afbrigði innan nokkurra vikna og gerði grein fyrir flestum nýjum SARS-CoV-2 sýkingum í janúar 2022 (tilvísanir 16–18). Að minnsta kosti fimm ættir Omicron hafa verið auðkenndar hingað til: BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 og BA.5. BA.1 (hér eftir nefnt Omicron) sýnir ótrúlegan flótta frá sýkingar- og bóluefnisframkallaðri húmorónæmi3,19. Ennfremur er það minna skaðlegt en önnur VOC í mönnum og in vivo líkön af sýkingu4,5,7,11,12,20. Omicron er frábrugðið frumgerðinni SARS-CoV-2 einangrun, Wuhan-Hu-1, með 59 amínósýrum; 37 af þessum breytingum eru í S próteininu, sem eykur möguleikann á að S sé kjarninn í sjúkdómsvaldandi og mótefnavaka hegðun Omicron.

cistanche tubulosa-bæta ónæmiskerfið

S stökkbreytingar hafa áhrif á Omicron eftirmyndun í frumurækt

Omicron S próteinið inniheldur 30 amínósýruskipti, 6 úrfellingar og eina innsetningu með 3 amínósýrum að lengd, samanborið við Wuhan-Hu-1 (útvíkkuð gögn mynd 1). Tuttugu og fimm þessara breytinga eru einstakar fyrir Omicron miðað við önnur VOC, þó að sumar þeirra hafi verið tilkynntar í frárennsli og minniháttar SARS-CoV-2 afbrigði21,22. Til að prófa hlutverk S próteins í svipgerð Omicron, mynduðum við raðbrigða vírus sem inniheldur S genið frá Omicron (USA-lh01/2021) og öll önnur gen af ​​forfeðrum SARS-CoV-2 (GISAID EPI{ {16}}ISL_2732373)23 (útvíkkuð gögn mynd 2a). Þessi kímeríska vírus, nefnd Omi-S, var gerð með því að nota breytt form hringlaga pólýmerasa framlengingarviðbragða (CPER)24 (útvíkkuð gögn mynd 2b) sem gaf mjög einbeittan vírusstofna, sem innihélt 0,5 × 106 -5 × 106 veggskjöldmyndandi einingar (PFU) á ml, úr transsýktum frumum innan tveggja daga frá transfíkn (útvíkkuð gögn mynd 2c,d), sem kemur í veg fyrir þörfina fyrir frekari veiru mögnun.

Mynd 1|Áhrif S á in vitro vaxtarhvörf Omicron. skýringarmynd af vírusum. S, gaddur; N, núkleókapsíð. b–e, ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumur (b,d) og Vero E6 frumur (c,e) voru sýktar við MOI upp á 0.01, og hlutfall N-jákvæðra frumna (n=6 endurtekningar) (b,c) og losun smitandi agna (n=3 endurtekningar) (d,e) voru ákvörðuð með frumuflæðismælingu og skellugreiningu, í sömu röð. f, ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumur voru sýktar af veirublöndur í hlutfallinu 1:1 til að fá loka MOI upp á 0.005 fyrir hverja veiru . Frumurnar voru festar á tilgreindum tímum og gerðar flæðifrumumælingar. Vinstri, dæmigerður punktur; hægri, hlutfall ósýktra, Omi-S/mCherry-sýktra, Omicron/mNeoGreen (Omicron/mNG)-sýktra og tvísýktra frumna. Einstakar sýktar frumur voru notaðar til bóta. Villustikur, meðaltal ± sd (n {{20}} endurtekningar). g, Plaque stærðir. Vinstri, dæmigerðar myndir af veggskjöldum á ACE2/TMPRSS2/ Caco-2 frumum. Hægri, þvermál veggskjöldanna er teiknuð sem meðaltal ± sd af 20 skellum á hverja veiru. klst., iAT2 þekjufrumur úr mönnum voru sýktar við MOI 2,5 í 48 klst eða 96 klst. Topphlið frumna var þvegin með 1× fosfat-bufferðri saltvatni (PBS) og magn smitandi veiruagna var mælt með skelluprófi. Villustikur, meðaltal ± sd (n=4 endurtekningar). Tilraunir voru endurteknar tvisvar, þar sem hver tilraunaendurtekning innihélt 3 (b–g) eða 4 (h) endurtekningar. P gildi voru reiknuð út með tvíhliða, óparuðu t-prófi með leiðréttingu Welch. *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 og ****P < 0,0001; NS, ekki marktækt. Hliðaraðferðin fyrir frumuflæðismælingu er sýnd á aukamynd 1.

Við bárum fyrst saman sýkingarvirkni Omi-S við vírus sem inniheldur D614G forfeður (GISAID EPI_ISL_2732373; mynduð af CPER; hér eftir nefnd villigerð (WT)) og Omicron einangrun (USA-lh01/2021) í frumurækt (mynd 1a). Til þess sýktum við ACE2- og TMPRSS2-sem tjá Caco-2 (hér eftir ACE2/TMPRSS2/Caco-2) og Vero E6 frumur með Omi-S, WT og Omicron við margfalda sýkingu (MOI) upp á 0,01 og fylgst með veirufjölgun með frumuflæðismælingu og skellumyndunarprófi. WT veiran og Omi-S dreifðust hratt í ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumum, sem skilaði 89% og 80% sýktum frumum, í sömu röð, 24 klukkustundum eftir sýkingu (HPI) (mynd 1b). Aftur á móti fjölgaði Omicron hægar, sem leiddi til 48% sýktra frumna við 24 hpi. Svipað mynstur sást í Vero E6 frumum, þar sem 60% og 41% frumna voru jákvæðar fyrir WT og Omi-S, í sömu röð, við 48 hpi, á móti 10% fyrir Omicron (mynd 1c). Veggskjöldgreiningin sýndi að þrátt fyrir að bæði Omi-S og Omicron mynduðu minna magn smitandi veiruagna samanborið við WT, þá var veirutítur Omi-S marktækt hærri en Omicron. Í ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumum framleiddi Omi-S 5.1-falt (P=0.0006) og 5.5-falt (P {{49}) }.0312) fleiri smitandi agnir en Omicron við 12 hpi og 24 hpi, í sömu röð (mynd 1d). Á sama hátt, í Vero E6 frumum, voru smitveirutítrar Omi-S 17-falt (P=0.0080) og 11-falt (P=0.0078) hærra en Omicron við 24 hpi og 48 hpi, í sömu röð (Mynd 1e). Munurinn á vírusum varð minna áberandi á síðari tímapunktum vegna meiri frumueiturhrifa af völdum Omi-S samanborið við Omicron (Extended Data Fig. 3a). Aukin afritunarvirkni Omi-S miðað við Omicron var varðveitt þegar hún var prófuð við mismunandi MOIs (útvíkkuð gögn mynd 3b). Við staðfestum enn frekar hæfniskoti Omi-S umfram Omicron með beinni samkeppnisgreiningu. Fyrir þetta mynduðum við fyrst raðbrigða Omicron (míkron), sem, í frumuræktunarprófunum okkar, líkti eftir afritunarhvörf náttúrulegs Omicron (útvíkkuð gögn mynd 4). Næst bjuggum við til mCherry-innihaldandi Omi-S og mNeonGreen-innihaldandi Omicron, og sáðum ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumur með þessum vírusum blönduðum í hlutfallinu 1:1. Flæðifrumumælingar á sýktum frumum á ýmsum tímum sýkingar sýndu að Omi-S/mCherry var greinilega betri en Omicron/mNeonGreen hvað eftirmyndun varðar (mynd 1f). Að lokum endurspeglaðist meiri sýkingarvirkni Omi-S einnig í veggskjöldstærðinni; þrátt fyrir að WT veira framleiddi stærstu veggskjöldurnar (um 4,1 mm), var stærð Omi-S veggskjöldanna (um 2,2 mm) tvöföld (P < 0,0001) stærri en Omicron veggskjöldurinn (um 1,1 mm) (mynd 1g). Þessar niðurstöður benda til þess að þó stökkbreytingar í S próteininu hafi áhrif á sýkingarvirkni Omicron, þá skýra þær ekki Omicron svipgerðina að fullu.

Nokkrar vísbendingar bentu til þess að S próteinið sem var fellt inn í Omi-S hagaði sér á sama hátt og í náttúrulegu Omicron. Til dæmis, eins og áður hefur verið lýst20,25, var Omicron S illa klofið samanborið við WT S; þar sem 71% af S í WT-vírusum voru í klofnu formi, aðeins 45% og 47% voru klofnir í Omi-S og Omicron, í sömu röð (útvíkkuð gögn mynd 5a). Sama mynstur S klofnunar var áberandi í veirusýktum frumum (WT, 63% klofið; Omi-S, 33% klofið; Omicron, 42% klofið) (útvíkkuð gögn mynd 5b). Þessar tilraunir leiddu einnig í ljós að Omicron S var óhagkvæmt innlimað í veiruagnir samanborið við WT S (S til nucleocapsid (N) hlutfall: 3,40 fyrir WT veira, 1,91 fyrir Omi-S og 2,04 fyrir Omicron) (Unbreidd gögn mynd 5a). Að sama skapi framleiddu bæði Omi-S og Omicron minni syncytia samanborið við WT vírusinn, athugun sem áður hefur verið greint frá fyrir Omicron20,26 (Extended Data Fig. 5c). Að lokum, í samræmi við útgefnar bókmenntir25, sýndu Omi-S og Omicron val fyrir inngöngu í gegnum kaþepsín, sem endurspeglast af hærra næmi þeirra fyrir kaþepsínhemlinum E64d (útvíkkuð gögn mynd 6). Næst bárum við saman afritunarhvörf WT, Omi-S og Omicron í lungnaþekjufrumum, sem mynda stóran veiruafritunarstað hjá sjúklingum með COVID-19 (tilvísanir 27,28). Í samræmi við það notuðum við lungnablöðrubólga tegund 2 þekjufrumur (iAT2) af mönnum af völdum fjölhæfra stofna (iPS) frumur. AT2 frumur tákna ómissandi frumuþýði í fjarlægum lungum og eru eitt af aðalmarkmiðum SARS-CoV-2 sýkingar28,29. Við sýktum iAT2 frumur, ræktaðar sem loft-vökva tengi (ALI) ræktun, við MOI 2,5 og fylgdumst með seytingu veiruafkvæma á apical hlið frumna við 48 hpi og 96 hp. Í samræmi við niðurstöður sem fengust úr frumulínum framleiddi WT veiran hæsta magn smitandi veiruagna (mynd 1h). Meðal Omi-S og Omicron gaf hið fyrrnefnda um fimmfalt (P=0.0008) hærra smitveirutítra við 48 hö. Veirutítrar fyrir WT og Omi-S lækkuðu við 96 dpi samanborið við 48 hp vegna frumuáhrifa (CPE) sýkingar. Hins vegar sást engin CPE fyrir Omicron, sem leiddi til viðvarandi framleiðslu á smitandi veirum. Á heildina litið staðfesta þessar niðurstöður þá niðurstöðu að stökkbreytingar í S geri ekki fulla grein fyrir veiklaðri afritunargetu Omicron í frumurækt.

cistanche ávinningur fyrir karla styrkir ónæmiskerfið

Smelltu hér til að skoða Cistanche Enhance Immunity vörur

【Biðja um meira】 Netfang:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Lágmarkshlutverk S í Omicron sjúkdómsvaldandi áhrifum í músum

Til að kanna hvort Omi-S sýnir meiri hæfni in vivo samanborið við Omicron, könnuðum við sýkingarútkomu Omi-S miðað við WT SARS-CoV-2 og Omicron í K18-hACE2 músum. Í samræmi við útgefnar bókmenntir4,5 olli sáningu í nef músa (12–20 vikna) með Omicron (104 PFU á mús) engu marktæku þyngdartapi, en sáning með WT veiru olli hraðri lækkun líkamsþyngdar hjá öllum músum. missa meira en 20% af upphaflegri líkamsþyngd 8 dögum eftir sýkingu (dpi) (mynd 2a). Athyglisvert er að 80% músa sem smitaðar eru af Omi-S misstu einnig yfir 20% af líkamsþyngd sinni um 9 dpi (mynd 2a og útbreidd gögn mynd 7a). Mat á klínískum skorum (uppsafnaður mælikvarði á þyngdartap, óeðlilega öndun, afbrigðilegt útlit, minni svörun og breytta hegðun) leiddi einnig í ljós svipað mynstur; þar sem Omicron-sýktar mýs sýndu fá sem engin merki um klíníska sjúkdóma, heilsu þeirra sem voru sýktir af WT og Omi-S hrakaði hratt, þar sem WT-vírusinn olli alvarlegri sjúkdómi (P=0.0102) (Mynd. 2b og útvíkkuð gögn mynd 7b). Þar sem SARS-CoV-2 veldur banvænni sýkingu í K18-hACE2 músum4, bárum við saman lifun músa eftir veirusýkingu. Sammála niðurstöðum líkamsþyngdartaps og klínísks stigs, WT og Omi-S ollu dánartíðni upp á 100% (6/6) og 80% (8/10), í sömu röð. Aftur á móti lifðu allar mýsnar sem smitaðar voru af Omicron af (mynd 2c). Þessar niðurstöður, sem eru í samræmi við nýlega útgáfu30, benda til þess að S próteinið sé ekki eini ákvarðandi sjúkdómsvaldandi eiginleika Omicron í K18-hACE2 músum.

Næst bárum við saman útbreiðslu Omi-S við Omicron og WT SARS-CoV-2 í lungum og neftúrbínum K18-hACE2 músa. Mýsnar (12-20 vikna gamlar) fengu 104 PFU (sjö mýs á vírus) í nefið og veirutítrar í lungum músa voru mældir við 2 og 4 dpi. Í samræmi við in vitro niðurstöður, var títra smitandi veira í lungum WT-sýktra músa hærri en sá sem greindist í músum sem voru sýktar af hinum veirunum tveimur (mynd 2d). Athyglisvert er þó að Omi-S sýktar mýs framleiddu 30-falt (P=0.0286) fleiri smitandi veiruagnir samanborið við Omicron sýktar mýs við 2 dpi. Títrinn lækkaði við 4 dpi fyrir WT- og Omi-S sýktar mýs, en hann sýndi aukna tilhneigingu fyrir Omicron sýktar mýs, sem bendir til möguleika á vægri en viðvarandi sýkingu af völdum Omicron í K18-hACE2 músum. Öll þrjú afbrigðin sem endurheimt voru úr lungum músa héldu sömu veggskjöldstærð svipgerð og upprunalega sáðefnið, sem gefur til kynna að afritun í músum hafi engin greinanleg áhrif á arfgerðir þessara veira (gögn ekki sýnd).

Til að meta veirusjúkdómsvaldandi áhrif í lungum og nefsvölum K18-hACE2 músa, gerðum við vefjameinafræðilega greiningu á þessum vefjum við 2 dpi. Eins og áður hefur verið greint frá4,31, greindist umfangsmikil næstum dreifð ónæmisvirkni SARS-CoV-2 N próteins í lungnablöðrum músa sem voru sýktar af WT veiru (mynd 2e). Aftur á móti framleiddi Omi-S og Omicron sýking staðbundnar brennipunkta lungnablöðrulitunar með færri brennipunkta fyrir Omicron samanborið við Omi-S. Merkasta svipgerðin sást í berkjuþekju, þar sem Omi-S olli áberandi, reglubundinni hringsýkingu, þar sem um 10–15% berkjuberkju voru jákvæð fyrir N-veiru prótein við 2 dpi, en aðeins 3–5% berkjunnar voru N. -jákvætt fyrir Omicron (mynd 2f). WT veira sýkti um 1% af berkjum og í öllum tilfellum var aðeins ein einangruð þekjufruma í hverri berkju. Ennfremur var berkjusýking tengd þekjudrepi í Omi-S sýktum músum, eins og ákvarðað var með raðgreiningu á hematoxýlíni og eósíni (H&E) hluta, en engar vefjafræðilegar vísbendingar um skaða á öndunarvegi sáust í Omicron- eða WT sýktum músum (útbreidd gögn mynd 8a,b). Nefhlífar músa sem sáðar voru með WT og Omi-S veirum innihéldu báðar mikið af SARS-CoV-2-jákvæðum frumum, sem tengdust augljósum frumudrepandi áhrifum, en Omicron framleiddi sjaldgæfar, sporadískar jákvæðar frumur, án sjáanleg merki um þekjuvef. meiðsli (útvíkkuð gögn mynd 8c). Á heildina litið benda þessar niðurstöður til þess að afritun Omicron í öndunarvegi músa sé verulega dregin samanborið við Omi-S, sem styður þá niðurstöðu okkar að stökkbreytingar í S séu aðeins að hluta ábyrgar fyrir veiklaðri sjúkdómsvaldandi áhrifum Omicron.

Stökkbreytingar í S og nsp6 skilgreina Omicron dempun

Til viðbótar við S próteinið hefur Omicron amínósýrubreytingar í próteinum sem ekki er byggingarefni 3 (nsp3), nsp4, nsp5, nsp6, nsp14, hjúp (E), himnu (M) og N prótein, samanborið við WT vírusinn. (Unbreidd gögn mynd 9a). Til að bera kennsl á prótein sem ekki eru gadda sem taka þátt í Omicron dempun, bjuggum til stóran flokk af flúrljómandi merktum chimeric vírusum, sem hver innihélt Omicron S ásamt einu próteini sem ekki er brodd af Omicron, en próteinin sem eftir eru komu frá WT veiru (Extended Data) mynd 9b). Þegar við sameinuðum Omicron S og Omicron nsp6 (Omi-S/nsp6), sáum við mikla minnkun á veiruafritun, þar sem sýkingahvörf líkja eftir Omicron í frumurækt (mynd 3a-d); engin slík lækkun sást fyrir aðrar kímerískar veirur. Léleg afritunarskilvirkni Omi-S/nsp6 var einnig staðfest af þeirri niðurstöðu okkar að bæði Omi-S/nsp6 og Omicron tóku næstum fimm til sex daga að jafna sig með CPER, en öll önnur afbrigði voru endurheimt á tveimur dögum (gögn ekki sýnd). Að lokum, eins og Omicron, var Omi-S/nsp6 greinilega keppt af Omi-S í beinni samkeppnisgreiningu (mynd 3e).

Mynd 2|Hlutverk S í Omicron sjúkdómsvaldandi áhrifum. a–c, karl- og kvenkyns K18-hACE2 mýs (á aldrinum 12–20 vikna) voru sáð í nef með 1 × 104 PFU af WT (n=6 mýs), Omi-S (n=10 mýs) eða Omicron (n {{1{{40}}}} mýs) vírus. Tveir óháð myndaðir veirustofnar voru notaðir í þessari tilraun. Fylgst var með líkamsþyngd (a), klínískt stig (b) og lifun (c) daglega í 14 daga. Mýs sem misstu 20% af upphaflegri líkamsþyngd voru aflífaðar. d,e, K18-hACE2 mýs voru sáð í nef með 1 × 104 PFU af WT (n=14 músum), Omi-S (n=14 músum) og Omicron (n {{ 20}} mýs). Lungnasýnum af sýktum músum var safnað við 2 eða 4 dpi til að ákvarða veirutíterinn (n=4 mýs) (d) eða til að greina ónæmisvefjaefnafræði (IHC) á N próteininu (n=3 músum) (e). Í e eru dæmigerðar IHC myndir sem sýna SARS-CoV-2 N (brúnn litur) í lungnablöðrum (örvar) og berkjublöðrur (örvahausar) í lungum músa við 2 dpi. Kvarðastikur, 100 µm. f, Hlutfall N-jákvæðra berkjuefna í lungum sýktra músa (n=3 músa) við 2 dpi. Hver punktur táknar sýkta mús. Tölfræðileg marktækni var ákvörðuð með því að nota tvíhliða, óparað t-próf ​​með Welch's leiðréttingu (a,b,d,f) og log-rank (Mantel-Cox) prófi (c). *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 og ****P < 0,0001; NS, ekki marktækt.

Í lungum K18-hACE2 músa, en Omi-S olli víðtækri berkjusýkingu og meiðslum, sýndu bæði Omicron og Omi-S/nsp6 minnkaða sýkingu án vísbendinga um þekjuskemmdir (mynd 3f). Í samræmi við þessar niðurstöður framleiddu lungu Omi-S/nsp6-sýktra músa veirutítra sem jafngilda þeim sem sjást fyrir rOmicron og Omicron einangrun (mynd 3g). Að lokum lifðu 71% músa sem voru sýktar af Omi-S/nsp6 (mynd 3h) - öfugt við lifunarhlutfallið sem var aðeins 20% sem sást í músum sem voru sýktar af Omi-S (mynd 2c). Á heildina litið benda þessar niðurstöður til þess að stökkbreytingar í S og nsp6 séu nægjanlegar til að skilgreina veiklaða meinvirkni Omicron. Þessar athuganir styðja og auka enn frekar niðurstöður fyrri rannsóknar sem sýndi að stökkbreytingar á 5′-UTR–nsp12 svæðinu, þar sem nsp6 er, stuðla að dempun Omicron í K18-hACE2 músum30.

Mynd 3|Stökkbreytingar í S og nsp6 knýja Omicron pathogenicity.a–d, Afritunarhvörf tilgreindra mNeonGreen reporter vírusa í ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumum (MOI=0.01) ákvarðað af flæði frumugreining (n=3 endurtekningar) (a,c) og skellugreining (n=3 endurtekningar) (b,d). Tilraunir voru endurteknar tvisvar. e, ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumur voru sýktar af veirublöndur í hlutfallinu 1:1 til að fá loka MOI upp á 0.005 fyrir hverja veiru . Frumurnar voru festar á tilgreindum tímum og greindar með frumuflæðismælingu. Hlutfall ósýktra, staks sýktra og tvísýktra frumna er sýnt. Einstakar sýktar frumur voru notaðar til bóta. Einstakir gagnapunktar eru teiknaðir ásamt meðaltali ± sd (n=3 endurtekningar). Tilraunin var endurtekin tvisvar. f–h, K18-hACE2 mýs voru sáð í nef með 1 × 104 PFU af veirum. Lungnasýnum af sýktum músum var safnað við 2 dpi fyrir IHC greiningu á N próteininu (n=3 músum) (f) eða til að ákvarða veirutítra (n=4 mýs) (g). Í f eru dæmigerðar myndir af H&E litun á N-jákvæðum berkjum sýndar í innfellingum. Berkjuþekjudrep er gefið til kynna með örvum. Engar vísbendingar um drep sáust í berkjum músa sem voru sýktar af Omicron eða Omi-S/nsp6. Skalastöng, 100 µm. Hægra grafið í f sýnir hlutfall N-jákvæðra berkju í lungum sýktra músa. Hver punktur táknar sýkta mús. h, Lifun sýktra músa fylgst með daglega í 14 daga. Mýs sem misstu 20% af upphaflegri líkamsþyngd voru aflífaðar. Tölfræðileg marktekt var ákvörðuð með því að nota tvíhliða, óparað t-próf ​​með Welch's leiðréttingu (a–g) og log-rank (Mantel-Cox) prófi (h). *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 og ****P < 0,0001; NS, ekki marktækt.

S prótein RBM knýr bóluefnisflóttann frá Omicron

Mikið magn rita hefur gefið vísbendingar um víðtækan flótta Omicron frá bóluefnisbundnu ónæmi í húmor14,19. Til að skilgreina S svæði sem tengjast ónæmisflótta svipgerð Omicron, bárum við fyrst saman in vitro hlutleysingarvirkni serma frá bólusettum einstaklingum gegn WT SARS-CoV-2 (USA-WA1/20 20), Omi-S og Omicron. Serum sem safnað var innan tveggja mánaða frá seinni skammtinum af mRNA-1273 (Moderna mRNA bóluefni; n=12) eða BNT162b2 (Pfizer-BioNTech mRNA bóluefni; n=12) bóluefni var innifalið (útvíkkuð gögn Tafla 1). Við gerðum fjölhringa hlutleysunarpróf með því að nota umhverfi þar sem veiran og hlutleysandi sermi voru til staðar á öllum tímum, sem líkti eftir ástandinu hjá sermisjákvæðum einstaklingi. Öll sera illa hlutlaus Omicron, með 11.1-falt (bil: 4.4-falt til 81.2-falt; P < 0,0001) neðri hálfhámarks hlutleysandi þynningu (ND50) fyrir Omicron miðað við WA1 (mynd 4a,b). Reyndar hlutleystu um 80% sýna Omicron ekki að fullu við hæsta prófaða styrkinn (Útvíkkuð gögn mynd 10). Athyglisvert er að Omi-S sýndi sams konar ND50 gildi og Omicron (11.5-falt lægra en WA1; P <0,0001) (Mynd 4a,b), sem bendir til þess að Omicron S próteinið, þegar það er innlimað í WT vírus, hegðar sér á sama hátt og í Omicron.

Mynd 4|Hlutverk S í ónæmisþoli Omicron. ND50 gildi fyrir WA1, Omi-S og Omicron í sermi frá einstaklingum sem fengu tvö sprautur af Moderna (gjafar 1–12) eða Pfizer (gjafar 13–24) bóluefni (nánari upplýsingar um sermi eru veittar í Extended Gagnatafla 1; einstakar ferlar eru sýndar í auknum gögnum mynd 10). b, Ferlar ND50 gilda á móti WA1, Omi-S og Omicron (gögnin frá a eru teiknuð). Fallbreytingin á ND50 gildum er sýnd (n=24 sermissýni). c–f, Skýringarmynd af kímerískum (vinstri; c,d) og stökkbreyttum (vinstri; e,f) veirum. Amínósýrunúmerið fyrir WA1 stökkbrigði í e byggist á WA1 S röðinni, en númerið fyrir Omicron stökkbrigði í f byggist á Omicron S röðinni. Sex af 24 serum (3 frá Moderna og 3 frá Pfizer) voru prófuð. Hvert sermisýni er táknað með punkti af ákveðnum lit. Gögnin eru teiknuð upp sem fold breyting á foreldraveiru. Tölfræðileg marktækni var ákvörðuð með því að nota tvíhliða, óparað t-próf ​​með leiðréttingu Welch. *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 og ****P < 0,0001; NS, ekki marktækt.

SARS-CoV-2 S próteinið samanstendur af tveimur lénum: S1 léninu, sem hefur samskipti við ACE2 viðtakann, og S2 lénið, sem ber ábyrgð á himnusamruna32. Innan S1 lénsins eru N-terminal domain (NTD) og receptor-binding domain (RBD), sem inniheldur viðtakabindandi mótíf (RBM) sem kemst í beina snertingu við ACE2 viðtaka33. NTD um Omicron S hefur 11 amínósýrubreytingar, þar á meðal 6 úrfellingar og eina 3-amínósýru-langa innsetningu, en RBD inniheldur 15 stökkbreytingar, þar af 10 sem eru einbeitt í RBM (Extended) Gögn mynd 1). Bæði NTD og RBD hýsir hlutleysandi epitopes34–37, en RBD er ónæmisráðandi og táknar aðalmarkmið hlutleysandi virkni sem er til staðar í SARS-CoV-2 ónæmissermi37,38. Til að ákvarða hvort hlutleysingarviðnám svipgerð Omicron sé af völdum stökkbreytinga á tilteknu léni S próteins, mynduðum við tvo hópa af chimeric veirum. Fyrsti hópurinn samanstóð af WA1 veirunni sem bar NTD, RBD eða RBM frá Omicron (mynd 4c), og seinni hópurinn samanstóð af Omi-S veiru sem bar NTD, RBD eða RBM af WA1 (Mynd 4d). Hlutleysingargreiningin sýndi að stökkbreytingar í RBM voru aðalorsök ónæmis Omicron gegn vessaónæmi af völdum bóluefnis: að skipta út RBM í WA1 fyrir Omicron minnkaði ND50 um 5.4-falt (P < 0,0001), og aftur á móti, með því að skipta RBM í Omi-S út fyrir WA1 jókst ND50 um 5.6-falt (P=0.0003) (Mynd 4c,d). Sú staðreynd að enginn af RBM-swap vírusunum náði um 11-földum mun sem sást á milli WA1 og Omi-S bendir til þess að stökkbreytingar í öðrum hlutum S stuðli einnig að bóluefnaþoli.

Til að kanna hvort sérstakar stökkbreytingar í Omicron RBM drif bóluefni sleppa, mynduðum við tvö viðbótarspjöld af raðbrigðum vírusum, annarri með WA1 S sem ber Omicron RBM stökkbreytingar, annaðhvort ein eða í samsetningu (mynd 4e), og hin með Omicron S sem vantaði það sama mengi stökkbreytinga (mynd 4f). Tveir WA1 stökkbrigði - stökkbreytt 3 (með E484A skiptingu) og stökkbreytt 4 (með þyrping af fimm skiptingum Q493R, G496S, Q498R, N501Y og Y505H) - sýndu miðlungs en tölfræðilega marktæka lækkun upp á 1.4-falt ( P=0.0002) og 1.8-falt (P=0.0003) í ND50 gildum, í sömu röð, samanborið við WA1 (mynd 4e). Hið gagnstæða kom fram þegar þessar stökkbreytingar voru fjarlægðar úr Omicron S; Omicron stökkbrigði 3 (vantar E484A skiptinguna) og stökkbreytt 4 (vantar Q493R, G496S, Q498R, N501Y og Y505H) höfðu 1.9-falt (P=0.0082) og 3.{{38 }}falt (P=0.0025) hærra ND50 gildi samanborið við Omicron (mynd 4f). Þar sem engin stökkbrigðin fanga heildarsvipgerð Omicron, gerum við ráð fyrir að bóluefnisflóttinn sé uppsöfnuð áhrif stökkbreytinga sem dreift er eftir lengd S próteins. Hugsanlegt er að stökkbreytingar breyti sköpulagi Omicron S á þann hátt að flestar ónæmisráðandi hlutleysandi epitopur truflast og verða óaðgengilegar fyrir hlutleysingu.

cistanche tubulosa-bæta ónæmiskerfið

Umræða

Þessi rannsókn veitir lykilinnsýn í veiruprótein sem stuðla að SARS-CoV-2 sjúkdómsvaldandi áhrifum. Við sýnum að S, stökkbreyttasta próteinið í Omicron, gegnir ófullkomnu hlutverki í Omicron dempun. Í frumubundnum sýkingarmælingum sýnir Omi-S veiran miðlungs afritunarvirkni á milli forfeðra veirunnar og Omicron. Á sama hátt, í K18-hACE2 músum, er Omi-S andstæða við óbanvænan Omicron og leiðir til 80% dánartíðni; forfeðraveiran veldur 100% dánartíðni í þessum músum. Athyglisvert er að þegar við sameinuðum S stökkbreytingar með stökkbreytingum í nsp6, sýndi vírusinn veiklaða svipgerð sem líktist að mestu leyti við Omicron, sem gefur til kynna að þessi tvö prótein séu aðalákvarðanir á Omicron sjúkdómsvaldandi áhrifum. Framtíðarrannsóknir munu ráða hvernig nsp6 stökkbreytingar hafa áhrif á afritun veiru.

Ein hugsanleg takmörkun á rannsókninni okkar er notkun K18-hACE2 músa til rannsókna á meingerð í stað prímatlíkana sem eru meira lík mönnum39. Hins vegar skal tekið fram að K18-hACE2 mýs eru rótgróin líkan til að rannsaka banvæna svipgerð SARS-CoV-24,31. Þrátt fyrir að þessar mýs þrói með sér lungnasjúkdóm eftir SARS-CoV-2 sýkingu, hefur dánartíðni verið tengd við þátttöku miðtaugakerfisins vegna taugainnrásar og útbreiðslu veiru31,40. Sú staðreynd að sýking af K18-hACE2 músum með Omi-S, en ekki með Omicron, vekur taugafræðileg einkenni (til dæmis krókastöðu og skort á svörun) bendir til þess að taugainnrásareiginleikinn sé varðveittur í Omi-S, líklega vegna meiri afritunarvirkni þess og að ákvarðanir þessa eiginleika liggja utan S próteinsins. Þessar niðurstöður eru í samræmi við fyrri rannsókn sem sýndi að hamstrar sýktir af Omi-S losa marktækt meira af veiru og léttast meira en þeir sem sýktir eru af Omicron, sem bendir til þess að stökkbreytingar utan S stuðli að veikluðu sjúkdómsvaldandi áhrifum Omicron41.

Við komumst að því að þrátt fyrir að forfeðraveiran fjölgi sér aðallega í lungnablöðrum og valdi aðeins sjaldgæfum berkjusýkingu í K18-hACE2 músum, sýna bæði Omi-S og Omicron aukna tilhneigingu til að fjölga sér í berkjuþekjuvef, sem gefur til kynna að S prótein er ábyrgt fyrir breyttu hitabeltinu. Vélbúnaðurinn á bak við þennan rofa er óþekktur, en það er mögulegt að Omicron S sé skilvirkara en WT S við að nota cathepsin B eða cathepsin L (tilvísanir 25,42,43), sem mynda virka veiruinngönguleið í berkjum og öðrum öndunarvegi. frumur 41. Aftur á móti er innkoma SARS-CoV-2 í þekjufrumur í lungnablöðrum aðallega knúin áfram af TMPRSS2 (tilvísun 28,44), sem Omicron S er ábótavant í að nýta25,45, sem leiðir til lélegrar sýkingar á þessum frumum4,5 ,25,43. Þessar niðurstöður geta útskýrt veiklaða lungnasjúkdóma af völdum Omicron.

cistanche ávinningur-styrkir ónæmiskerfið

Omicron nsp6 hefur tvær breyttar síður miðað við frumgerð SARS CoV-2 Wuhan-Hu-1 einangrunar: þriggja amínósýrueyðingu (LSG, stöður 105–107) og I189V skipti (Extended Data Fig. . 9). Nokkrir virkni nsp6 í afritun kransæðaveiru hefur verið lýst; þar á meðal er lífmyndun tvíhimnublöðru (DMVs), sem tákna stað þar sem veiru-RNA nýmyndun46–50 er. Fyrri rannsókn sýndi að SARS-CoV-2 DMV eru aðallega mynduð af samstilltri virkni þriggja veirupróteina: nsp3, nsp4 og nsp6; þó nsp3 og nsp4 dugi til að mynda DMV, tengir nsp6 þessi DMV við endoplasmic reticulum og miðlar nauðsynlegum samskiptum milli þessara mannvirkja46. Hvort stjörnumerki stökkbreytinga í Omicron nsp6 hafi áhrif á myndun eða virkni DMV þarf frekari rannsókn. Nsp6 virkjar einnig NLR3-háð frumumyndun og pyroptosis í lungum sjúklinga með COVID-19, sem þjónar sem lykil meinvirkniþáttur47. Athygli vekur að nsp6 afbrigði sem er tengt einkennalausum COVID-19 sýndi skerta getu til að framkalla pyroptosis47, sem vakti vangaveltur um að stökkbreytingar í Omicron nsp6 gætu einnig haft áhrif á pyroptosis. Nákvæmar vélrænar rannsóknir verða nauðsynlegar til að kryfja áhrif Omicron stökkbreytinga á virkni nsp6.

Eins og er er ekki vitað hvort stökkbreytingar í S og nsp6 vinna saman til að knýja fram Omicron dempun. Í ljósi þess að Omicron S sýndi meiri hneigð fyrir berkjum, er mögulegt að S sé ábyrgur fyrir breyttri veiru tropisma, en stökkbreytingar án toppa, þar á meðal þær í nsp6-eru aðeins aðlögun að breyttu vefumhverfi. Þess má geta að þrátt fyrir að nsp6 virðist vera helsta prótein án toppa á bak við Omicron-deyfingu er ekki hægt að útiloka framlag annarra veirupróteina algjörlega. In vitro tilraunir til að kanna hlutverk stökkbreytinga án toppa voru allar gerðar í ACE2/TMPRSS2/Caco-2 frumum. Notkun annarra, ónæmishæfari frumutegunda gæti einnig leitt í ljós áhrif annarra stökkbreytinga sem ekki eru toppa. Að auki innihéldu chimeric vírusarnir okkar Omicron S parað við aðeins eitt prótein sem ekki er brodd í einu, sem takmarkaði langdrægar víxlverkanir milli stökkbreytinga í mörgum veirupróteinum.

cistanche ávinningur fyrir karla styrkir ónæmiskerfið

Rannsókn okkar sýnir að stökkbreytingar í RBM í Omicron S eru aðalákvarðanir þess að Omicron sleppur frá hlutleysandi mótefnum, þó stökkbreytingar á öðrum svæðum í S eigi einnig þátt í því. Innan RBM greinum við tvo heita punkta stökkbreytinga, sem gefa Omicron S getu til að standast hlutleysingu: annar ber E484A skiptinguna og hinn inniheldur þyrping af fimm skiptingum-Q493R, G496S, Q498R, N501Y og Y505H. Sýnt hefur verið fram á að E484A skiptin sleppur við hlutleysingu með bata sera51. Þar að auki benda byggingarlíkön til þess að sum lækninga einstofna mótefni komi á mjög stöðugum saltbrýr með E484 leifunum, sem missi algjörlega bindingu sína þegar þessari leif er breytt í A eða eftir breytingar á Q493K og Y505H52. Á sama hátt leiddi kortlagning RBM leifa sem hafa bein samskipti við 49 þekkt hlutleysandi mótefni í ljós N440, G446, S477 og T478 sem lágtíðni víxli, N501, Y505 og Q498 sem miðlungs tíðni víxlverkana, og E484 og Q493 sem hátíðni milliverkana. , í samræmi við niðurstöður hlutleysisgreiningar okkar. Athyglisvert er að þrátt fyrir að mótefnabindingarmöguleiki Omicron S sé skertur54, þá er viðtakabindingargeta þess ósnortinn. Reyndar hefur Omicron RBD meiri sækni í ACE2 miðað við Wuhan-Hu-1 og Delta RBDs25. Þetta gefur til kynna að stökkbreytingar í Omicron S hafi þróast á þann hátt að þær hindra mótefnabindingu en varðveita viðtakavirkni. Þetta opnar möguleika á að miða á varðveitt svæði S sem eru með takmarkaða byggingu sem taka þátt í ACE2 viðurkenningu fyrir hönnun breiðvirkra bóluefna til að stjórna COVID-19 heimsfaraldrinum.

tilvísanir

1. Liu, L. o.fl. Áberandi mótefnaundanskot sem birtist með Omicron afbrigði af SARS-CoV-2. Náttúra 602, 676–681 (2022).

2. Planas, D. o.fl. Töluverður flótti SARS-CoV-2 Omicron í mótefnahlutleysingu. Náttúra 602, 671–675 (2022).

3. Schmidt, F. o.fl. Plasma hlutleysing SARS-CoV-2 Omicron afbrigðisins. N. Engl. J. Med. 386, 599–601 (2022).

4. Shuai, H. o.fl. Minnkuð eftirmyndun og sjúkdómsvaldandi áhrif SARS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron. Náttúra 603, 693–699 (2022).

5. Halfmann, PJ o.fl. SARS-CoV-2 Omicron veira veldur veikluðum sjúkdómum í músum og hömstrum. Náttúra 603, 687–692 (2022).

6. Lewnard, JA o.fl. Klínískar niðurstöður tengdar SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) afbrigði og BA.1/BA.1.1 eða BA.2 undirafbrigðissýkingu í Suður-Kaliforníu. Nat. Med. 28, 1933–1943 (2022).

7. Wolter, N. o.fl. Snemma mat á klínískri alvarleika SARS-CoV-2 omicron afbrigðisins í Suður-Afríku: gagnatengingarrannsókn. Lancet 399, 437–446 (2022).

8. Ulloa, AC, Buchan, SA, Daneman, N. & Brown, KA Áætlanir um SARS-CoV-2 Omicron afbrigði alvarleika í Ontario, Kanada. Sulta. Med. Assoc. 327, 1286–1288 (2022).

9. Uraki, R. o.fl. Einkenni SARS-CoV-2 Omicron BA.4 og BA.5 einangra í nagdýrum. Náttúra 612, 540–545 (2022).

10. Uraki, R. o.fl. Einkenni og veirueyðandi næmi SARS-CoV-2 Omicron BA.2. Náttúra 607, 119–127 (2022).

11. Dyer, O. Covid-19: Omicron veldur fleiri sýkingum en færri sjúkrahúsinnlagnir en Delta, gögn frá Suður-Afríku sýna. Br. Med. J. 375, n3104 (2021).

12. Sigal, A. Milder sjúkdómur með Omicron: er það veiran eða ónæmi sem fyrir er? Nat. Séra Immunol. 22, 69–71 (2022).

13. HVER. Rekja SARS-CoV-2 afbrigði https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS CoV-2-afbrigði/ (2022).

14. Cele, S. o.fl. Omicron sleppur að miklu leyti en ófullkomlega við Pfizer BNT162b2 hlutleysingu. Náttúra 602, 654–656 (2022).

15. Gu, H. o.fl. Líkleg sending á SARS-CoV-2 omicron afbrigði í sóttkví hóteli, Hong Kong, Kína, nóvember 2021. Tilkoma. Smitast. Dis. 28, 460–462 (2022).

16. Iuliano, AD o.fl. Þróun í alvarleika sjúkdóms og nýtingu heilsugæslu á snemma Omicron afbrigðistímabili samanborið við fyrri SARS-CoV-2 há smittímabil - Bandaríkin, desember 2020–janúar 2022. Morb. Dauðlegur. Wkly Rep. 71, 146–152 (2022).

17. CDC. COVID Data Tracker https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions (2022).

18. Taylor, L. Covid-19: Omicron keyrir vikulegt met í alþjóðlegum sýkingum. Br. Med. J. 376, o66 (2022).

19. Dejnirattisai, W. o.fl. SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 leiðir til útbreiddrar flótta frá hlutleysandi mótefnasvörun. Cell 185, 467–484 (2022).

20. Suzuki, R. o.fl. Minnkuð samrunavirkni og sjúkdómsvaldandi áhrif SARS-CoV-2 Omicron afbrigðis. Náttúra 603, 700–705 (2022).

21. Smyth, DS o.fl. Rekja dulrænar SARS-CoV-2 ætterni sem fundust í frárennsli NYC. Nat. Samfélag. 13, 635 (2022).

22. Kirby, AE o.fl. Athugasemdir frá vettvangi: snemma vísbendingar um SARS-CoV-2 B.1.1.529 (Omicron) afbrigði í frárennslisvatni samfélagsins-Bandaríkin, nóvember–desember 2021. Morb. Dauðlegur. Wkly Rep. 71, 103–105 (2022).

23. Herrmann, A. o.fl. Klónun á ganglausu SARS-CoV-2 erfðamengi og stökkbreytingar með rauðri endurröðun. Alþj. J. Mol. Sci. 22, 10188 (2021).

24. Liu, G. & Gack, MU Bjartsýni hringlaga pólýmerasaframlengingarhvarfsaðferð fyrir virknigreiningu á SARS-CoV-2. Forprentun á https://doi.org/10.1101/2022.11.26.518005 (2022).

25. Meng, B. o.fl. Breytt TMPRSS2 notkun með SARS-CoV-2 Omicron hefur áhrif á hitabeltis- og samrunavirkni. Náttúra 603, 706–714 (2022).

26. Willett, BJ o.fl. SARS-CoV-2 Omicron er ónæmisflóttaafbrigði með breyttri frumuinngönguleið. Nat. Örverur. 7, 1161–1179 (2022).

27. Martines, RB o.fl. Meinafræði og meingerð SARS-CoV-2 í tengslum við banvænan kransæðasjúkdóm, Bandaríkin. Koma fram. Smitast. Dis. 26, 2005–2015 (2020).

28. Huang, J. o.fl. SARS-CoV-2 sýking af fjölmættum stofnfrumum afleiddum lungnablöðrublöðrum af tegund 2 úr mönnum vekur hraða þekjuvefs-innri bólgusvörun. Cell Stofnfruma 27, 962–973 (2020).

29. Mulay, A. o.fl. SARS-CoV-2 sýking á frumþekju í lungum manna fyrir COVID-19 líkanagerð og lyfjauppgötvun. Cell Rep. 35, 109055 (2021).

30. Liu, S., Selvaraj, P., Sangare, K., Luan, B. & Wang, TT Spike próteinóháð dempun á SARS-CoV -2 Omicron afbrigði í rannsóknarstofumúsum. Cell Rep. 40, 111359 (2022).

31. Carossino, M. o.fl. Banvæn taugadreifing og SARS-CoV-2 tropism í K18-hACE2 músum er aðeins að hluta háð tjáningu hACE2. Veirur 14, 535 (2022).

32. Huang, Y., Yang, C., Xu, XF, Xu, W. & Liu, SW Byggingar- og virknieiginleikar SARS CoV-2 topppróteins: hugsanleg þróun vírusvarnarlyfja við COVID-19 . Acta Pharmacol. Synd. 41, 1141–1149 (2020).

33. Lan, J. o.fl. Uppbygging SARS-CoV-2 toppviðtakabindandi léns sem er bundið við ACE2 viðtakann. Náttúra 581, 215–220 (2020).

34. Chi, X. o.fl. Hlutleysandi mótefni úr mönnum binst N-enda léni Spike próteins SARS-CoV-2. Vísindi 369, 650–655 (2020).

35. Voss, WN o.fl. Algeng, verndandi og samleitin IgG-þekking á SARS-CoV-2 toppeitópum sem ekki eru RBD. Vísindi 372, 1108–1112 (2021).

36. Premkumar, L. o.fl. Viðtakabindingarsvæði veirupróteinsins er ónæmisráðandi og mjög sértækt skotmark mótefna í SARS-CoV-2 sjúklingum. Sci. Immunol. 5, eabc8413 (2020).

37. Ju, B. o.fl. Hlutleysandi mótefni úr mönnum framkölluð af SARS-CoV-2 sýkingu. Náttúra 584, 115–119 (2020).

38. Piccoli, L. o.fl. Kortlagning hlutleysandi og ónæmisráðandi staða á SARS-CoV-2 toppviðtakabindandi léni með uppbyggingu-stýrðri sermi með háupplausn. Cell 183, 1024–1042 (2020).

39. Chang, MC, Hild, S. & Grieder, F. Ómanneskjulíkön prímata fyrir SARS-CoV-2 rannsóknir: íhugaðu valkosti við makaka. Lab Animal. 50, 113–114 (2021).

40. Kumari, P. o.fl. Taugainnrás og heilabólga eftir sáningu í nef á SARS CoV-2 í K18-hACE2 músum. Veirur 13, 132 (2021).

41. Peacock, TP o.fl. Breytt inngönguleið og mótefnavaka fjarlægð SARS-CoV-2 Omicron afbrigðiskortsins til að aðgreina lén topppróteins. Forprentun á https://doi.org/ 10.1101/2021.12.31.474653 (2022).

42. Padmanabhan, P. & Dixit, NM Líkanagerð hvernig breytt notkun frumuinngangsferla með SARS-CoV-2 Omicron afbrigði getur haft áhrif á virkni og samvirkni TMPRSS2 og cathepsin B/L hemla. Forprentun á https://doi.org/10.1101/2022.01.13.476267 (2022).

43. Hui, KPY o.fl. SARS-CoV-2 Omicron afbrigði afritunar í berkjum og lungum úr mönnum ex vivo. Náttúra 603, 715–720 (2022).

44. Grau-Exposito, J. o.fl. Mat á SARS-CoV-2 innkomu, bólgum og nýjum meðferðum í lungnavefsfrumum manna. PLoS Pathog. 18, e1010171 (2022).

45. Zhao, H. o.fl. SARS-CoV-2 Omicron afbrigðið sýnir minni afritunar- og samrunavirkni samanborið við Delta afbrigðið í TMPRSS2-tjáðum frumum. Koma fram. Örverur smitast. 11, 277–283 (2022).

46. ​​Ricciardi, S. o.fl. Hlutverk NSP6 í lífmyndun SARS-CoV-2 afritunarlíffæra. Náttúra 606, 761–768 (2022).

47. Sun, X. o.fl. SARS-CoV-2 prótein 6 sem ekki er uppbyggt kveikir á NLRP3-háðri pyroptosis með því að miða á ATP6AP1. Frumudauði er mismunandi. 29, 1240–1254 (2022).

48. Cottam, EM, Whelband, MC & Wileman, T. Coronavirus NSP6 takmarkar stækkun autophagosome. Autophagy 10, 1426–1441 (2014).

49. Benvenuto, D. o.fl. Þróunargreining á SARS-CoV-2: hvernig stökkbreyting á próteini 6 sem ekki er uppbygging (NSP6) gæti haft áhrif á sjálfsát veiru. J. Infect. 81, e24–e27 (2020).

50. Gosert, R., Kanjanahaluethai, A., Egger, D., Bienz, K. & Baker, SC RNA afritun músa lifrarbólguveiru á sér stað við tvíhimnu blöðrur. J. Virol 76, 3697–3708 (2002).

51. Liu, Z. o.fl. Greining á SARS-CoV-2 stökkbreytingum sem draga úr hlutleysingu einstofna og sermismótefna. Cell Host Microbe 29, 477–488 (2021).

52. Shah, M. & Woo, HG Omicron: mjög stökkbreytt SARS-CoV-2 afbrigði sýnir sterkari bindingu við ACE2 og sleppur með öflugum hætti við samþykktum COVID-19 meðferðarmótefnum. Framan. Immunol. 12, 830527 (2021).

53. Ye, G., Liu, B. & Li, F. Cryo-EM uppbygging SARS-CoV-2 omicron spike prótein ectodomein. Nat. Samfélag. 13, 1214 (2022).

54. Carreno, JM o.fl. Virkni bata- og bóluefnissermis gegn SARS-CoV-2 Omicron. Náttúra 602, 682–688 (2022).