Tengiliður:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Smelltu hér til að fá upplýsingar um I. hluta (Inngangur, efni og aðferðir) þessarar greinar.

Nálægt einfrumu próteomics prófílgreining á nærpíplum og glomerulus í venjulegu nýra manna--II. hluti

Tara K. Sigdel¹, Paul D. Piehowski², Sudeshna Roy¹, Juliane Liberto¹, Joshua R. Hansen², Adam C. Swensen², Rui Zhao³, Ying Zhu³, Priyanka Rashmi¹, Andrew Schroeder¹, Izabella Damm¹, Swastika Sur¹, Jinghui Luo⁴, Yingbao Yang⁴, Wei-Jun Qian²* og Minnie M. Sarwal¹* fyrir nýra nákvæmnislæknisfræðiverkefnið (KPMP) Consortium

Niðurstöður

Október fryst nýrnasöfnun er ákjósanlegasta aðferðin fyrir frumufræði nýrnavefja

Fyrir sama magn af inntaksvef, OCT frosinnnýrugaf meira prótein en FFPE hlutar úr sama nýra (OCT frosið: 1871 ± 92 vs. FFPE: 296 ± 10 ng prótein; p < 0,0017) sem bendir til hugsanlegrar niðurbrots próteins í FFPE, þrátt fyrir að vefurinn sé felldur inn í paraffín blokkir fyrir<2 months.="" bulk="" proteomics="" data="" from="" the="" two="" human="">nýru(#1, #2) sýndi marktæka skörun auðkenndra próteina með 84 prósenta skörun á milli 2 OCT nýrna (fjölgunarmörk=13.52, 97.96 prósent gildi innan endurgerðanleikamarka) og 83 prósenta skörun sama nýra prótein á milli 2 FFPE nýrna (fjölgunarmörk=24.43, 98,5 prósent gildi innan endurskapunarmarka) (viðbótartafla 1 og mynd 2B). Innan hvers nýra, óháð geymsluaðferð vefja, voru ~70 prósent af nýrnabyggingarpróteinum (aðallega utanfrumufylki) varðveitt, sem bendir til þess að sum prótein hafi verið greind betur með hverri aðferð. Til að meta hvaða próteinauðgun sést á milli mismunandi söfnunaraðferða komumst við að því að OCT vefjapróteinfræði skilaði fleiri próteinum með háa litrófsfjölda Stærra en eða jafnt og 5 (stuðlahlutfall=1.460601; 95 prósent öryggisbil {{21} }.238969, 1.722593; p=4.472e-06), sem gæti endurspeglað betri varðveislu nýrnavefs í OLT (Mynd 2C). Próteingreining á OCT-vef tók einnig sýni úr einstakari próteinum samanborið við FFPE-vef (hlutfall=3.207089; 95 prósent öryggisbil=2.371221, 4.370600; p=4}.985e{{ 38}}) (Mynd 2D). Að auki reyndust mörg þessara einstöku próteina vera í litlu magni og líklegra er að þau séu sleppt, jafnvel með mjög stuttan varðveislutíma nýrnavefs í FFPE. Óháð aðferð við varðveislu vefja tókum við fram að það var mikil skörun á algengum líffræðilegum ferlum. Ferlirnar innihéldu efnaskiptaferli lítilla sameinda (p=2.59E-121 fyrir OCT og p=2.15E-109 fyrir FFPE), karboxýlsýruefnaskiptaferli (p {{47 }}.62E-80 fyrir OCT og p=1.93 E-76 fyrir FFPE), efnaskiptaferli lífrænna sýru (p=1.26E-76 fyrir OCT og p=3.62E-80 fyrir FFPE) og lyfjaefnaskiptaferli (p=7.90E-83 fyrir OCT og p=4.01E{{64} } fyrir FFPE). Þessi gögn undirstrika hvernig próteinfræði nýrnavefs er mjög endurskapanleg, óháð aðferð við varðveislu vefja fyrir aðferðirnar tvær sem prófaðar voru.

Próteomics nýrnavefs er mjög hægt að endurskapa á frystum nýrnavef sem fluttur er í október

Við greindum gögn sem mynduð voru á þessum tveimur stöðum (UCSF og Ohio State University) sem fylgdu sömu samskiptareglum til að framkvæma magn próteomics, eins og lýst er í aðferðahlutanum. Merkilegt nokk, ~70 prósent prótein voru almennt auðkennd í því samanýruunnið á tveimur mismunandi stöðum með litrófsfjölda Stærri en eða jafnt og 5 (r=0.95, P < 0.0001)="" (hrágögn="" veitt="" í="" viðbótartöflu="" 2).="" meira="" um="" vert,="" þetta="">nýrusend frá miðlægri síðu framleiddi mjög fylgni gögn (r=0.89, P=0.0001) (viðbótartafla 2), sem styður að greiningaraðferðir vefvinnslunnar sem voru til staðar væru nokkuð traustar.

Cistanche er gott fyrirnýru

Hagræðing á handtöku nýrnafrumna með því að nota Laser Capture Microdissection (LCM)

Mismikil þykkt OCT hluta sem festir eru á PET rennibrautir frá samanýru(n=2) voru prófuð við 5, 10 og 20 μm þykkt, í þríriti, fyrir LCM endurtekningarhæfni. 10 μm hlutinn reyndist bestur við raðprófanir á LCM, með Zeiss PALM MicroBeam Laser Microdissection kerfi (Cut Energy, 64; Cut Focus, 75). Skurðar frumur voru teknar á límhettur. Til viðbótar við endurtekningarhæfni LCM ferla fundum við einnig hámarksföngunarnýtni hrintfrumna við 10 μm OCT hlutaþykkt.

Próteinfræði undirhólfsfrumna í venjulegum nýrum úr mönnum auðkennir auðgað og einstakt gaukla- og nærpípluprótein

Yfir 9 venjulegar manneskjurnýruprocessed by nscProteomics, with input of an average of 10–40 cells input each/Glom and PT fraction, we identified an average of ~2,560 proteins/sample. Interestingly, ~20% of the total proteins assessed by nscProteomics, from either sub-compartment overlapped across compartments/cells and bulk tissue, representing likely housekeeping or more structural kidney proteins that are not compartment specific. In a direct comparison of the two sub-compartments, 208 proteins were enriched (>2 fold) in Glom, and 67 were completely unique to Glom (absent in PT); and conversely, 247 proteins were enriched (>2 sinnum) í PT, og 25 voru einstök fyrir PT (fjarverandi í Glom) (viðbótartafla 3). Þrátt fyrir tiltölulega lítið úrtakssett, gerðum við einnig kross-lotu sannprófun, meðhöndluðum hverja lotu af keyrslum sem sjálfstætt sett. Jafnvel með lítið einstakt sett afnýru(2 í lotu 1, 4 í lotu 2), 210 Glom auðguð prótein voru í mikilli fylgni á milli tveggja sjálfstæðu settanna, þrátt fyrir að þessi gögn komi frá mismunandi hópum eðlilegranýru(r=0.83; mynd 3A) og greind á mismunandi tímum. 246 PT-auðguð prótein gætu einnig tengst milli tveggja mismunandi hópa eðlilegra nýrna (r=0.77; mynd 3B). Niðurstöðurnar undirstrika að nscProteomics er fær um að bera kennsl á sértæk prótein undirhólfs sem varðveitt er í mismunandi starfrænar einingar nýrna með endurskapandi hætti.

Mynd 3. (A) Fylgni af mengi 210 próteina sem eru verulega auðguð íglomerulusá milli tveggja mismunandi lota af óháðum nýrnasýnum. Lota 1 (keyrsla 1) var frá 2 nýrum og lota 2 (run 2) var frá 4 nýrum. Litakvarðinn var valinn fyrir sjónræna lýsingu á gnægð. Sterk jákvæð fylgni 0.83 milli meðalmagns sama setts próteina úr tveimur mismunandi lotum Rauðu strikalínurnar gefa mælikvarða á útbreiðsluna með því að sýna 95 prósent spábil fyrir meðalmagnsgildi þessara próteina í endurteknar tilraunir í framtíðinni. (B) Fylgni 246 próteina sem eru verulega auðguð ínærliggjandi píplumá móti.glomerulusá milli tveggja lota. Jákvæð fylgni upp á 0.77 á milli meðalmagns þessara sömu próteina á milli tveggja lotanna.

Til að ganga úr skugga um sérstöðu nscProtoemics nálgunarinnar fyrirnýrugreiningu undirhólfs, bárum við saman nscProteomics nýra undirhólfs Glom og PT gögn við magn próteomics sama setts af nýrnavef. Við komumst að því að ~25 prósent (n=656) af próteinum sem greindust í báðum undirhólfunum voru ekki einu sinni greind með próteómfræði í lausu vefjum, þar sem þau voru líklega mjög lítil í magnsýninu; Ekki var hægt að greina 118 Glom og 74 PT auðgað prótein í lausu nýrum, sem undirstrikar takmörkunina á því að gera aðeins próteinfræði í lausu vefjum. Aðeins 9 prósent af Glom-sértækum próteinum, en stærri fjöldi af 48 prósent PT-sértækum próteinum, voru auðkennd með nýrnamagnspróteinfræði, sem endurspeglar miklu meira magn PT-frumna yfir Glom-frumum í venjulegumnýru. Reyndar gætu nokkur þekkt merki fyrir gauklafrumur eins og podocin (NPHS2), eva-1 homolog B (EVA1B), MARCKS like 1 (MARCKSL1), fibroblast growth factor 1 (FGF1) og claudin 5 (CLDN5) ekki hægt að bera kennsl á próteinfræði nýrna á venjulegu dýpi ~2,000.

cistanche til að bætanýruvirka

Löggilding Glom og PT merkja eins og metið er af nscProteomics

Tilkynnt var um meirihluta undirhólfspróteina sem greindust ínýruaf IHC í áður birtum gögnum (Human Protein Atlas) (25). Próteinin sem annað hvort greindust ekki með IHC (merkt með *) eða gögn sem eru ekki tiltæk (merkt með **) eru sýnd á myndum 4A, B. Við tókum 26 efstu glom auðgað prótein og 26 PT sértæk prótein og spöruðum einfrumu transcriptomic gögn (scRNA Seq gögn) fyrir "cross-omics" samþættingu og staðfestingu (Mynd 4B). Niðurstaða samþættrar greiningar á efstu Glom og PT merkjum með próteomics og transcriptomics sýndi sterka fylgni sumra þekktra Glom og PT merkja próteina. Podocyte merki eins og PODXL og CLIC5 og PT merki eins og PDZK1 og ANPEP voru mjög auðguð í báðum gagnasöfnunum. Burtséð frá því að staðfesta þekkt merki, hefur nscProteomics einnig greint prótein sem eru auðkennd í litlu magni í annað hvort umritagagnasöfnum eða IHC gagnasettum. Til dæmis er PITPNB mjög auðgað gauklamerki með nscProteomics gögnum; Hins vegar var greining á þessu geni lítið í umritunargögnum og var ekki greinanleg með IHC (25). Svipað tilfelli kom fram með SLC5A1, þar sem merki var aukið í nscProteomics gögnum en ekki í transcriptomic eða IHC gagnapakkanum (Mynd 4C).

Mynd 4. (A) Hitakort sem sýnir mismunadreifingu próteinmagns í 5 eðlilegumnýru(lota 2), af 26 próteinum (af 372) sem eru marktækust auðguð á G (á móti T) og 26 próteinum (af 411) sem eru marktækust auðguð á T (á móti G), með samsvarandi gildi í 2 magnsýnum sýnd til samanburðar . Magn próteina er mæld sem log 2 umbreyttur hlutfallslegur styrkleiki. Óeftirlitslaus þyrping marktækra próteina varpar ljósi á sett af próteinum sem tengjast með euklídískum fjarlægðarlíkindum innan stærri aðgreindra auðgaðra settanna. Það er tekið fram að magnsýni safnast saman við PT sýni; þetta er gert ráð fyrir síðannærliggjandi píplumeru ríkulega dreifðir innannýru. (B) Fylgni genatjáningar plots af scRNA-seq gögnum frá mönnumnýru. Gen sem kóða Glom-sértæk og PT-sértæk prótein sem sýnd eru á hitakortinu voru valin. Aukin punktastærð samsvarar stærra hlutfalli frumna í frumuþýðinu sem tjá genið, en dekkri litur samsvarar meiri tjáningu gensins. PT,proximal pípulaga; Podo, podocytes; Mes, mesangial frumur; LOH, Loop of Henle, Ónæmisfrumur; Endo, æðaþelsfrumur; DT, fjarlægar píplar; Geisladiskur, safnrás. *Táknið við hlið genatáknisins gefur til kynna að próteinið hafi ekki greinst á gaukla eins og greint er frá af Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org), **Gögn ekki tiltæk á Human Protein Atlas (https://www. proteinatlas.org). (C) Fulltrúi prótein sem sýna fram á hvernig nscProteomics greinir ekki aðeins jákvæð merki eins og PODXL og PDZK1 heldur auðkennir einnig próteinmerki eins og þau sem annars saknas af umritun eða ónæmisvefjafræði.

Líffræðilegt mikilvægi Glom og PT auðgað próteina

Við notuðum gögnin sem mynduð voru með þróuðu samskiptareglum fyrir nscProteomics til að skoða prótein sem voru verulega auðguð í annaðhvort gauklafrumum eðaproximal pípulagafrumur. 208 Glom auðgað próteinin voru auðguð á blöðrumiðluðum flutningi (FDR 3.6E-15) og stjórnun á frumuþáttaskipulagi (FDR 9.75E-14) sem helstu líffræðilegu ferli þeirra og frumubeinagrind próteinbindingu (FDR 2.63) E-19) og aktínbindandi (FDR 2.40E-17) meðal efstu sameindavirkninnar. Að auki voru aktín frumubeinagrind (FDR 3.73 E-25) og fókusviðloðun (FDR 4.07E-20) efstu auðguðu frumuhlutirnir. 247 PT auðgað próteinin voru auðguð í efnaskiptaferlum lítilla sameinda (FDR 7.55E-50) og lyfjaefnaskiptaferla (FDR 5.00E-41) sem helstu líffræðilegir ferlar. Próteinin voru auðguð fyrir oxídóreduktasavirkni (FDR 9.07E-34) og hvatavirkni (FDR 1.05E-27) meðal efstu sameindaaðgerða.

nscProteomics auðkennir einstakt sett af Glom og PT próteinum

Fyrir utan auðguð prótein í Glom eða PT hlutanum voru 92 prótein annað hvort einstök fyrir Glom (n=67) eða einstök fyrir PT (n=25), þar sem þau voru aðeins auðkennd í annaðhvort gauklafrumunum eða theproximal pípulagafrumur (tafla 1). Próteinin sem aðeins voru auðkennd í gauklafrumunum voru auðguð á sameindavirkni eins og aktínbindingu (FDR 4.92E-06), frumubeinagrind próteinbindingu (FDR 3.47E-05), integrínbindingu (3.9E{) {11}}), o.s.frv. Við notuðum þennan lista til að yfirheyra opinberlega aðgengileg gögn sem höfðu áður greint frá veru þeirra íglomerulus. Af þeim 67 próteinum sem aðeins eru auðkennd í Glom hluta hefur verið tilkynnt að 41 sé til staðar ínýru(25). Af þessum 41 próteinum er undirhópur 18 (43,9 prósent) í samræmi við nscProteomics og 23 (56,1 prósent) eru ekki aukin í Glom samanborið við píplar. Af þeim 25 próteinum sem aðeins eru auðkennd í PT köflum hefur verið greint frá því að 20 séu til staðar ínýru(25). Þessi prótein eru auðguð á sameindavirkni eins og lífræna anjóna flutningsvirkni (FDR 6.34E-05), virkni karboxýlsýru í gegnum himnu (FDR 1.4E-04), uppleyst efni: natríum virkni (FDR 1.8 E) -04) o.s.frv. Af 25 PT sértækum próteinum er undirmengi 19 próteina (95.0 prósent ) í samræmi við nscProteomics og aðeins 1 (5.0 prósent) greint frá því að það sé ekki aukið í píplum samanborið við Glom.

Tafla 1. Prótein auðguð í gaukla ogproximal pípulagafrumur auðkenndar af nscProteomics.

Umræða

Með hröðum framförum í erfðafræði einfrumu og umritagreiningum er enn ófullnægjandi þörf fyrir að gera samhliða einfrumurannsóknir á dýrmætum sýnum úr mönnum á sviði próteomics (27). Próteinprófun frá einfrumu stendur í vegi fyrir þeirri dyggð að við höfum ekki próteinmögnunargetu eins og við getum magnað núkleótíð. Í þessari fyrstu notkun nærri einfrumu próteomics á manninnnýru, sýnum við fram á að öflug próteinmagngreining án merkimiða er framkvæmanleg fyrir allt að 40nýrufrumur, sértækar fyrir mismunandi LCM undirhólf. Þróuðu samskiptareglurnar fyrir nær-einsfrumu nýrnapróteinfræði munu gagnast öðrum vísindamönnum sem starfa á sviði nýrnasjúkdóma.

Nýleg rannsókn Hoehne o.fl. sýnt fram á notkun Single-Pot Solid-Phase-enhanced Sample Preparation (SP3) tækni fyrir próteingreiningu á nýrnahlutum (4). Með því að nota staka örgreinda glomeruli með ~200 frumum sýndu höfundarnir misleitni próteómanna úr stökum glomeruli frá múslíkönum og mönnum sjúklingum. Önnur nýleg rannsókn Song o.fl. (28) notaði FFPE vef frá nýrnaþegum til að búa til sameindagreiningarvettvang með því að nota magn próteinfræði. Í þessu handriti höfum við fínstillt og greint í mjög smáatriðum ferlið við vefsöfnun til MS til að koma á staðlaðri siðareglur fyrir próteingreiningu á litlum vefjasýnum. Í fyrsta lagi bárum við saman FFPE vs OCT aðferðina við geymslu vefja til að sýna að þó að það sé mikil fylgni á milli gagnasafnanna tveggja, þá gefur OCT vefur hærra próteininnihald og það sem meira er hæfni til að bera kennsl á prótein með litlu magni. Í öðru lagi hafa MS-samskiptareglur fyrir magn próteomics verið fínstilltar þannig að hægt er að fá mjög fjölritanlegar (r=0.95) niðurstöður á ólíkum stöðum á raðklipptum, aðliggjandinýruvefjaskurði. Í þriðja lagi, þar sem við lýsum nálgun til að tengja leysirfanga örgreiningu til að minnka magn inntakssýnis í 10–40 frumur með nanó POTS tækni sem samanstendur af vélfærakerfi til að meðhöndla píkólítra rúmmál nákvæmlega. Nálgun okkar gerir okkur kleift að stjórna inntaksfjölda frumna og auka þannig endurgerðanleika mismunandi glom- og píplusýna. Vegna einfaldleika LCM og nákvæmni nano POTS tækni, teljum við að rannsókn okkar muni leyfa upptöku próteomics á dýrmætum klínískum sýnum á endurskapanlegan hátt.

cistanche að meðhöndlanýruvirka

Takmarkanir þessarar rannsóknar eru meðal annars lítil sýnastærð og takmörkun á vefjum sem leyfðu okkur ekki að gera staðbundna sannprófun vefja með ónæmisvefjafræði. Til að draga úr þessari takmörkun að hluta, bjóðum við upp á samþætta gagnagreiningu með scRNA Seq gögnum frá sömu vefjum til að staðfesta að prótein sem eru auðkennd ínýruundirhólf eru einnig auðkennd í sömu upprunalegu veffrumu með umritun. Viðbótartakmörkun er sú að við auðkennum takmarkaðan fjölda próteina með nscProteomics, líklega vegna lítils inntaksefnis, sem á hættu á að sum prótein séu ekki auðkennd af MS þar sem þau gætu viljað vera undir mörkum tækjagreiningar. Endurbætur á næmi tækisins og próteinútdráttur úr litlum sýnisinntaki getur hjálpað til við að bæta þessa núverandi takmörkun.

Við viðurkennum að það eru margar breytur sem geta stuðlað að gæðum gagnanna. Geymslutími, FFPE bindiefni (þ.e. PFA vs. glútaraldehýð), tímalengd í bindiefni, tími í frysti/á þurrís/í fljótandi köfnunarefni, aðferðir við próteinleysni eru nokkrir þættir sem gætu stuðlað að niðurstöðum próteomics. Það er mikilvægt að átta sig á því að jafnvel líffræði tveggjanýruer ekki alltaf það sama og það er satt jafnvel innan sömu nýrna og glomeruli af samanýruvefjasýni geta verið í mismunandi virkni. Vefjafræðilega,nýruHólf eru mjög misleit jafnvel innan sama sjúkdómsástands. Með því að fanga sömu svæði nýrna úr mismunandi inntakssýnum gerir nscProteomics kleift að kanna misleitni innan tiltekinna undirfrumuhólfa, sem er styrkur þessarar tækni.

Við sáum að sum undirhólfsprótein sem auðkennd eru af nscProtoemics eru hugsanlega ný gaukla ogproximal pípulagaprótein. Nýjungar í samþættri gagnagreiningu með einfrumu RNA Seq þess samanýrusýni, þó bráðabirgðasýni, myndi veita staðfestingu á því að þessi prótein séu örugglega staðbundin við sýni/spáð undirsvæði þeirra.

Þessi rannsókn veitir innsýn í ófundið margbreytileika sameindamynstra ínýruundirhólf í heilsu og styður beitingu þessarar tækni á nýrnasjúkdómssýni til að skilja truflun próteina í mismunandi undirhólfum nýrna sem geta helst verið fyrir áhrifum í mismunandi nýrnasjúkdómum. Mismunandi stjórnun þessara próteina í mismunandi nýrnasjúkdómum gæti afhjúpað klínískan og forspár misleitni í flóknum svipgerðum gaukla- og píplusjúkdóma og afhjúpað nýjar orsakir nýrnaskemmda og bata. Þar að auki, miðað við fátækt nýrnavarnarlyf, getur afhjúpun þessara nýju ferla á sérstökum svæðum nýrna veitt mikilvæg ný markmið fyrir skynsamlega lyfjahönnun til að takast á við sérstakar áverka á mismunandi undirhólf í ýmsum nýrnasjúkdómum.

Þannig að lokum kynnum við nscproteomics verkflæði til að meðhöndla 10–40nýrufrumur; endurbætur á þessari tækni fela í sér loforð um að draga úr inntaksefni í framtíðinni til eins frumustigs. Framtíðarþróun eins og fínstillt vinnslumagn og frekari betrumbætur á LC-MS pallinum eru í gangi.

Yfirlýsing um framboð gagna

Gagnasöfnin sem eru búin til fyrir þessa rannsókn má finna í PRIDE PXD015058 og 10.6019/PXD015058.

Framlög höfunda

TS og MS hugsuðu rannsóknina. TS, JLi, JH, ACS, RZ, YZ, PR, ID, SS, JLu og YY hjálpuðu við úrvinnslu sýna og tilraunagagnagerð, TS, PP, SR, AS, W-JQ og MS lögðu sitt af mörkum við gagnagreiningu og handritagerð. Allir höfundar lögðu sitt af mörkum við greinina og samþykktu innsenda útgáfu.

Fjármögnun

Fjármagn til þessa verks var fráNýraPrecision Medicine Project, NIDDK NIHUG3 -DK114937 (MS) og R01 DK109720-02 (MS), DP3 DK110844 (W-JQ), R01 DK122160 (W-JQ), og stuðningur frá Multi Division -Líffæraígræðsla (MS).

Hagsmunaárekstur

Höfundar lýsa því yfir að rannsóknin hafi verið gerð án viðskipta- eða fjárhagstengsla sem gætu talist hugsanlegur hagsmunaárekstrar.

Viðurkenningar

Við þökkum aðstoð Zoltan Laszik og Gyula Szabo frá UCSF fyrir aðstoð við vefjavinnslu. Samir Parekh og Brad Rovin frá Ohio State University (OSU), fyrir fjöldasamstarf um magn próteomics og QC fyrir magn próteinvef sem deilt er á milli UCSF og OSU, og Jeff Hodgin og Matthias Kretzler frá University of Michigan fyrir vinsamlega að veita aðgang að tilvísuninanýrusýnishorn. Sumt af tilraunavinnunni sem lýst er hér var framkvæmt í Environmental Molecular Sciences Laboratory, Pacific Northwest National Laboratory, landsvísindalegri notendaaðstöðu sem styrkt er af Department of Energy samkvæmt samningi DEAC05-76RL0 1830.

Viðbótarefni

Viðbótarefnið fyrir þessa grein er að finna á netinu á: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2020.00499/full#supplementary-material

Skammstafanir

nscProteomics, nær-einfrumu próteinfræði; KPMP,NýraPrecision Medicine Project; PT,proximal pípulaga; Glom, glomerular; LCM, leysirfanga örgreining; μPOTS, Míkrólítra Vinnsla í einum potti fyrir sporsýni; OKT, ákjósanlegur skurðarhiti; FFPE, formalín-fast paraffín innfellt; UM, University of Michigan; OSU, Ohio State University; DDM, n-dódesýl-D-maltósíð; scRNA Seq, einfrumu RNA raðgreining; IHC, ónæmisvefjafræði.

Úr: 'Nálægt einfruma frumufræðiprófun á nærpíplum og glomerulus í venjulegu mannanýrum' eftirTara K. Sigdel¹, Paul D. Piehowski², Sudeshna Roy¹, Juliane Liberto¹, Joshua R. Hansen², Adam C. Swensen², Rui Zhao³, Ying Zhu³, Priyanka Rashmi¹, Andrew Schroeder¹, Izabella Damm¹, Swastika Sur¹, Jinghui Luo⁴, Yingbao Yang⁴, Wei-Jun Qian²* og Minnie M. Sarwal¹* fyrir nýra nákvæmnislæknisfræðiverkefnið (KPMP) Consortium

---Upprunaleg RANNSÓKNAgrein að framan. Med., 17. september 2020|https://doi.org/10.3389/fmed.2020.00499

Heimildir

1. Lee JW, Chou CL, Knepper MA. Djúp raðgreining í örgreindum nýrnapíplum auðkennir nýrnahlutasértæk umrit. J Am Soc Nephrol. (2015) 26:2669–77. doi: 10.1681/ASN.2014111067 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

2. Cisek K, Krochmal M, Klein J, Mischak H. Notkun multi-omics og kerfislíffræði til að bera kennsl á meðferðarmarkmið í langvarandinýrusjúkdómur. Nephrol Dial ígræðsla. (2016) 31:2003–11. doi: 10.1093/ndt/gfv364 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

3. Wu H, Humphreys BD. Loforðið um einfrumu RNA raðgreiningu fyrirnýrusjúkdómsrannsókn. Nýra Int. (2017) 92:1334–42. doi: 10.1016/j.kint.2017.06.033 PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

4. Hohne M, Frese CK, Grahammer F, Dafinger C, Ciarimboli G, Butt L, et al. Eins-nephron próteóm tengja formgerð og virkni í próteinþvaginýrusjúkdómur. Nýra Int. (2018) 93:1308–19. doi: 10.1016/j.kint.2017.12.012 PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

5. Wu H, Malone AF, Donnelly EL, Kirita Y, Uchimura K, Ramakrishnan SM, o.fl. Einfrumu umritun mannsnýruósamgena vefjasýnissýni skilgreinir fjölbreytt bólgusvörun. J Am Soc Nephrol. (2018) 29:2069–80. doi: 10.1681/ASN.2018020125 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

6. Wilson PC, Humphreys BD. Umritun nýra og lífrænna frumna: endir upphafsins. Barnalæknir Nephrol. (2019) 35:191–7. doi: 10.1007/s00467-018-4177-y PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

7. Wu H, Kirita Y, Donnelly EL, Humphreys BD. Kostir einkjarna umfram einfrumu RNA raðgreiningu fullorðinnanýru: sjaldgæfar frumugerðir og nýtt frumuástand sem kemur í ljós í bandvefsmyndun. J Am Soc Nephrol. (2019) 30:23–32. doi: 10.1681/ASN.2018090912 PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

8. Shen Y, Tolic N, Massillon C, Pasa-Tolic L, Camp DG, Hixson KK, et al. Ofurnæm próteinfræði sem notar hávirkni á netinu micro-SPE-nanoLC-nanoESI MS og MS/MS. Anal Chem. (2004) 76:144–54. doi: 10.1021/ac030096q PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

9. Sun L, Zhu G, Zhao Y, Yan X, Mou S, Dovichi NJ. Ofurnæm og hröð botn-upp greining á femtogram magni af flóknum próteómmeltum. Angew Chem Int Ed Engl. (2013) 52:13661–4. doi: 10.1002/anie.201308139 PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

10. Zhu Y, Piechowski PD, Zhao R, Chen J, Shen Y, Moore RJ, o.fl. Nanodroplet vinnsluvettvangur fyrir djúpa og megindlega próteómsniðgreiningu á 10-100 spendýrafrumum. Nat Commun. (2018) 9:882. doi: 10.1038/s41467-018-03367-v

PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

11. Xu K, Liang Y, Piechowski PD, Dou M, Schwarz KC, Zhao R, et al. Vinnuflæði fyrir sýnisvinnslu sem er samhæft við borðplötu fyrir próteómsnið á<100 mammalian="" cells.="" anal="" bioanal="" chem.="" (2018)="" 411:4587–96.="" doi:="">

PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

12. Waanders LF, Chwalek K, Monetti M, Kumar C, Lammert E, Mann M. Magnbundin próteingreining á stökum brishólum. Proc Natl Acad Sci USA. (2009) 106:18902–7. doi: 10.1073/pans.0908351106 PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

13. Wisniewski JR, Ostasiewicz P, Mann M. High recovery FASP sem er beitt við próteingreiningu á örgreindum formalínföstum paraffín-innfelldum krabbameinsvef, sækir þekkt ristilkrabbameinsmerki. J Proteome Res. (2011) 10:3040–9. doi: 10.1021/pr200019m PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

14. Chen Q, Yan G, Gao M, Zhang X. Ofurnæm próteómsnið fyrir 100 lifandi frumur með beinni frumuinndælingu, meltingu á netinu og nanó-LC-MS/MS greiningu. Anal Chem. (2015) 87:6674–80. doi: 10.1021/acs.analchem.5b00808 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

15. Li S, Plouffe BD, Belov AM, Ray S, Wang X, Murthy SK, o.fl. Samþættur vettvangur fyrir einangrun, vinnslu og fjöldarófsmælingu sem byggir á próteingreiningu sjaldgæfra frumna í heilblóði. Mol Cell Proteomics. (2015) 14:1672–83. doi: 10.1074/MCP.M114.045724 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

16. Chen W, Wang S, Adhikari S, Deng Z, Wang L, Chen L, o.fl. Einföld og samþætt tækni sem byggir á snúningsodda sem notuð er fyrir djúpa próteómsnið. Anal Chem. (2016) 88:4864–71. doi: 10.1021/acs.analchem.6b00631 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

17. Huang EL, Piechowski PD, Orton DJ, Moore RJ, Qian WJ, Casey CP, o.fl. SNaPP: einfaldaður nanóproteomics vettvangur fyrir endurskapanlega alþjóðlega próteingreiningu á nanógramma próteinmagni. Innkirtlafræði. (2016) 157:1307–14. doi: 10.1210/is.2015-1821 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

18. Steffes MW, Schmidt D, McCrery R, ​​Basgen JM, International Diabetic Nephropathy Study G. Glomerular cell number in normal subjects and in type 1 diabetic patients.NýraAlþj. (2001) 59:2104–13. doi: 10.1046/j.1523-1755.2001.00725.x

PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

19. Tyanova S, Temu T, Cox J. MaxQuant reiknivettvangurinn fyrir fjöldarófsmælingar byggða á haglabyssumyndfræði. Nat Protoc. (2016) 11:2301–19. doi: 10.1038/nprot.2016.136 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

20. Perez-Riverol Y, Csordas A, Bai J, Bernal-Llinares M, Hewapathirana S, Kundu DJ, o.fl. PRIDE gagnagrunnurinn og tengd verkfæri og úrræði árið 2019: bæta stuðning við magngreiningargögn. Nucleic Acids Res. (2019) 47:D442–50. doi: 10.1093/var/gky1106 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

21. Staðall I. Grunnaðferð til að ákvarða endurtekningarhæfni og endurtakanleika staðlaðrar mælingaraðferðar, nákvæmni (sannleikur og nákvæmni) mæliaðferða og niðurstaðna. Int Organ Standard Part. (1994) 2:5725.

22. Bland JM, Altman DG. Tölfræðilegar aðferðir til að meta samræmi milli tveggja klínískra mælingaaðferða. Lancet. (1986) ​​1:307–10. doi: 10.1016/S0140-6736(86)90837-8 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

23. Lundgren DH, Hwang SI, Wu L, Han DK. Hlutverk litrófstalningar í megindlegri próteómfræði. Sérfræðingur Rev Proteomics. (2010) 7:39–53. doi: 10.1586/epr.09.69 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

24. Webb-Robertson BJ, Mccue LA, Waters KM, Matzke MM, Jacobs JM, Metz TO, o.fl. Samsettar tölfræðilegar greiningar á peptíðstyrk og peptíðtilvikum bætir auðkenningu á marktækum peptíðum úr MS-undirstaða próteomics gögnum. J Proteome Res. (2010) 9:5748–56. doi: 10.1021/pr1005247 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

25. Uhlen M, Fagerberg L, Hallstrom BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. Proteomics. Kort sem byggir á vefjum af próteómi mannsins. Vísindi. (2015) 347:1260419. doi: 10.1126/science.1260419 PubMed Ágrip|CrossRef Full Texti|Google Scholar 26. Schroeder AW, Sur S, Rashmi P, Damm I, Zarinsefat A, Kretzler M, et al. Skáldsaga MannlegurNýraFrumuhlutmengi auðkennd með Mux-Seq. bioRxiv [Forprentun]. (2020) doi: 10.1101/2020.03.02.973925 CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

27. Marx V. Draumur um einfrumu próteinfræði. Nat Aðferðir. (2019) 16:809–12. doi: 10.1038/s41592-019-0540-6 PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður

28. Song L, Fang F, Liu P, Zeng G, Liu H, Zhao Y, o.fl. Magnbundin próteinfræði til að fylgjast með nýrnaígræðsluskaða. Proteomics Clin Appl. (2020) 14:e1900036. doi: 10.1002/prca.201900036

PubMed útdráttur|CrossRef Full Texti|Google fræðimaður