Tjáning ónæmisgena og starfrænt net í mismunandi flokkum lupus nýrnabólgu Ⅰ

ÁSTANDUR

Markmið Að kanna notagildi NanoString vettvangsins ískýra nýruónæmisrit fyrir nýrnabólgu í flokki III, IV og V (LN) með afturskyggnum hópiformalín-bundið paraffín-innfellt(FFPE) vefjasýni úr nýrum.

Aðferðir: Ónæmisgenafritsgreining var framkvæmd með því að nota NanoString nCounter vettvang á RNA frá LN (n=55), þunnri grunnhimnu (TBM) sjúkdómi (n=14) og nýrnakvilla í himnu (MN) (n{ {2}}) FFPEnýrna vefjasýnivefjum. LN sýni samanstóð af stakum flokki III (n=11), IV (n=23) og V (n=21) vefjasýnum án blandaðra sára. Mismunandi genatjáning var framkvæmd með NanoString nSolver, með sjónmyndum af eldfjallaflotum og hitakortum sem mynduð voru í R. Mikilvæg umrit voru yfirheyrð til að bera kennsl á virk netkerfi með því að nota STRING og Gene ontogeny hugtök.

SMELLTU HÉR TIL AÐ FÁ JURTABÚNAÐUR AF CISTANCHE FYRIR NÝRU

Niðurstöður Í samanburði við TBM, auðkenndum við 52 marktækt tjáð gen sem eru sameiginleg öllum þremur LN flokkunum. Ferðagreining sýndi auðgun fyrir tegund I interferon (IFN) merkja, complement og MHC II ferla, þar sem flestir sýndu hæstu tjáningu í flokki IV LN. LN vefjasýni okkar í flokki IV sýndu einnig marktæka uppstjórnun á NF-KB merkjum og ónæmisfræðilega auðgun í samanburði við flokk V LN vefjasýni. Afrit úr IFN-feril af gerð I greindu flokk V LN frá MN.

Ályktun umritagreiningu okkar á öllu nýrnahlutanum veitti innsýn í sameindasnið flokka III, IV og V LN. Gögnin lögðu áherslu á mikilvægar leiðir sem eru sameiginlegar öllum þremur flokkunum og leiðum auðgað í LN vefjasýnum okkar í flokki IV. Hæfni til að sýna sameindaferla í LN með FFPE heilum vefjasýnishlutum gæti haft klínískt gagn við val á meðferð fyrir LN.

KYNNING

Lupus nýrnabólga(LN) er mikilvæg birtingarmynd kerfisbundinsrauðir úlfar(SLE) og þróast hjá u.þ.b. 40% sjúklinga.1 Algengi þess er undir áhrifum af aldri (hærra í SLE sem byrjar í æsku) og þjóðerni (hærra hjá sjúklingum sem ekki eru af hvítum kynstofni) og er öfugt tengt félagslegri stöðu.2nýrna vefjasýnier mikilvægur þáttur í stjórnun LN3 4 og veruleg tilraun hefur verið gerð til að tengja þær breytingar sem sjást í vefjasýninu við meingerð, meðferðarval og horfur.1 Afar mikilvægt fyrir þetta var þróun LN flokkunarkerfis sem innihélt staðlaðar skilgreiningar á vefjaskemmdum til að draga úr breytileika milli skýrslna.

The International Society of Nephrology/ Renal Pathology Society (ISN/RPS) 2003 samstöðu flokkun LN5 lýsti sex flokkum: lágmarks mesangial LN (flokkur I); mesangial fjölgun LN (flokkur II); brennidepli LN (flokkur III); dreifður LN sem hægt væri að skipta frekar í dreifða hluta (flokkur IV-S) og dreifða alþjóðlega (flokki IV-G) útbreiðslu LN; himnukenndur LN (flokkur V) og langt genginn mænusigg LN (flokkur VI). Virkar (A, td offrumuhækkun á hjartaþræði, drep í vefjafrumum, frumu- og örfrumumánar) og langvarandi (C, t.d. gauklahersla, trefjahálfmánar) gauklaskemmdir voru einnig skilgreindar og táknaðar þegar flokkum III og IV var lýst. Til dæmis lýsti flokkur IV-G (A) dreifðu alþjóðlegu útbreiðslu LN með virkum sárum. Uppfærsla á þessari flokkun hefur verið lögð til.6 Ráðleggingar fólu í sér að fella niður flokka IV-S og IV-G undirdeildir þar sem þær hafa ekki áhrif á niðurstöðuna. Í safngreiningu er tilvik annaðhvortnýrnasjúkdóm á lokastigieðatvöföldun kreatíníns í sermivar ekki mismunandi á milli IV-S og IV-G flokka.7 Einnig var lagt til að skipta út virku og langvarandi lýsingunum fyrir virkni- og langvarandi vísitölur sem fengnar eru frá NIH lupus virkni og stigakerfi,8 og gera þannig kleift að gera megindlegt mat á virkni (a stig frá 0 til 24) og langvarandi (0 til 12 stig).

LN flokkurinn er mikilvægur til að upplýsa stjórnendur.3 Mælt er með ónæmisbælingu í virkum flokki III og IV LN en ekki í flokki II LN. Ákvörðunin um að hefja ónæmisbælingu í flokki V LN er undir áhrifum af próteinmigu og svörun hennar við renín-angíótensín-aldósterón blokkun. Misbrestur á að stjórna próteinmigu 12 mánuðum eftir meðferð tengist versnun yfir í langvinnan nýrnasjúkdóm 9–11 þannig að markmið stjórnunarinnar er að draga úr próteinmigu sem miðar að fullkominni klínískri svörun (<0.5–0.7 g per 24 hours).

LN bekkurinn einn er minna öflugur í að upplýsa niðurstöður vegna þessáhættuþættir fyrir að fá langvinnan nýrnasjúkdómfela í sérklínísk einkenniog vegna þess að þeir innihalda sögufræðilega eiginleika sem ekki eru teknir af LN flokksskilgreiningunum. Þetta felur í sér gráðu millivefsvefja og píplurýrnunar (IFTA) og sértækar gauklaskemmdir eins og fibrinoid drep og trefja hálfmánar.12 Magngreining á völdum og vel skilgreindum einstökum nýrnaskemmdum getur gefið upplýsingar um horfur. Þetta er áberandi í IgA nýrnakvilla þar sem sýnt hefur verið fram á að skor á mesangial frumu, endocapillary hypercellularity, segmental sclerosis, píplurýrnun, millivefstrefjun og hálfmána til að mynda MEST-C stig hefur reynst hjálpa til við að spá fyrir um áhættu.13–15 Fyrirhugaðar breytingar á ISN /RPS 2003 samræmd flokkun á LN gæti tekið á þessum annmörkum6 en er samt byggt á notkun formgerðar. Þar af leiðandi er þörf á að rannsaka sameindaleiðir innan LN vefjasýni og skilja hvernig þær tengjast LN flokkum16 17 og meðferðarniðurstöðum.18 19 Hvað varðar klínískt notagildi er umritagreining á nýrnavefsýnum mest langt í greiningu á mótefnamiðlaðri nýrnahöfnun þar sem aukinni tjáningu genaafrita í vefjasýnisvef hefur, þar til löggildingar er beðið, verið bætt við fullgilt formfræðileg viðmið.20 Til að ákvarða notagildi þess að nota umritunargögn til að bæta klínískt notagildi nýrna. vefjasýni í SLE, notuðum við NanoString tækni til að rannsaka tjáningu á 750 ónæmis- og bólgutengdum umritum í formalínbundnum parafín-innfelldum (FFPE) hlutum úr 55 LN vefjasýnum, 14 vefjasýnum með þunnri grunnhimnu (TBM) sjúkdómi og 9 vefjasýnum með himnunýrnakvilli (MN).

AÐFERÐIR

Sýni: FFPE nýrnavefjasýnisvefur var fengin úr geymdum LN, TBM og MN sýnum umframmagn til klínískrar notkunar og þar sem fullnægjandi vefur var tiltækur til greiningar. Lupus vefjasýni með annað hvort blönduðum sárum eða marktækum örum voru útilokuð. TBM var notað sem sjúkdómsvörn vegna skorts á aðgengi að eðlilegum nýrnavefsýnum. Klínískum breytum var safnað úr sjúkraskrám afturvirkt. Interferon (IFN) stigafylki fékkst eins og áður hefur verið greint frá.21 Heildarsvörun var skilgreind sem þvagprótein/kreatínín hlutfall (uPCR) af<50mg/mmol and an estimated glomerular filtration rate (eGFR) of ≥60mL/min, or if <60mL/min at baseline not fallen by >20% eftir 1 ár eftir vefjasýni. Hlutasvörun var skilgreind sem uPCR<300mg/mmol with a≥50% improvement from baseline and eGFR criteria the same as for complete response. Non-response was defined as failing to achieve partial response by 1 year.

RNA útdráttur

Sex 10 μm þykkir heilvefshlutar voru fengnir með míkrótomum úr hverjum FFPE blokk, eftir að tveir 4 μm hlutar voru fjarlægðir. Til að koma í veg fyrir krossmengun var búnaðurinn hreinsaður með RNase Away á milli sýna og nýtt blað notað fyrir hvert sýni. RNA einangrun í heilum vef var framkvæmd sama dag með því að nota RNeasy FFPE Kit (Qiagen, #73504) og RNA styrkur var metinn með NanoDrop ND1000 litrófsmæli (Thermo Fisher Scientific, Waltham, Massachusetts, Bandaríkjunum; viðbótargögn á netinu S1).

Transcriptome greining

Transcriptome analysis was performed using 100ng of total RNA on the NanoString nCounter platform (NanoString nCounter FLEX Dx analysis system, NanoString Technologies, Seattle, Washington, USA) with a probe CodeSet comprising the human PanCancer immune profiling panel (730 immune-related genes, 40 housekeeping genes, 6 positive control genes, 8 negative control genes) and additional 20 custom probes selected based on literature review (online supplemental table 1). Samples were run using two CodeSets which differed only by 10 unique probes, enabling us to analyze 750 endogenous transcripts across the 78 samples. CodeSet One: LN class III (n=6), class IV (n=9), class V (n=8), TBM (n=8), MN (n=1). CodeSet Two: LN class III (n=5), class IV (n=14), class V (n=13), TBM (n=6), MN (n=8). All samples passed NanoString quality control parameters (image quality control, binding density, positive control linearity and limit of detection). To control for inter-CodeSet variation and batch variability we used the nSolver Cross Reporter Library File (RLF) function to calibrate raw counts of overlapping probes using an identical sample run on both CodeSets. To reduce technical bias, and increase confidence and reproducibility, background thresholding was set at 100 counts, which is >tvöfalt (meðaltal+2 SD) af neikvæðum samanburðarrannsóknum. Talningar voru staðlaðar miðað við rúmfræðilegt meðaltal 10 gena til heimilishalds (FCF1, HPRT1, MRPS5, MTMR14, POLR2A, PRPF38A, SDHA, SF3A3, TUBB og ZC3H14), valin eins og þau voru gefin upp fyrir allar sýnagerðir. Staðlaðar tölur fyrir öll sýni eru skráð í viðbótargögnum á netinu S2.

tölfræðigreining

Mismunandi genatjáning (DGE) var framkvæmd með því að nota lausnar háþróaða greiningu (V.4) Fast/Approxi mate reiknirit sem notar einfaldaða neikvæða tvínóma líkanið fyrir alla rannsaka nema þar sem reikniritið rennur ekki saman og línuleg aðhvarfsaðferð er notuð. LN, MN eða LN flokkurinn (III, IV og V) voru notaðir sem óháðu breyturnar og TBM sem viðmiðunarhópur okkar. Þröskuldsfjöldi var stilltur á 100 og athugunartíðni innan sýna sett á 8%; P gildi var leiðrétt með því að nota Benjamini-Hochberg aðferðina með fölskum uppgötvunarþröskuldi fyrir stillt á 0.05. Eldfjallalóð voru framleidd með því að nota Enhanced Volcano pakkann (https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano) í R.22 Functional protein-association network visualization var framkvæmd með því að nota STRING gagnagrunninn (https:// string-db.org/) , með því að nota allt STRING netið. Netbrúnir voru skilgreindar með öryggi og víxlverkun var stillt á hæsta stig víxlverkunar á öryggi (hærra en eða jafnt og 0,9). Aftengdir hnútar innan netkerfa voru ekki sýndir. Marktæk gena sem tjáð eru með mismun voru metin með tilliti til auðgunar á hugtökum um genaverufræði (GO) (líffræðilegir ferlar, sameindavirkni, frumuþáttur), hvarfleiðir og STRING staðbundin netklasa. Sjónræn samskiptanet voru mynduð með hagnýtri auðgun í GO skilmálum (líffræðilegir ferli) og STRING greiningu. Svæðishlutfall Venn Skýringarmynd yfir gena sem skarast misjafnlega tjáð á milli LN undirflokka var búið til með BioVenn (www.biovenn. nl).23 Gögn úr háþróaðri greiningarlausnarhugbúnaði voru lesin inn í R tölfræðiumhverfið og gagnasjónun var framkvæmd með því að nota boxplots, aðalhlutagreiningu, eldfjallalóð og hitakort. Hitakort voru mynduð með því að nota Z stig af staðlaðri tölu og pheatmap í R. Klasar voru greindir með því að nota Fisher nákvæma próf. Dreifnigreining með margfeldissamanburðarprófi Sidak var notuð til að bera saman marga hópa. Gögnin voru greind með GraphPad Prism (V.8.0).

Yfirlýsing um þátttöku sjúklinga og almennings (PPI).

Þessi rannsókn var hluti af MASTERPLANS samsteypunni og þátttakendur sjúklinga tóku þátt í öllum verkþáttum þar á meðal þessari rannsókn. Orðalisti með hugtökum var útbúinn af PPI til að leyfa frekari tengsl við breiðari sjúklingasamfélagið og rannsóknarniðurstöður voru teknar með á endurskoðunardögum leikmanna. Umsagnir leikmanna um rit eru birtar á MASTERPLANS vefsíðunni (https://sites. manchester.ac.uk/masterplans).

Stuðningsþjónusta Wecistanche - Stærsti útflytjandi cistanche í Kína:

Netfang:wallence.suen@wecistanche.com

Whatsapp/Sími:+86 15292862950

Verslaðu fyrir frekari upplýsingar:

https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop

FÁÐU NÁTTÚRLEGT LÍFFRÆNT CISTANCHE ÚTDRÆT MEÐ 25% ECHINACOSIDE OG 9% ACTEOSIDE FYRIR NÝRU