Rannsókn á lyfjafræðilegum netum á estrógenísk áhrif glýkósíða af Cistanche Deserticola

 

Abstrakt

Þessi rannsókn kannar mögulega fyrirkomulag estrógenískra áhrifaglycosides afCistanche Deserticola(GCS)Byggt á lyfjafræði netsins ásamt transkriptómískum gögnum. Samtals40 Virk hráefniaf GC með estrógenáhrif var spáð með því að nota gagnagrunna eins ogTCMSP, Symmap, Etcm, Sauma, ogQsar.

Markmiðsupplýsingar um estrógenskortasjúkdóma voru sóttar fráGenecardsOgOmimgagnagrunna. Lykilmarkmið voru sýnd og aPPI netvar smíðað.GO Virk auðgunargreiningOgAuðgunargreining KEGG leiðarvoru gerðar til að bera kennsl á lykilmarkmið og ferla.

Samanborið við forkeppni umritunargagna var greining á fylgni milli lyfjafræðilegra spámarkmiða og KEGG ferils framkvæmd til að sýna enn frekar fyrirkomulag estrógen-eins áhrifanna af GC.

183 markmiðvoru sýndir, og1.712 markmiðvoru valdir vegna estrógenskortasjúkdóma.

24 kjarnalykilmarkmiðvoru fengnir.

GO aðgerð og auðgun KEGG leið sýndi að GCS virka aðallega á líffræðilegum ferlum eins og:

Cýtókínviðtaka binding

Estrógenviðtaka binding

Bindandi vaxtarþáttar viðtaka

Virkni kjarnaviðtaka

Bindandi kjarnahormónviðtaka

Virkni sterahormónviðtaka

Hormónviðtaka binding

Reglugerðarleiðirnar fela í sér:

Æxlis drepþáttur (TNF) merkjaslóð

Interleukin -17 (il -17) Merkjaslóð

Súrefnisskortur framkallaður þáttur -1 (HIF -1) Merkjaslóð

Estrógen merkjaslóð

Genatjáningarbreytingar fundust í öllum24 kjarna markmiðNemaMcl1OgGCG. Mismunandi tjáð gen innifalinAr, Casp8, ESR1, Fos, ogHMOX1. Samtals68 KEGG Pathwaysvoru greindir meðestrógen merkjaslóð, CAMP merkjaslóð, ogTNF merkjaslóðað vera aðalleiðir.

Niðurstaða

Glycosides afCistanche Deserticolagetur haft estrógen-eins áhrif með „fjölþáttum, fjölmiðlum, marghliða“ vélbúnaði. Þessi fyrirkomulag getur tengst reglugerð:

Estrógen merkjaslóð

CAMP merkjaslóð

TNF merkjaslóð

 

 

 

Náttúruleg cistanche útdráttarpillur í staðEstromimetic

Whatsapp okkur fyrir frekari upplýsingar

 

 

Lykilorð

Glycosides afCistanche Deserticola

Estromimetic

Lyfjafræði netsins

Transcriptomics

Sameiginleg greining

 

Estrógener ómissandi hormón í þróun æxlunarkerfis kvenkyns og afleidd kynferðisleg einkenni og gegnir lykilhlutverki við að stjórna frjósemi og kynjaeinkennum kvenna [1]. Eftir að hafa farið í tíðahvörf upplifa konur samdrátt í eggjastokkum, sem leiðir til minni estrógenframleiðslu, sem aftur veldur röð aðstæðna eins og beinþynningar, æðakölkun, tíðahvörfheilkenni og kransæðahjartasjúkdóm [2]. Hefðbundin estrógenuppbótarmeðferð getur dregið úr eða dregið úr einkennum af völdum estrógenskorts, en þessi meðferð getur einnig leitt til hugsanlegra aukaverkana [3]. Rannsóknir hafa sýnt að langtíma notkun estrógen getur valdið of mikilli útbreiðslu legslímu, legvefsfrumna og ofvöxt brjóstkirtla, meðal annarra skaðlegra áhrifa. Þess vegna hefur það mikla þýðingu og gildi að leita að skilvirkri, örugga og hagnýtri meðferð til að bæta lágt estrógenmagn [4].

Plöntu estrógen eru efni sem geta beitt estrógenlíkum virkni. Sameindarbygging þeirra er svipuð og estrógen spendýra, sem gerir þeim kleift að bindast sérstaklega við estrógenviðtaka og framleiða væg estrógenlík áhrif [5]. Rannsóknir benda til þess að estrógen plantna hafi ýmis lyfjafræðileg áhrif, þar með talin andstæðingur og breytir efnaskiptum [6].

Cistanche Deserticolaer þurrkaður, holdugur stilkur með hreistruðum laufum Orobanchaceae verksmiðjunnarCistanche deserticola yc ma. Það hefur aðgerðir eins og að stilla nýrna Yang, auðga kjarna og blóð og væta þörmum til að létta hægðatregðu. Oft er það notað til að meðhöndla skort á nýrum, kjarna og blóðskorti, getuleysi, ófrjósemi, eymsli og veikleiki mitti og hnjáa og hægðatregða af völdum þurrkunar í þörmum [7]. Fyrri rannsóknir rannsóknarhópsins staðfestu að heildar glýkósíð afCistanche Deserticola(GCs), með innihald sem er meira en 60% af echinacoside, eru helstu virku þættirnir sem bera ábyrgð á estrógenlíkum áhrifum þess. GCs auka legi stuðullinn verulega og hæð þekjufrumna í legslímu hjá óþroskuðum rottum. Niðurstöður transcriptomic greiningar sýndu að GCS hafa estrógenlík áhrif í gegnum 2.953 mismunandi tjáð gen, þar af voru 1.475 uppstýrðar og 1.478 voru stjórnað niður. Þessi gen eru aðallega tengd estrógensvörun, jákvæðri stjórnun á efnaskipta ferlum köfnunarefnis, þroskaferlum og líffræðilegri stjórnun. Þeir taka fyrst og fremst þátt íestrógen merkjaslóð, CAMP merkjaslóð, Rap1 merkjaslóð, ogMAPK merkjaslóð [8-9].

Hefðbundin kínversk lyf (TCM) lyfjafræði getur kannað fyrirkomulag TCM í sjúkdómsmeðferð með því að skima TCM hluti, spá fyrir um markprótein virkra íhluta og greina merkjaslóða sem taka þátt í þessum markpróteinum [{0}}]. Til að afhjúpa enn frekar fyrirkomulag estrógenlíkra áhrifa GCS notar þessi rannsókn lífupplýsingagreining byggð á fyrri umritunargögnum hópsins til að afhjúpa mögulega fyrirkomulag sem samtals samtalsglycosides afCistanche Deserticola hafa estrógen-eins áhrif.

1. Tilraunagagnagrunnar og hugbúnaður

TCMSP: http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php

Symmap: https://www.symmap.org

Etcm: http://www.nrc.ac.cn:9090/etcm/

Sauma: http://stitch.emble.de/

Qsar: http://targetnet.scbdd.com/

Pubchem: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

Uniprot: http://www.uniprot.org/

Genecards: http://www.genecards.org/

Omim: https://www.omim.org/

Strengur: https://string-db.org/

KEGG: https://www.kegg.jp/

Farðu: http://geneontology.org/

R tungumál: Rx 64 3. 5.3 með eftirfarandi pakka:

Venndiagram

Count.r

ClusterProfiler

org.hs.eg.db

tákn2id

Perl handrit: Addsymbol.pl

Cytoscape: Útgáfa 3.7.1

 

2. Tilraunaaðferðir

2.1 Netlyfjafræðileg spá um estrógenlíkan vélbúnað GCS

2.1.1 Spá um markmið helstu virka íhluta GCS

Með því að nota UPLC/Q-TOF-MS greiningu voru 40 efnasambönd með estrógenlík lyfjafræðileg virkni greind [13]. Leitað var í þessi efnasambönd íTCMSP, Symmap, ogEtcmGagnagrunnar til að finna möguleg genamarkmið fyrir hvert efnasamband. Að auki voru samsettar bros innbyggingar fluttar inn íSaumaOgQsargagnagrunna til að safna markmiðum. Öll safnað markmið voru sameinuð og afrit voru fjarlægð til að fá möguleg markprótein.

2.1.2 Estrógen-eins og miða gagnagrunnsupplýsingar

Lykilorðin „estrógenskortur“ voru notuð til að leita að viðeigandi markmiðum íGenecardsOgOmimgagnagrunna.

2.1.3 Framkvæmdir við „virka efnasambandið - kjarnamarkmið - estrógenlík“ net

NotaVenndiagramPakkinn í R, gatnamót markmiða frá báðum uppsprettum var samsærður sem Venn skýringarmynd. Gögn um prótein milliverkanir voru fluttar inn íCytoscape v3.9.1, og grunnmarkmið voru greind. Samsvarandi efnasambönd grunnmarkmiðanna voru valin og „efnasambandið - kjarnamarkmið - estrógenlík“ netið var sjónrænt greint og smíðað með því að notaCytoscape v3.9.1.

2.1.4 Framkvæmdir við PPI netið

Upplýsingar um grunnmarkmið voru fluttar inn íStrengur database, selecting the species "Homo sapiens" and setting the confidence score to >0. 7 til að smíða prótein-próteintengsl (PPI) netið. TheCount.rPakkinn í R var notaður til að greina og velja 20 kjarna genin með mesta tengingu meðal kjarna markpróteina, sem voru sýnd.

2.1.5 GO virkni auðgunargreiningar og KEGG leið auðgunargreiningar

Fyrir kjarna markgena voru GO og KEGG gagnagrunnaleit gerðar með R pakkunumorg.hs.eg.db, tákn2id, ogClusterProfiler. Topp 20 leiðirnar með leiðréttum p-gildum voru sýndar sem súlurit og greindu verulegu virkni athugasemdir og ferla sem auðgað var með kjarna markmiðum estrógenlíkra áhrifa GCS.

2.2 Sameining við transkriptómísk gögn

2.2.1 Greining á fylgni milli spáðra markmiða og transkriptómískra gena

Þar sem tegundir í spár um lyfjafræði netsins voru mannlegar, var markmiðunum breytt í einsleitt rottu gen með því að notaHGNCí gegnum „Tools-HCOP“ aðgerðina. Tjáningarstig mismunadýra gena var greind á milli GCS hópsins og samanburðarhópsins í transkriptómískri röð [9].

 

2.2.2 Greining á fylgni milli spár um lyfjafræði og umritunarleiðbeiningar

Leitað var að kjarna markgenanna sem spáð var með lyfjafræði netkerfisins (umbreytt í einsleitt gen í rottum) í KEGG gagnagrunninum með R pakkunumLífleiðariOgClusterProfilerásamtid2symbol.plHandrit. Tegundin var takmörkuð við „rno“ og leiðir með padjust <0. 05 voru sýndar. Venn greining var gerð til að bera kennsl á skarast leiðir milli KEGG ferla sem auðgað var með spár um lyfjafræði og umritunartilraunir sem tengjast estrógenlíkum áhrifum GCS.